장기임대주택과 일반주택을 보유한 경우의 중과배제 및 장기보유특별공제 여부

2010.09.20.이후 양도하는 주택부터 수도권(서울 제외)안의 장기임대사업자의 중과배제는 3호 이상의 국민주택을 7년 이상 임대하고 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하인 경우에 적용됨

[회신] 1. 귀 질의1의 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율 적용여부의 경우,「소득세법 시행령」(대통령령 제22391호, 2010.09.20. 개정) 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2010.09.20.이후 양도하는 주택부터 같은 법시행령제167조의3제1항제2호 가목에 따른 같은 시(특별시 및 광역시를 포함)ㆍ군에서 3호(인천광역시와 경기도인 경우) 이상의 국민주택을 같은 법제168조에 따른 사업자등록과「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자 등록을 하여 7년(서울특별시인 경우 10년) 이상 임대하고, 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는「소득세법 시행령」제167조의3제1항10호의 규정에 의한 일반주택의 취득당시 6억원(인천광역시와 경기도인 경우)을 초과하지 않는 임대주택을 양도하는 경우에는 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율을 적용하지 않는 것입니다. 2. 귀 질의1의 장기보유특별공제 적용 및 귀 질의2, 3은 붙임 기존 해석사례(재산세과-1164, 2009.06.12; 서면인터넷방문상담5팀-748, 2008.04.07; 부동산 거래관리과-975, 2010.07.27)를 참조하시기 바랍니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 질의요지 ○ 질의1 : 장기임대주택을 7년 임대하고 양도하는 경우 1세대 3주택 중과세가 배제되고 장기보유특별공제가 되는지 ○ 질의2 : 장기임대주택을 7년 임대하고 일반주택(공릉동 소재 주택)을 먼저 양도시 중과세가 배제되는지 ○ 질의3 : 장기임대주택을 7년 임대한 후 먼저 양도하고 일반주택을 나중에 양도시 과세되지 않는지 사실관계 ○ 2003.04.28. 부부공동명의로 서울 노원구 공릉동에 주택 1채 취득 (전용면적 86.0㎡) ○ 부부공동명의(50:50)로 아래와 같이 주택을 구입하여 임대사업자등록하여 장기 임대하고자 함 - 2010.01.21. 성남 분당구에 주택 1채 취득(전용면적 84.79㎡) - 2010.03.22. 성남 분당구에 주택 2채 취득(전용면적 51.0㎡) - 2010.10. . 이후에 성남 분당구에 주택을 1채 더 구입하여 임대할 예정임 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. ～ 3. 생략 4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제167조 의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. <개정 2005.2.19 부칙, 2005.5.31 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.2.9 부칙, 2008.2.29 부칙, 2008.7.24 부칙, 2008.10.7 부칙, 2009.2.4 부칙, 2010.2.18 부칙, 2010.9.20 부칙> 1. 생략 2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군에서 5호(인천광역시와 경기도인 경우에는 3호, 수도권 밖의 지역인 경우에는 1호) 이상의 국민주택[수도권 밖의 지역인 경우에는 「주택법」에 따른 주택으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 주택. 이하 이 목에서 같다]을 임대하고 있는 거주자가 7년(서울특별시인 경우에는 10년) 이상 임대한 국민주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득 당시 3억원(인천광역시와 경기도인 경우에는 6억원)을 초과하지 아니하는 주택 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 국민주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 다. 라. 생략 3. ～ 9. 생략 10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) ② 생략 ③ 제1항제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2005.2.19 부칙> ④ 1세대가 제1항제2호 내지 제4호 또는 제8호의2의 규정에 의한 장기임대주택ㆍ감면대상장기임대주택ㆍ장기사원용주택 또는 장기가정보육시설(이하 이 조에서 "장기임대주택등"이라 한다)의 의무임대기간ㆍ의무무상기간 또는 의무사용기간(이하 이 조에서 "의무임대기간등"이라 한다)의 요건을 충족하기 전에 제1항제10호의 규정에 의한 일반주택을 양도하는 경우에도 당해 임대주택ㆍ사원용주택 또는 가정보육시설(이하 이 조에서 "임대주택등"이라 한다)을 제1항의 규정에 의한 장기임대주택등으로 보아 제1항제10호의 규정을 적용한다. <개정 2005.12.31 부칙> ⑤ 제4항의 규정을 적용받은 1세대가 장기임대주택등의 의무임대기간등의 요건을 충족하지 못하게 되는 사유(제1항제2호 각목 및 제3호의 규정에 의한 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6월을 경과하게 된 경우를 포함한다)가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1호에서 제2호의 세액을 차감한 금액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 수용 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 당해 의무임대기간 등의 요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의 무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 당해 임대주택등을 계속 임대ㆍ사용하거나 무상으로 사용하는 것으로 본다. <개정 2005.2.19 부칙, 2005.12.31 부칙, 2008.2.29 부칙> 1. 일반주택 양도당시 당해 임대주택등을 제1항제2호 내지 제4호 또는 제8호의2의 규정에 의한 장기임대주택등으로 보지 아니할 경우에 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부하였을 세액 2. 일반주택 양도당시 제4항의 규정을 적용받아 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부한 세액 ⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우 그 결정방법에 대하여는 제154조제9항의 규정을 준용한다. ⑦ 제1항제2호ㆍ제3호ㆍ제8호의2 및 제4항의 규정을 적용받고자 하는 자는 당해 임대주택등 또는 일반주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령이 정하는 신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2005.2.19 부칙, 2005.12.31 부칙, 2008.2.29 부칙> 1. 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증 또는 「영유아보육법」 제13조 의 규정에 따른 보육시설인가의 인가증 2. 임대차계약서 사본 3. 임차인의 주민등록등본 또는 주민등록증사본 4. 삭제 <2006.6.12 부칙> 5. 그 밖의 기획재정부령이 정하는 서류 ⑧ 제7항에 따른 신청서를 제출받은 경우에 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택등에 대한 등기부 등본 또는 토지ㆍ건축물대장 등본을 확인하여야 한다. <신설 2006.6.12 부칙, 2008.12.31 부칙, 2010.5.4 부칙> ○ 부칙 <제22391호,2010.9.20> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(적용례) 제167조의3제1항제2호가목의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 주택부터 적용한다 ○ 소득세법 시행규칙 제82조 【소형주택 등의 범위】 ① ～ ③ 생략 ④ 영 제167조의3제5항 각호외의 부분 단서에서 "기획재정부령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 의하여 수용(협의매수를 포함한다)되거나 사망으로 인하여 상속 되는 경우를 말한다. <개정 2005.3.19 부칙, 2005.12.31 부칙, 2008.4.29 부칙> ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정) 표 1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 (이하 생략) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 재산세과-1164, 2009.06.12 「소득세법 시행령」제167조의 3 제1항 제2호에 해당하는 주택(이하 “장기임대주택”)과 1개의 일반주택을 소유하고 있는 경우로서 장기임대주택의 양도시에는 양도소득세 일반세율 적용 대상으로 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것임 ○ 서면인터넷방문상담5팀-748, 2008.04.07 1세대가 「소득세법 시행령」제167조의 3 제1항 제2호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택(이하 “일반주택”이라 함)만을 소유하고 있는 경우로서 일반주택을 양도하는 경우에는「같은법 시행령」제167조의 3 제1항 제10호의 규정에 의하여 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율(60%) 적용대상에서 제외되는 것입니다. ○ 부동산거래관리과-975, 2010.07.27 1. 1세 2주택에 해당하는 자가 먼저 양도하는 주택에 대하여는 그 주택을 양도 함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세가 과세되는 것이며, 나머지 1 주택을 양도하는 경우「소득세법」제89조제1항제3호 및 같은 법시행령제154조 제1항을 적용하여 양도소득세 비과세 여부를 판단하는 것입니다. 2. 1.을 적용함에 있어 「소득세법 시행령」제154조제1항에 따른 1세대 1주택 비과세의 판정은 같은 법시행령제162조에 따른“양도일(잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날) 현재”를 기준으로 판단하는 것입니다.