농지보전부담금이 필요경비에 해당하는지 여부

실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 「농지법」 제38조에 따라 농지전용허가 조건으로 부담한 농지보전부담금은 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당함

[회신] 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 「농지법」 제38조에 따라 농지전용허가 조건으로 부담한 농지보전부담금은 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는 것입니다 ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 甲 은 2009.6월 농지를 매입함 - 甲의 농지에 임차인인 乙이 건물을 신축하기 위해 농지법 제38조 제 1항에 따른 ‘농지보전부담금’(5천만원)을 한국농어촌공사에 납부함 - 乙은 건물을 신축하지 않은 상태에서 甲에게 농지전용허가권을 이전하고 甲은 乙이 납부한 농지보전부담금을 乙에게 지급함 ○ 질의내용 - 甲 이 토지를 양도하는 경우 乙에게 지급한 농지보전부담금이 필요 경비에 해당하는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 ○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ① ～ ② 생략 ③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다) 4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 ④ 이하 생략 ○ 농지법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1 ～ 6. 생략 7. "농지의 전용"이란 농지를 농작물의 경작이나 다년생식물의 재배 등 농업생산 또는 농지개량 외의 용도로 사용하는 것을 말한다. 다만, 제1호나목에서 정한 용도로 사용하는 경우에는 전용으로 보지 아니한다. ○ 농지법 제38조 【농지보전부담금】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 농지의 보전ㆍ관리 및 조성을 위한 부담금(이하 " 농지보전부담금 "이라 한다)을 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자에게 내야 한다. 1. 제34조제1항에 따라 농지전용허가를 받는 자 2. 제34조제2항제1호에 따라 농지전용협의를 거친 지역 예정지 또는 시설 예정지에 있는 농지(같은 호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 포함한다)를 전용하려는 자 2의2. 제34조제2항제1호의2에 따라 농지전용에 관한 협의를 거친 구역 예정지에 있는 농지를 전용하려는 자 3. 제34조제2항제2호에 따라 농지전용협의를 거친 농지를 전용하려는 자 4. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거친 농지를 전용하려는 자 5. 제35조나 제43조에 따라 농지전용신고를 하고 농지를 전용하려는 자 ② 농림수산식품부장관은 정부투자기관ㆍ지방공사 및 지방공단이 산업단지의 시설용지로 농지를 전용하는 경우 등 대통령령으로 정하는 농지의 전용으로서 농지보전부담금을 한꺼번에 내기 어려운 부득이한 사유가 있다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 나누어 내게 할 수 있다. ③ 농림수산식품부장관은 제2항에 따라 농지보전부담금을 나누어 내게 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 나누어 내려는 자에게 나누어 낼 농지보전부담금에 대한 납입보증보험증서 등을 미리 예치하게 하여야 한다. 다만, 농지보전부담금을 나누어 내려는 자가 국가나 지방자치단체, 그 밖에 대통령령으로 정하는 자인 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그에 해당하는 농지보전부담금을 환급하여야 한다. 1. 농지보전부담금을 낸 자의 허가가 제39조에 따라 취소된 경우 2. 농지보전부담금을 낸 자의 사업계획이 변경된 경우 3. 그 밖에 이에 준하는 사유로 전용하려는 농지의 면적이 당초보다 줄어든 경우 ⑤ 농림수산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다. 1. 국가나 지방자치단체가 공용 목적이나 공공용 목적으로 농지를 전용하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 중요 산업 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 3. 제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우 ⑥ 농지보전부담금은 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 해당 농지의 개별공시지가의 범위에서 대통령령으로 정하는 부과기준을 적용하여 산정한 금액으로 한다. ⑦ 농림수산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 납부기한까지 내지 아니하면 납부기한이 지난 후 10일 이내에 10일 이내의 기간을 정한 독촉장을 발급하여야 한다. ⑧ 농림수산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 제7항에 따른 납부기한까지 부담금을 내지 아니하면 체납된 부담금의 100분의 5에 해당하는 가산금을 부과하여야 한다. ⑨ 농림수산식품부장관은 농지보전부담금을 내야 하는 자가 독촉장을 받고 지정된 기한까지 부담금과 가산금을 내지 아니하면 국세 또는 지방세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다. ⑩ 농림수산식품부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있으면 해당 농지보전부담금에 관하여 결손처분을 할 수 있다. 다만, 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 경우 결손처분을 한 후에 압류할 수 있는 재산을 발견하면 지체 없이 결손처분을 취소하고 체납처분을 하여야 한다. 1. 체납처분이 종결되고 체납액에 충당된 배분금액이 그 체납액에 미치지 못한 경우 2. 농지보전부담금을 받을 권리에 대한 소멸시효가 완성된 경우 3. 체납처분의 목적물인 총재산의 추산가액이 체납처분비에 충당하고 남을 여지가 없는 경우 4. 체납자가 사망하거나 행방불명되는 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 징수할 가능성이 없다고 인정되는 경우 ⑪ 농림수산식품부장관은 제51조에 따라 권한을 위임받은 자 또는 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제35조제2항 에 따라 농지관리기금 운용ㆍ관리 업무를 위탁받은 자에게 농지보전부담금 부과ㆍ수납에 관한 업무를 취급하게 하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 수수료를 지급할 수 있다. ⑫ 농지관리기금을 운용ㆍ관리하는 자는 제1항에 따라 수납하는 농지보전부담금 중 제11항에 따른 수수료를 뺀 금액을 농지관리기금에 납입하여야 한다. ⑬ 농지보전부담금의 납부기한, 납부 절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 서면1팀-644, 2007.05.16. 부동산거래관리과-910, 2011.10.26. 귀 질의의 경우, 건축물을 신축하기 위하여 임차한 농지를 대지로 지목 변경함에 따라「농지법」제40조의 규정에 의한 농지보전부담금을 토지의 임차인이 부담한 경우 동 농지보전부담금은 토지소유자의 토지에 대한 자본적지출에 해당하는 것임 ○ 재산세과-836, 2009.03.11. 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 거주자가 농지에 건물을 신축하기 위하여 「 농지법」 제38조 에 따라 농지전용허가 조건으로 부담한 농지보전부담금은 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는 것임