일시적 1주택과 1조합원입주권을 소유한 자가 1주택 양도 시 장기보유특별공제 방법

주택보다 보유기간이 긴 1주택 부수토지의 장기보유특별공제액은 부수토지의 보유기간에 따른 표1에 의한 공제율과 주택부수토지로서의 보유기간에 따른 표2에 의한 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산함

[회신] 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우로서 양도하는 주택이「소득세법 시행령」제154조제1항의 요건을 갖추지 못하여 양도소득세가 과세되는 경우 같은 법제95조제1항에 따른 장기보유특별공제액은 같은 조제2항 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 적용하여 계산하는 것입니다. 다만, 주택보다 보유기간이 긴 1주택 부수토지의 장기보유특별공제액은 그 부수토지의 보유기간에 따른 같은법제95조제2항 표1에 의한 공제율과 주택부수토지로서의 보유기간에 따른 표2에 의한 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 질의요지 ○ 일시적 1주택과 1조합원입주권을 소유한 자가 1주택 양도시 장기보유특별 공제 방법 사실관계 ○ 갑이 마포구 창전동 소재 A아파트(지역주택조합아파트)를 3년간 소유하고 있음(2년 미만 거주) * 토지소유는 6년 ○ 2010.01. 갑은 서울 북가좌동 소재 재개발아파트 B조합원입주권을 승계취득함 * 2008.4월에 관리처분계획인가가 되고, 그 후 동 호수추첨과 조합원분양계약이 된 것으로 현재 공사중이며 중도금 납부중 ○ 2005. . . 갑이 서울 남가좌동 소재 토지를 취득(주택은 없음) 하여 보유하고 있던 중 주택재개발구역으로 지정되어 - 2008.06. . 관리처분계획인가되어 C조합원입주권을 보유하게 됨 - 2010.06.11. 그러나, 재개발을 반대하는 사람들이 관리처분계획 인가무효확인소송을 제기하였고 대법원은 “2008.6월의 관리처분계획 인가를 취소”한다고 판결함(확정) ○ 2010.09. . 갑이 A아파트를 양도하려고 함 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정) 표 1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 표 2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80 ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다. (2009. 12. 31. 개정) ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. ～ 3. 생략 4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 50 7. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 50 8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 9. 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 자산 중 제104조의 3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 10. 미등기양도자산 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 70 11. 생략 ② ～ ⑤ 생략 ⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제159조 의 2 【장기보유특별공제】 (2008. 2. 22. 제목개정) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 에 따라 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2010. 2. 18. 개정) 1. ～ 3. 생략 ② ～ ④ 생략 ⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (1995. 12. 30. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제156조 의 2 【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례】 ① 법 제89조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 1세대”란 제154조에 따른 1세대를 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 제3항부터 제11항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다. (2010. 2. 18. 개정) ③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (2008. 11. 28. 개정) (이하 생략) 나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례) ○ 부동산거래관리과-631, 2010.04.30 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함 으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조제1항 에 따라 이를 1 세대 1주택으로 보는 것으로서, 동 주택이 같은 령 제154조제1항의 요건을 갖춘 경우에는 양도소득세가 비과세(양도당시 실지거래가액이 9억을 초과하는 고가주택 제외)되는 것이며, 양도소득세가 비과세되지 않는 경우에는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 적용받을 수 있는 것입니다. ○ 재산세과-1693, 2009.08.17 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역에 나대지를 소유한 거주자가 정비조합에 나대지를 제공하고 청산금을 납부하여 관리처분계획에 따라 분양받은 신축주택과 부수토지를 양도하고 양도차익을 산정시 해당주택이 「소득세법」 제95조 제2항 에서 정하는 1세대 1주택에 해당하는 경우 기존 건물분 양도차익 중 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 같은 항 표1과 주택의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것임