수입재화의 수입세금계산서가 과오납에 해당하여 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 교부받는 경우 가산세 적용 여부

세관장으로부터 당초 교부받은 수입세금계산서로 매입세액을 공제받은 후 수정수입세금계산서를 교부받아 매입처별세금계산서합계표 제출과 함께 부가가치세를 신고납부한 사업자에 대하여는 매입처별세금계산서합계표불성실가산세는 적용하지 아니하는 것임

[회신] 세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 관세법 제38조제3항과 동법 제46조의 규정에 의하여 과오납부한 수입재화에 해당하는 경우에는 관할세관장이 부가가치세를 지체없이 징수 또는 환급하고 수정수입세금계산서를 수입자에게 교부하는 것이고, 이 경우 세관장으로부터 당초 교부받은 수입세금계산서로 매입세액을 공제받은 후 수정수입세금계산서를 교부받아 매입처별 세금계산서 합계표 제출과 함께 부가가치세를 신고납부한 사업자에 대하여는「부가가치세법」제22조 제5항 및「국세기본법」제47조의 3 내지 제47조의 5에 규정하는 가산세는 적용하지 아니하는 것입니다. 다만, 귀 질의가 이에 해당하는지의 여부는 관련사실을 종합하여 판단할 사항임 [관련 참고자료] 1. 사실관계 ○ 질의자(이하 당사라함)는 담배사업법에 근거한 담배제조와 판매를 주사업으로 하는 영리내국법인임 ○ 당사가 특정담배제조를 위하여 수입하는 원재료 중에는 잎담배(혼합엽)가 있으며, 동 재료의 수입과 관련하여 수입신고필증에 관세율표(HS CODE)2401로 기재하여 관할 세관에 정상적으로 신고하였음. ○ 당사는 관세율표상 2401 CODE로 수입신고한 내용에 따라 세관장이 발행한 수입세금계산서를 교부받아 부가가치세를 납부하였고 동 세액을 매입세액으로 공제처리 하였음 ○ 그러나, 관세율표 2401로 분류되는 잎담배(혼합엽)는 부가가치세법상 면세대상항목으로서 세관장이 거래징수한 부가가치세는 과오납금에 해당함 2. 쟁 점 ○ 세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 과오납부한 수입재화에 해당하여 세관장으로부터 수정수입세금계산서를 교부받아 수정신고하는 경우 세금계산서합계표 불성실가산세 및 신고․납부불성실가산세 적용 여부