신축주택을 취득일로부터 5년 경과 후 양도시 감면소득금액 계산방법

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항의 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 「소득세법」 제92조 제2항에 의한 양도소득과세표준(감면소득금액을 포함)에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것임.

[회신] 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항의 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 「소득세법」 제92조 제2항에 의한 양도소득과세표준(감면소득금액을 포함)에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것임 ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 신축주택 감면 관련하여 상담한바 양도소득세 납부세액 산정은 양도소득세 감면소득 금액을 양도소득 과세대상 금액에서 안분하여 계산한다고 답변하는데 법문대로 바로 빼서 계산하여야 하는 것은 아닌지 ○ 질의내용 - 조세특례제한법 제99조의3 에 5년이 경과하여 양도한 경우에 당해 신축주택 취득일 부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다라고 하는데 이 의미는 무엇인지 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전 국주택매매가격 상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령 으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택 (그 주택에 딸린 토지 로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도 하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득 기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령 령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법 」 에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함 한다)의 경우: 신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함 한다)를 받은 신축주택 ② ～ ③ 생 략 ④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울 특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정· 고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다. ② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (이하생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도 소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────── ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ ○ 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조제2항에 따른 양도소득과세 표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도 소득세를 면제한다. ○ 소득세법 제103조 【양도소득 기본공제】 ① 양도소득이 있는 거주자에 대해서는 다음 각 호의 소득별로 해당 과세기간의 양도소득금액에서 각각 연 250만원을 공제한다. 1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득. 다만, 제104조제3항에 따른 미등기양도 자산의 양도소득금액에 대해서는 그러하지 아니하다. 2. 제94조제1항제3호에 따른 소득 ② 제1항을 적용할 때 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 「조세특례제한법」 이나 그 밖의 법률에 따른 감면소득금액이 있는 경우에는 그 감면소득금액 외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 감면소득금액 외의 양도소득금액 중에서는 해당 과세 기간에 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순서대로 공제한다. ③ 제1항에 따른 공제를 "양도소득 기본공제"라 한다. ○ 소득세법 제92조 【양도소득과세표준의 계산】 ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다. ② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. ○ 소득세법 제93조 【양도소득세액 계산의 순서】 양도소득세는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 따라 계산한다. 1. 제92조제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 양도소득 산출세액을 계산한다. 2. 제1호에 따라 계산한 산출세액에서 제90조에 따라 감면되는 세액이 있을 때에는 이를 공제하여 양도소득 결정세액을 계산한다. 3. 제2호에 따라 계산한 결정세액에 제115조 및 「국세기본법」 제47조의2 부터 제47조의5까지의 규정에 따른 가산세를 더하여 양도소득 총결정세액을 계산한다. ○ 소득세법 95조 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도 가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용 받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도 차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (이하 생략) ○ 서면4팀-1464, 2004.09.18 [질의 내용] 1) 조세특례제한법 제99조 에 의한 신축주택 취득자에 대한 감면주택의 양도시 취득일 ~ 양도일까지의 양도소득금액 : 30,000천원 취득일 ~ 5년간 양도소득금액 : 20,000천원 2) 당해연도중 신축주택의 양도후 다른 일반주택 양도소득금액이 15,000천원인 경우 1. 위1의 감면대상 주택의 양도소득세 산출 방법은 (갑설) 과세대상 소득금액 10,000천원(총 양도소득 -5년간 양도차익)에 대하여 세율9%를 적용하여 900천원의 양도소득세 산출함 (을설) 총 양도소득금액 30,000천원에 대한 세율 9～18%를 적용하여 4,500천원을 산출하고 감면세액3,000천원을 공제하여1,500천원 으로 산출함 2. 위2)의 경우 양도소득금액을 합산하여 양도소득세를 산출하는 방법은 (갑설) 일반주택의 양도소득금액 15,000천원에 신축주택의 과세대상 소득 10,000천원을 합산하여 양도소득세를 산출함. (을설) 일반주택의 양도소득금액 15,000천원에 신축주택의 총 양도 소득30,000천원을 합산하여 산출세액을 계산하고 감면세액을 공제한 후 납부할 세액을 산출함 [회신 내용] 1. 조세특례제한법 제99조 에 의한 5년간 발생한 감면소득금액은 동법시행령 제40조 의 규정에 의한 산출방법을 준용하여 다음의 산식에 따라 산출함. 양도소득금액 × 2. 감면대상 양도소득금액과 과세대상 양도소득금액을 합산하여 감면할 양도소득세액을 산출하는 방법은 소득세법 제90조 의 규정에 의하여 전체의 양도소득세 과세표준에 당해세율을 적용하여 계산한 금액이 양도소득과세표준에서 감면소득금액이 차지 하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 다음의 산식으로 계산함. 감면세액=양도소득과세표준×세율× 상기의 산식에서 양도소득기본공제는 감면소득금액외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고 남은 양도소득 기본공제액임. 3. 아울러 귀 질의와 유사한 우리청 기 질의회신문(제도 46014-10941, 2001.5.4.)을 참고바람. ○ 제도46014-10941,2001.05.04. 귀 질의의 경우 양도소득세의 감면세액 계산은 구 소득세법 제90조 『양도소득세의 감면』 (2000. 12. 29 개정전 법률) 규정에서 정한 바와 같이 당해연도의 양도소득세 산출세액에서 당해 감면소득이 양도소득 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것으로서 양도자산 중 결손소득이 발생한 자산이 있는 경우 감면소득금액 계산은 『당해감면자산의 양도소득금액 － (결손소득금액 X 당해 감면자산의 양도소득금액 / 결손소득금액을 제외한 양도소득금액)』 으로 하는 것임 ○ 서면4팀-1715, 2006.06.13. 양도소득금액에 소득세법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때의 감면세액 계산은 소득세법 제90조 의 규정에 의하는 것입니다. ○ 서면4팀-1030, 2007.03.29. 1. ｢조세특례제한법｣ 제99조 제1항 의 규정에 의한 “ 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”은 동법시행령 제40조의 규정에 의한 산출방법을 준용하여 다음의 산식에 따라 산출하는 것입니다. ┌ 취득일부터 5년이 ┐＿┌ 취득당시의 ┐ └ 되는 날의 기준시가┘ └ 기준시가 ┘ 양도소득금액 × ───────────────────── ┌ 양도당시의 ┐＿┌ 취득당시의 ┐ └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘ 2. 양도소득금액과 ｢소득세법｣ 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때의 감면세액 계산은 ｢소득세법｣ 제90조 의 규정에 의하여 전체의 양도소득세 과세표준에 당해세율을 적용하여 계산한 금액이 양도소득 과세표준에서 감면소득금액이 차지 하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 다음의 산식으로 계산하는 것입니다. 감면소득금액 － 양도소득기본공제 감면세액 ＝ 양도소득과세표준 × 세율 × ─────────── 양도소득과세표준 위의 산식에서 양도소득기본공제는 감면소득금액외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고 남은 양도소득 기본공제액입니다. ○ 부동산거래관리과-1338, 2010.11.09 질의하신 내용은 붙임 해석사례 기획재정부 재산세제과-617호(2009.3.27)를 참고 하시기 바랍니다 ○ 기획재정부 재산세제과-617, 2009.03.27. 「조세특례제한법」 제99조 제1항 의 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 「소득세법」 제92조 제2항 에 의한 양도소득과세표준(감면소득금액을 포함)에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103 조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제 하는 것임을 알려드립니다. ○ 법규과-1038, 2011.08.10 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 의 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 「소득세법」 제92조 제2항 에 의한 양도소득과세표준(감면소득금액을 포함)에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준 에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것입니다.