사립대학이 기숙사를 기부채납받고 관리운영권을 부여하는 경우 부가가치세 과세 여부 등

대학교가 사업시행자에게 부여하는 관리운영권은 부동산 임대용역을 제공한 것이므로 부가가치세가 과세되는 것이며, 그 부동산 임대업과 관련하여 기부채납 받은 기숙사에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것임

[회신] 사업시행자가 기숙사로 사용하기 위한 건물을 신축하여 사립대학교에「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조제2호에 따른 BTL방식을 준용하여 기부채납하고 그 대가로 일정기간 그 기숙사에 대한 관리운영권을 부여 받아 해당 대학교에 임대하는 경우 해당 대학교가 사업시행자에게 부여하는 관리운영권은 부동산 임대용역을 제공한 것이므로「부가가치세법」제1조제1항제1호에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며, 그 부동산 임대업과 관련하여 기부채납 받은 기숙사에 관련된 매입세액은 같은 법 제17조제1항제1호에 따라 매출세액에서 공제하는 것임 〔붙 임 : 참고자료〕 1. 질의내용 요약 (사실관계) - 사립학교법인(이하 “학교법인”이라 함)은 임대형 민간사업시행자인 기숙사관리 (주) (이하 “SPC”라 함)로부터 완공된 건물인 기숙사를 2010년 5월말에 기부 채납 받았 으며, SPC는 기부채납 시점부터 20년간 동 건물에 대한 시설관리운영권을 취득함 - SPC는 동일한 기간(20년) 학교에 건물을 임대하기로 하고 임대료를 분기별로 수령하기로 학교법인과 약정함 ※ 본 건 기숙사는 사회기반시설에대한민간투자법 제4조 제2호 의 BTL방식을 준용 하여 건설한 것임 - SPC는 학교법인에게 기숙사를 기부채납하면서 세금계산서를 교부하 였으며, 학교법인은 SPC에 관리운영권 부여 시 부동산임대용역의 공급 시기에 준해 2010년 1기 확정신고기간과 2010년 2기 예정신고기간 말일자에 세금계산서를 교부하였고 미발행분에 대해 2010년 2기 확정 기간 중 선세금계산서 발행을 고려하고 있음 (질의사항) 학교법인이 SPC에게 관리운영권을 부여하는 거래가 부가가치세 과세 거래에 해당하는지 여부, 그 거래 시기 및 학교법인이 교부받은 기숙 사 건물 분 세금계산서의 매입세액을 전액 공제할 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29. 개정) 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액