1세대2주택자가 소유하는 1주택과 이에 딸린 토지가 순차로 수용되는 경우 장기보유특별공제 적용 여부

1세대 2주택자가 소유하는 1주택(주택에 딸린 토지 제외)이 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 따른 협의매수・수용 및 그 밖의 법률에 따라서 수용된 후 주택에 딸린 토지가 나중에 수용된 경우 해당 토지는 소득세법 제104조제1항제6호가 적용되는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 1세대 2주택자가 소유하는 1주택(주택에 딸린 토지 제외)이 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라서 수용된 후 주택에 딸린 토지가 나중에 수용된 경우 해당 토지는 소득세법 제104조제1항제6호가 적용되는 것이며, 같은 법 제95조제2항에 따라 같은 법 제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 같은 법 제104조제6항을 적용받는 자산에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하는 것입니다. ※ 관련참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 甲은 경기도 하남시 망월동 소재 A주택과 같은 시 덕풍동 소재 B아파트를 소유하고 있음(1세대 2주택) - 1992.06.23. A주택 상속(피상속인 : 父) - 2008.09.00. B아파트 취득 - 2009.06.03. A주택 △△보금자리지구 사업인정고시 - 2011.05.24. A주택 건물부분 수용에 따른 소유권이전 - 2011.06.02. A주택 건물부분에 대한 보상금 수령(35백만원) - 2011.06.22. A주택 부수토지에 대한 보상금 수령(430백만원) - 2011.07.05. A주택의 부수토지 수용에 따른 소유권이전 ○ 질의내용 상속받은 A주택의 부수토지 수용시점에는 1주택만 있으므로 A주택 부수토지 수용 에 따른 양도소 득세 계산시 장기보유특별공제가 가능한지 또는 A주택은 상속받은 날로부터 5년이 경과한 주택이므로 다주택자에 해당하여 주택과 그 부수토지의 시차 수용 선후에 상관없이 무조건 중과되는 것인지 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다 )에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정) ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해 당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정) (이하 생략) ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 (2009. 12. 31. 개정) 제55조 제1항에 따른 세율 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 40 3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 50 4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포 함한다. 이하 이 조에서 같다) (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보 유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 60 6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2009. 12. 31. 개정) 양도소득 과세표준의 100분의 50 (이하 생략) ○ 법규과-1268, 2011.09.28. 1세대 2주택자가 소유하는 1주택(주택에 딸린 토지 제외)이 공익사업을위한토지등 의취득및보상에관한법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라서 수용된 후 주택에 딸린 토지가 나중에 수용된 경우 해당 토지는 소득세법 제104조제1항제6호 가 적용되는 것임