교회 소유 1주택을 양도하는 경우 양도소득세 비과세 여부

1거주자로 보아 소득세법이 적용되는 교회가 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이나 1세대1주택 비과세는 적용되지 않음

[회신] 「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 외의 단체 중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않은 것은 그 단체를 1거주자로 보아 「소득세법」을 적용하는 것으로, 교회가 이에 해당하는 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것이나 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제154조제1항에 따른 1세대1주택 비과세는 적용되지 않는 것입니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 개인으로 보는 교회가 다가구주택을 신축하여 목사와 전도사가 거주 ○ 질의내용 - 교회가 다가구주택을 10년간 보유하다 양도하는 경우 1세대1주택 비과세여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연(출연)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. 1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(규정)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (이하 생략) ○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인등】 ① 법 제13조제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.~7. 생략 ② 생략 ③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2005.5.31> ④ 생략 ○ 소득세법 제2조 【납세의무】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. 1. 거주자 2. 비거주자로서 국내원천소득(국내원천소득)이 있는 개인 ② 생략 ③ 「국세기본법」 제13조제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 사단ㆍ재단 및 그 밖의 단체는 거주자 또는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. ○ 소득세법 시행규칙 제2조 【법인격없는 단체의 구분】 ① 「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체외의 단체중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니한 것은 그 단체를 1거주자로 보아 법을 적용한다. <개정 2005.3.19> ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 명시적으로 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니하더라도 사실상 이익이 분배되는 경우에는 그 단체의 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 법을 적용한다. <신설 2001.4.30> ○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. <개정 2005.12.31> 1.~2. 생략 3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (이하 생략) ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】 ① 법 제89조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 2008.2.29> 1.~3. 생략 ②~⑤ 생략 ⑥ 제1항에서 "가족"이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다. <개정 1998.12.31> (이하 생략) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례) ○ 서면인터넷방문상담4팀-2339, 2005.11.28. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며, 이 경우 토지, 건물 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다. 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 구체적 사실관계를 확인하여 판단할 사항입니다. ○ 재산세과-1626, 2009.08.07. 귀 질의의 경우 종중이 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우 그 주택에 대한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 공제율은 「소득세법」 제95조 제2항 ‘표1’을 적용합니다.