수입한 묘목이 부가가치세 환급대상 농업용기자재에 해당하는지 여부

농민(농민에 해당하는 사업자 포함)이 외국으로부터 묘목을 직접 수입하면서 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받는 경우에는 「조세특례제한법」 105조의2제1항에 따른 부가가치세 환급 특례규정을 적용할 수 없는 것임

[회신] 종묘형태의 서양란(동양란) 종묘나 화훼용 서양 묘목은 ｢농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정｣ [별표5]에 열거된 ‘화훼용 종자류’에 해당되는 것이나, ｢조세특례제한법｣ 제105조의2제1항에 따라 부가가치세 환급대상 농업용 기자재는 ｢부가가치세법｣ 제3조제4항에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당하는 것입니다. 농민(농민에 해당하는 사업자 포함)이 외국으로부터 묘목을 직접 수입하면서 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 105조의2제1항에 따른 부가가치세 환급 특례규정을 적용할 수 없는 것입니다. | Ⅰ | | 질의요지 및 사실관계 | 질의요지 ○ 농민이 화훼용 종자류를 수입하면서 세관장으로부터 발급받은 세금 계산서로 ｢조세특례제한법｣ 제105조 의 2제1항에 따른 부가가치세 환급이 가능한지 여부 사실관계 | 인천세관장 | | 농민 | | 지역농협 또는 세무서 | ○ 열대묘목을 수입, 관엽식물을 생산하는 농민인 이봉수(이하 “민원인” 이라 함)가 구입하여 재배하고 있는 아래의 식물들이 ｢조세특례제한법｣ 제105조 의 2에 따른 부가가치세 환급대상인지의 여부 - Dracaena reflexa-song of idia, Dracaena marginata-Bicolor, Dracaena fragrans-Fortune tree ○ 농민이 직접 수입하여 세관장이 발행한 부가가치세가 포함된 세금계산서의 경우 부가가치세 환급 가능 여부 | Ⅱ | | 관련규정 | ○ 조세특례제한법 제105조 의 2【농어업용 기자재에 대한 부가가치세 환급에 관한 특례】 ① 다음 각 호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 "관할 세무서장" 이라 한다)은 대통령령으로 정하는 농어민(이하 이 조에서 "농어민" 이라 한다)이 농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(「부가 가치세법」 제3조제4항에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다 . 1. 제3항에 따른 환급대행자를 통하여 환급을 신청하는 경우에는 환급 대행자의 사업장 관할 세무서장 2. 제1호 외의 경우에는 해당 농어민의 사업장 관할 세무서장 ② 제1항에 따른 기자재를 공급하는 일반과세자는 그 기자재를 구입하는 농어민이 세금계산서의 발급을 요구하면 「부가가치세법」 제32조 에도 불구하고 세금계산서를 발급하여야 한다. ③ 제1항에 따라 환급을 받으려는 농어민은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자는 사업장 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청할 수 있다. 1. 「농업협동조합법」에 따른 조합 2. 「수산업협동조합법」에 따른 조합 3. 「엽연초생산협동조합법」에 따른 엽연초생산협동조합 ④ 환급대행자는 환급을 신청한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우에는 관할 세무서장에게 이를 알려야 한다. 1. 농어민이 아닌 것으로 판단되는 경우 2. 농어민의 경작면적, 시설규모 등을 고려할 때 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 환급을 신청한 것으로 판단되는 경우 ⑤ 관할 세무서장은 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 환급받은 부가가치세액과 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 부가가치세로 추징한다. 1. 농어민이 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 기자재를 본래의 용도에 사용하지 아니하거나 농어민 외의 자에게 양도한 경우 2. 농어민이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 세금계산서에 의하여 부가가치세를 환급받은 경우 가. 재화의 공급 없이 발급된 세금계산서 나. 재화를 공급한 사업장 외의 사업장 명의로 발급된 세금계산서 다. 재화의 공급 시기가 속하는 과세기간 후에 발급된 세금계산서 라. 정당하게 발급된 세금계산서를 해당 농어민이 임의로 수정한 세금계산서 마. 그 밖에 사실과 다르게 적힌 대통령령으로 정하는 세금계산서 3. 농어민에 해당하지 아니하는 자가 제1항에 따른 부가가치세액을 환급받은 경우 ⑥ 관할 세무서장은 환급대행자가 제4항에 따른 통보를 하지 아니함에 따라 제5항제3호가 적용되는 경우에는 환급받은 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 환급대행자로부터 가산세로 징수한다. ⑦ 농어민이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 요건을 충족하는 추징세액의 고지일부터 2년간 제1항에 따른 환급을 받을 수 없다. 1. 제5항에 따라 최근 2년 이내에 3회 이상 부가가치세를 추징당한 경우 2. 제5항에 따라 추징된 세액의 합계액이 200만원 이상으로서 대통령령 으로 정하는 금액을 초과하는 경우 ⑧ 환급대행자는 부가가치세의 환급대행과 관련하여 환급신청서의 작성 및 제출, 환급관리대장의 비치, 환급금의 배분 등에 드는 비용에 충당하기 위하여 환급받는 자로부터 대통령령으로 정하는 금액을 수수료로 징수할 수 있다. ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정을 적용할 때 환급 절차, 제출 서류 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화의 수입에 대해서는 부가 가치세를 면제한다. 이 경우 제9호 및 제10호는 2011년 12월 31일까지 수입신고하는 분에만 적용하고, 제11호는 2012년 12월 31일까지 수입신고하는 분에만 적용하며, 제12호는 2014년 12월 31일까지 수입신고하는 분에만 적용하고, 제13호는 2015년 12월 31일까지 수입신고하는 분에만 적용한다. 1. 무연탄 3. 과세사업에 사용하기 위한 선박 4. 과세사업에 사용하기 위한 「관세법」에 따른 보세건설물품 9. 제105조제1항제5호에서 규정하는 농민이 직접 수입하는 농업용 또는 축산업용 기자재와 제105조제1항제6호에서 규정하는 어민이 직접 수입하는 어업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ⑮ 법 제106조제2항제9호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정」 제3조제3항 내지 제6항에 규정된 농업용 기자재, 축산업용 기자재, 임업용 기자재 및 친환경농업용 기자재로서 「농업협동조합법」에 의하여 설립된 각 조합으로부터 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 농민임을 확인받은 자가 수입 하는 것과 동규정 제3조제7항의 규정에 의한 어업용 기자재로서 「수산업협동조합법」에 의하여 설립된 각 조합으로부터 기획재정 부령이 정하는 바에 따라 어민임을 확인받은 자가 수입하는 것을 말한다 . ○ 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제2조 【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】 ① ｢조세특례제한법｣(이하 "법"이라 한다) 제105조제1항제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 고시 하는 "한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 " 농민"이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다. 1. 개인 2. ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣에 따라 설립된 영농조합 법인과 농업회사법인. 다만, 법 제105조제1항제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만 해당한다. 3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준 으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업 연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다. 가. 「농어업·농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호가목에 따른 농업인 나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자 4. ｢농업협동조합법｣에 의한 조합 및 중앙회. 다만, 가축용 사료를 공급받거나 농작업대행 또는 임대용으로 제3조제3항에 따른 농업기계를 공급받는 경우만 해당한다. 5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "위탁사육"이라 한다)하거나 제1호부터 제3호 까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급 하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "계약사육"이라 한다)하는 축 산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림수산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다. 6. ｢축산법｣에 의하여 농림수산식품부장관이 지정한 비영리가축검정기관. 다만, 가축검정용 사료를 공급받는 경우에 한한다. ○ 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제3조 【영세율 적용대상 농·축산·임·어업용기자재의 범위】 ③ 법 제105조제1항제5호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표 1의 농업기계 를 말한다. ④ 법 제105조제1항제5호 라목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표 2의 축산업용 기자재 를 말한다. ⑤ 법 제105조제1항제5호 바목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표 3의 임업용 기자재 를 말한다. 다만, 「산림조합법」에 따라 설립된 조합 또는 중앙회의 장으로부터 영림업용 또는 벌목업용으로 사용 되는 것임을 확인받은 것에 한한다. ⑥ 법 제105조제1항제5호 사목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표 3의2의 친환경농업용 기자재 를 말한다. ○ 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제6조 【부가가치세 환급대상 농어민의 범위】 ① 법 제105조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 농어민"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농어민"이라 한다)를 말한다. 1. 제2조제1항제1호부터 제3호까지 및 제6호에 따른 농민 1의2. ｢농업협동조합법｣에 따른 조합 및 중앙회. 다만, 농업용 무인헬리콥터를 공급받는 경우만 해당한다. 2. 제2조제4항의 규정에 의한 어민(동항제3호중 ｢수산업협동조합법｣에 의한 수산업협동조합과 수산업협동조합중앙회를 제외한다) ○ 농․축산․임․어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제7조 【부가가치세 환급대상 농어업용 기자재의 범위】 법 제105조의 2제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 별표 5의 농업용 기자재 2. 별표 6의 어업용 기자재 【별표 5】 18. 화훼용 종자류(2007.02.28개정시 추가, 2007년 4월 1일부터 시행) ○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 (제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다) 2. 재화를 수입하는 자 ② 제1항에 따른 납세의무자는 개인·법인(국가·지방자치단체와 지방 자치단체조합을 포함한다)과 법인격이 없는 사단·재단 또는 그 밖의 단체를 포함한다. ○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다. ○ 종자산업법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. "종자산업"이라 함은 종자를 육성·증식·생산·조제·양도·대여·수출·수입 또는 전시하는 것을 업으로 하는 것을 말한다. 2. "작물"이라 함은 농산물·임산물 또는 수산물의 생산을 위하여 재배 되는 모든 식물을 말한다. 3. "종자"라 함은 증식용 또는 재배용으로 쓰이는 씨앗·버섯종균 또는 영양체를 말한다. | Ⅲ | | 관련사례 | ○ 법규과-1700, 2010.11.18. 종묘형태의 서양란(동양란) 종묘나 화훼용 서양 묘목은 「농·축산· 임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」〔별표5〕에 열거된 ‘화훼용 종자류’에 해당되는 것이나 「조세특례제한법」 제105조 의 2 제1항에 따라 부가가치세 환급대상 농업용 기자재는 「부가가치세법」 제3조 제4항 에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당하는 것임 농민에 해당하는 사업자가 외국으로부터 묘목을 직접 수입하면서 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받는 경우에는 「조세특례제한법」 제105조 의 2제1항에 따른 부가가치세 환급 특례규정을 적용할 수 없는 것임 ○ 서면3팀-610, 2006.03.29. 영농조합법인이 부가가치세 사후환급이 적용되는 농업용기자재를 당해 법인의 농업에 사용하기 위하여 구입하는 것이 아니라 조합원인 농민들에게 공급하기 위하여 자기의 명의로 제조업자와 계약, 일괄구입하고 당해 기자재 구입 관련 세금계산서를 당해 조합명의로 교부받아 직접 환급 신청하는 경우에는 조세특례제한법 제105조의2 의 부가가치세 환급규정이 적용되지 아니하는 것입니다. ○ 서면3팀-2972, 2007.11.02. 【질의내용】 당사는 외국에서 종묘의 형태인 동양난을 수입하여 일부는 화훼 소매상 및 화훼농장에 판매하고 일부는 자체 농장에서 국내 환경에 맞게 재배를 한 후 화훼 소매상 등에 판매함. (전자는 부가가치세 과세거래로 후자는 부가가치세 면세거래 신고 납부함.) * 당사가 수입하는 화훼용종자류는 수입신고필증상 거래품목이 동양란 이고 세번번호는 0602-90-1010임. * 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정” 제7조 제1호의 [별표5] 제18호의 규정에 화훼용 종자류가 신설됨(2007. 2. 28) - 상기 수입하는 동양난이 화훼용종자류에 해당하는지 여부 【회신내용】 수입한 동양난 종묘가 환급대상 농업용 기자재에 해당하는지 여부에 대한 귀 질의의 경우 다음에 게재하는 기 질의회신사례【서면3팀-2957, 2007.10.31】을 참고 바람 ○ 서면3팀-2957, 2007.10.31. 【질의내용】 당사는 부가가치세 과·면세 사업자인 영농조합법인임. “농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정(이하 ‘특례규정’)” 제7조 제1호의 [별표5]에 화훼용종자류를 2007.2.28일에 추가하여 부가가치세를 환급받을 수 있도록 되었음 당사는 금년 2/4분기에 수입한 서양란의 종묘를 화훼용종자류로 판단함. [질의1] 당사가 수입하는 화훼용종자류는 수입신고필증상 거래품목이 서양란(DENDROBIUM)이고 세번번호는 0602-90-1010임. 양란은 씨앗으로 번식되지 않기 때문에 수출국에서 조직을 배양해서 5-6㎝(일반적으로 5-6㎝가 많고, 작은 것은 2-3㎝에서 큰 것은 7-8㎝)의 종묘로 키워서 말린것(형태는 양란의 줄기로서 수분이 30-40% 정도가 제거 되도록 말린 것이며, 잎은 배양과정에서 싹이 튼것도 있고 싹이 트지 않은 것도 있음. 봄철에 개나리를 번식시킬 때 일정크기로 잘라놓은 삽목과 비슷함)을 수입하고 있음 당사는 수입한 화훼용종자류를 작은 것은 직경 5.5㎝에 높이 5.5㎝, 큰것은 직경 9.5㎝에 높이 9.5㎝의 플라스틱 화분에 나무를 분쇄한 것을 흙대신 넣고 1-2개씩 심어 온실에서 싹을 틔우고 1년 3개월 정도 재배하여 꽃봉우리가 달리고 꽃이 한두송이 피기 시작하면 상품으로 한국화훼농업협종조합, 농수산물유통공사에 납품을 함 - 이 경우 수입하는 물품이 화훼용종자류에 해당하는지 여부 【회신내용】 종묘형태의 서양란 종묘는 「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」〔별표5〕에 열거된 화훼용 종자류에 해당되므로 「조세특례제한법」제105조의 2 제1항의 규정을 적용할 수 있는 것이며, 같은 법의 규정에 의한 농·어민이 사업장 관할세무서장에게 직접 환급을 신청하는 경우 같은 특례규정 제9조 제4항의 규정에 의하여야 하는 것으로서 귀 질의의가 이에 해당하는지 여부는 사실관계를 명확히 하여 관련 법령을 참고 바람