감면받은 토지임차료를 징수당하는 경우 매입세액 공제 여부

부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 「외국인투자지역운영지침」에 따라 감면받은 토지 임차료에 대해 해당 건축면적요건을 이행하지 아니하여 한국산업단지공단으로부터 부가가치세를 거래징수 당하는 경우, 이에 대한 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것임

[회신] 귀 질의의 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 「외국인투자지역운영지침」에 따라 감면받은 토지 임차료에 대해 해당 건축면적요건을 이행하지 아니하여 한국산업단지공단으로부터 「부가가치세법」 제16조제1항에 따른 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 거래징수 당하는 경우, 이는 같은 법 제17조제1항에 따른 매입세액에 해당되어 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다. [관련 참고자료] 1. 사실관계 가. 질의자(이하 당사라 함)는 TFT, LED용 박막 제조업을 영위하는 과세사업자임 (1) 질의자와 A법인은 2005년 10월 오창외국인투자지역내 각각 165천㎡, 145천㎡의 공장부지를 임차하기로 하고 한국산업단지공단(이하 공단이라 함)과 입주계약 체결하였으며, (2) 2007년 당사는 A법인을 흡수합병하였으며 그에 따라 총 임차면적이 310천㎡로 공단과 입주계약 변경함 나. 당사는 310천㎡에 대해 외국인투자지역운영지침에 규정된 조건에 따라 공단에 사업계획서를 제출하고 임대료 감면신청함 (1) 감면요건은 외국인투자금액과 5년내 건축면적 이행하는 내용임 (2) 2006년 3월 국유재산 임대료 에 대해 100% 감면결정 받음 다. 당사는 2010년 10월 현재 외국인투자금액은 100% 투자달성하였으나 건축면적은 일부 미이행함 (1) 공단은 외국인운영지침 및 오창외국인투자지역 관리기본계획에 따라 건축면적 미이행분에 대하여 기존 임대료 감면을 중단 (2) 건축면적 미이행 비율에 해당되는 토지면적분 115천㎡에 대하여 사유발생일이 속한 달(2010년 10월)부터 입주자격 미달 임대료를 적용하여 임대료 납부할 것을 당사에 통보함 (3) 공단은 충청북도 및 지식경제부 외투위원회 등의 결정에 따라 당해 기존 임대료 감면분에 대해 당사에 2011년 6월을 발급일자로 하여 세금계산서 발급함 2. 질의내용 ○ 한국산업단지공단으로부터 외국인투자지역운영지침에 따른 토지임대료 감면요건을 충족하지 못하여 부가가치세를 포함한 토지 임차료를 납부한 경우 당해 매입세액이 공제가능한지 여부 3. 관련된 법령 및 유사해석사례 ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다. 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 4. 「개별소비세법」 제1조제2항제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액 5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다. ○ 부가가치세법 제9조 【거래 시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. ④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때 2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 ○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.(이하생략)