사업장의 일부 업종만 법인으로 전환하는 경우 이월과세 적용 여부

「조세특례제한법」 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세는 사업장별로 적용하는 것으로서 해당 사업장의 일부 업종은 법인으로 전환하고 일부 업종은 개인사업으로 계속 영위하는 경우에는 동 규정을 적용할 수 없는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 기존 해석사례(부동산거래관리과-1515, 2010.12.24, 재산01254-611, 1988.3.2. 등)를 참고하시기 바랍니다. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 7인 공동으로 토지와 건물을 공유하면서 함께 병원을 운영하고 있음(7인 공동사업자) - 병 원은 부동산을 의료업에 대부분 사용하고 일부인 장례식장 등을 임대하고 있음(사업자등록은 과세․면세 겸영사업자로 등록) - 상기 임대업용 부동산과 의료업용 부동산을 법인으로 전환하여 부동산임대업을 영위하고, 의료업용 부동산은 당해 병원에 다시 임대하고자 함 ○ 질의내용 - 부동산임대업과 의료업을 운영하는 공동사업자가 사업용고정자산( 임대업용 자산과 의료업용 자산)을 현물출자하거나 사업양수도 방식에 의하여 법인으로 전환하고, 해당 자산을 임대하여 의료업을 계속하는 경우 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】 ① 삭제 <2002.12.30> ② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. ③ 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 말한다. 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업은 제외한다) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제21조 에 따른 단란주점 영업만 해당하되, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업은 제외한다) 3. 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업 ④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. ○ 국세기본법 제14조 【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. ○ 부동산거래관리과-1515, 2010.12.24. [사실관계] -현재 동일사업장에 공동사업자로 의료업(종합병원)과 부동산임대업을 하고 있음 - 공동사업자(의사)는 토지와 건물을 같은 지분으로 소유하고 있음 [질의내용] -공동사업자가 사업용 고정자산(토지, 건물 및 의료기기 등) 모두를 현물출자하여 부동산임대업 법인으로 전환하고 해당 자산을 임대하여 의료업을 계속하는 경우 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있는지 - 안된다면 의료업을 폐업한 후 법인에 임대를 받아 의료업 공동사업자 등록을 다시 하는 경우 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있는지 [회신] 「조세특례제한법」 제32조 에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세는 사업장별로 적용하는 것으로서 해당 사업장의 일부 업종은 법인으로 전환하고 일부 업종은 개인사업으로 계속 영위하는 경우에는 동 규정을 적용할 수 없는 것입니다. ○ 재산01254-611, 1988.03.02. [질의내용] A사업자가 동 번지상의 2개(○○동 ○○번지, ○○동 ○○번지) 부동산을 1984.12월 매입하여 1985.1월부터 ○○동 ○○번지소재에서는 제조업을 영위하고, ○○번지 소재 부동산은 타인에게 임대하여 주면서 사업자 등록시는 ○○소재에 제조업과 부동산임대업을 한사업장으로 등록하고 부가가치세신고도 동일한 사업장으로 신고하여 오다 제조부분을 법인으로 전환하고자 1988.1월중 동 사업자등록에서 부동산임대부분을 삭제하고, 같은날 ○○번지 소재에 다시 부동산 임대의 사업자등록을 하고 1988.2월 중 제조부분만을 법인으로 전환하여 사업을 양수도하고자 합니다. A사업자가 출자해야 할 출자액의 한도액계산에서 조세감면규제법시행령 제39조 제2항의 1년간 평균 순자산가액에 ○○동 ○○번지 소재 부동산가액을 포함하여야 하는지 여부를 질의함. (회신내용) 조세감면규제법 제45조의 규정에 의하여 개인사업장의 법인전환에 따른 양도소득세 면제는 동일한 사업장 전체의 법인전환에 따른 양도소득세 면제규정으로 법인 전환시 동일사업장을 분할하여 그 중 일부만 법인으로 전환하는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없는 것임.