재건축 대체주택 비과세특례 적용여부

거주자가 소유하는 토지가 2010.1.1. 이후 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 수용되어 사업시행자 명의로 소유권이전등기하고, 소유권이전등기일을 기준으로 법정신고기한까지 양도소득과세표준신고서를 제출한 이후 토지 보상가액에 대한 소송에 의하여 보상금이 증액된 경우, 해당 증액된 보상금은 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고하여야 하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 거주자가 소유하는 토지가 2010.1.1. 이후 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 수용되어 사업시행자 명의로 소유권이전등기하고, 소유권이전등기일을 기준으로 법정신고기한까지 양도소득과세표준신고서를 제출한 이후 토지 보상가액에 대한 소송에 의하여 보상금이 증액된 경우, 해당 증액된 보상금은 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고하여야 하는 것이며, 납세자가 증액된 보상금의 수령일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과세표준수정신고서를 제출하고 동시에 추가자진납부하는 경우 「국세기본법」제48조제1항에 따라 신고․납부불성실가산세가 적용되지 아니하는 것입니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 2010.03.09. A토지 수용 개시 - 2010.02.08. A토지 소유권이전 - 2010.04.30. A토지 수용에 따른 양도소득세 예정신고․납부 - 2010.00.00. A토지 수용보상금에 불복하여 LH공사를 상대로 행정소송제기 - 2011.04.27. 법원 A토지 수용보상금 증액 판결 선고 - 2011.05.31. LH공사 판결에 따라 A토지 증액 보상금 법원 공탁 - 2011.06.09. A토지 증액 보상금 공탁금 수령 ○ 질의내용 (질의1) 증액된 손실보상금의 양도시기 (질의2) 증액 보상금이 수정신고 대상인지 예정신고 대상인지 (질의3) 증액 보상금 수령분을 수정신고 대상으로 보는 경우 언제까지 수정신고하여야 하는지(양도소득세 가산세 문제) 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2010. 12. 27. 개정) ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다. (2010. 12. 30. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실 상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다 . 5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증 여를 받은 날 6. 「민법」 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에 는 당해 부동산의 점유를 개시한 날 (2005. 2. 19. 개정) 7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날 (2010. 2. 18. 신설) 8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대 금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물 이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준 용한다. (2010. 12. 30. 신설) 9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다. (2010. 12. 30. 신설) 10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다. (2010. 12. 30. 신설) ②~④ (삭제, 2010. 12. 30.) ⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아 니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. (2010. 12. 30. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】 ① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따 라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항 에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다. (2009. 12. 31. 개정) 2. 제94조 제1항 제3호 각 목에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월 (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다. (2009. 12. 31. 개정) ③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과 세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) ③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다. (2009. 12. 31. 개정) ④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아 니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고 를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2009. 12. 31. 개정) ⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (2009. 12. 31. 개정) ⑥ 납세지 관할 세무서장은 제5항에 따라 제출된 신고서나 그 밖의 서류에 미비한 사항 또는 오류가 있는 경우에는 그 보정을 요구할 수 있다. (2009. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성 하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있 는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개 발촉진법」 제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2010. 2. 18. 개정) (이하 생략) ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조 제1항 제1 호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하 나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세 액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있 다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 (2010. 1. 1. 개정) 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 (2010. 1. 1. 개정) 3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에 서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의 2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) (2010. 1. 1. 개정) ○ 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다. 1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의 3, 제47조의 4 및 「부가가치세법」 제22조 제8항 에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액 (2010. 12. 27. 개정) 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2010. 12. 27. 개정) 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액 (2010. 12. 27. 개정) 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액 의 100분의 10에 상당하는 금액 (2010. 12. 27. 개정) (이하 생략) ○ 법규과-1673, 2011.12.16. 거주자가 소유하는 토지가 2010.1.1. 이후 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 수용되어 사업시행자 명의로 소 유권이전등기하고, 소유권이전등기일을 기준으로 법정신고기한까지 양도소득과세표준신고서를 제출한 이후 토지 보상가액에 대한 소송에 의하여 보상금이 증액된 경우, 해당 증액된 보상금은 「국세기본법」제45조에 따라 수정신고하여야 하는 것이며, 납세자가 증액된 보상금의 수령일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과세표준 수정신고서를 제출하고 동시에 추가자진납부하는 경우 「국세기본법」제48조제1항 에 따라 신고․납부불성실가산세가 적용되지 아니하는 것입니다.