농어촌주택 및 고향주택 취득자에 대한 양도소득세 특례

1세대가 농어촌주택등 취득기간 전에 취득한 주택이 멸실되어 농어촌주택등 취득기간 중에 다시 건축한 경우 해당 주택은 농어촌주택 및 고향주택에 해당안 됨

[회신] 귀 질의의 경우 1세대가 농어촌주택등 취득기간(2003년 8월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간) 전에 취득한 주택이 멸실되어 농어촌주택등 취득기간 중에 다시 건축한 경우 해당 주택은「조세특례제한법」제99조의4제1항제1호 및 제2호에 따른 농어촌주택 및 고향주택에 해당하지 아니합니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 질의요지 ○ 농어촌주택 또는 고향주택 취득자에 대한 양도소득세 특례 적용여부 사실관계 ○ 2000.03. . 갑이 서울 강동구 소재 A아파트를 보유하고 있음 ○ 2006.08. . 군청에서 자전거 도로를 개설하면서 갑과 부모님이 거주하였던 충남 홍성군 홍성읍 오관리 소재(갑의 본적지로 35세까지 거주) 토지 위의 50여년 전에 신축한 주택(갑소유)을 수용하게 되어 멸실하고 공터로 있었음 ○ 2009.10.13. 위 토지는 그동안 종중 소유로 되어 있었는데 합의하에 면적 909㎡를 갑과 가족 3인 앞으로 증여받아 소유권 이전등기함 ○ 2010. . . 그 후 1층 318.93㎡는 근린생활시설로 2층 92.96㎡는 주택(1주택) 으로 하여 갑과 갑의 배우자 명의로 현재 신축중에 있음 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제99조 의 4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 를 적용한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다) (2010. 1. 1. 개정) 가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것 (2010. 1. 1. 개정) 1) 수도권지역. 다만, 「접경지역지원법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. (2010. 1. 1. 개정) 2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역 (2010. 1. 1. 개정) 3) 「소득세법」 제104조 의 2 제1항에 따른 지정지역 (2010. 1. 1. 개정) 4) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 (2010. 1. 1. 개정) 나. 대지면적이 660 제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것 (2010. 1. 1. 개정) 다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것 (2010. 1. 1. 개정) 2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “고향주택”이라 한다) (2010. 1. 1. 개정) 가. 대통령령으로 정하는 고향에 소재하는 주택일 것 (2010. 1. 1. 개정) 나. 취득 당시 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 시 지역 (다음의 지역은 제외한다)에 소재할 것 (2010. 1. 1. 개정) 1) 수도권지역 (2010. 1. 1. 개정) 2) 「소득세법」 제104조 의 2 제1항에 따른 지정지역 (2010. 1. 1. 개정) 3) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역 (2010. 1. 1. 개정) 다. 대지면적이 660 제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것 (2010. 1. 1. 개정) 라. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액( 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것 (2010. 1. 1. 개정) ② (삭제, 2007. 12. 31.) ③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면ㆍ시 또는 연접한 읍ㆍ면ㆍ시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) ④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다. (2010. 1. 1. 개정) ⑤ 제4항에 따른 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택등을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고를 할 때 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2010. 1. 1. 개정) ⑥ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다. (2010. 1. 1. 개정) ⑦ 농어촌주택등의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택등의 보유기간 계산, 농어촌주택등의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 1. 1. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제99조 의 4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 (2009. 2. 4. 제목개정) ① 법 제99조의 4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 1세대”란 제99조의 2 제3항의 규정에 의한 1세대를 말한다. (2009. 2. 4. 개정) ② 법 제99조의 4 제1항 제1호 가목 (1) 단서에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역을 말한다. (2009. 2. 4. 개정) ③ 법 제99조의 4 제1항 제1호 가목 (4) 및 같은 항 제2호 나목 (3)에서 “대통령령으로 정하는 지역”이란 「관광진흥법」 제2조 에 따른 관광단지를 말한다. (2009. 2. 4. 개정) ④ 법 제99조의 4 제1항 제1호 나목 및 같은 항 제2호 다목에서 “대통령령으로 정하는 기준 이내”란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터)이내를 말한다. (2009. 2. 4. 개정) ⑤ 법 제99조의 4 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 고향”이란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 시 지역(이와 연접한 시지역을 포함하며, 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 군 지역에 연접한 시 지역을 포함한다)을 말한다. 이 경우 등록기준지등 또는 거주한 사실이 있는 지역의 시ㆍ군이 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니한 경우에도 같은 시ㆍ군으로 본다. (2009. 2. 4. 신설) 1. 「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제4조에 따른 제적부 등을 포함하며, 이하 이 조에서 “가족관계등록부등”이라 한다)에 10년 이상 등재된 등록기준지(법률 제8435호「가족관계의 등록 등에 관한 법률」부칙 제2조로 폐지되기 전의 「호적법」에 따른 본적지 또는 원적지를 포함하며, 이 조에서 “등록기준지등”이라 한다) (2009. 2. 4. 신설) 2. 10년 이상 거주한 사실이 있는 지역 (2009. 2. 4. 신설) ⑥ 법 제99조의 4 제1항 제2호 나목 (1)에서 (3)까지의 규정 외의 부분에서 “취득당시 인구 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 시 지역”이란 별표 12에 따른 시 지역을 말한다. (2009. 2. 4. 신설) ⑦ 법 제99조의 4 제5항 본문에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액”이란 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한 「소득세법」 제104조 의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ⑧ 법 제99조의 4 제5항 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택 또는 고향주택(이하 이 조에서 “농어촌주택 등”이라 한다)을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ⑨ 법 제99조의 4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를 「소득세법」 제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다. 이 경우 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2010. 5. 4. 후단개정 ; 전자정부법 시행령 부칙) 1. 일반주택의 토지대장 및 건축물관리대장 (2003. 12. 30. 신설) 2. 농어촌주택등의 토지대장 및 건축물관리대장 (2009. 2. 4. 개정) ⑩ 법 제99조의 4 제1항 제1호 나목ㆍ다목 및 같은 항 제2호 다목ㆍ라목에 따라 농어촌주택등의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ 토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. (2009. 2. 4. 개정) ⑪ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 및 같은 조 제4항에 따른 농어촌주택등의 보유기간은 당초 농어촌주택등의 취득일부터 기산하여 계산한다. (2009. 2. 4. 개정) ⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호 가목 및 제2호 가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다. (2009. 2. 4. 개정) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 부동산거래관리과-1026, 2010.08.09 귀 질의의 경우 1세대가 농어촌주택취득기간(2003년 8월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간) 전에 취득한 주택이 멸실되어 농어촌주택취득기간 중에 다시 건축한 경우 해당 주택은 「조세특례제한법」 제99조의4제1항제1호 에 규정된 농어촌주택에 해당하지 아니합니다. ○ 재산세과-1087, 2009.06.01. 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산하는 것임