한국농어촌공사가 수행하는 지하수영향조사사업이 과세사업에 해당되는지 여부

「조세특례제한법 시행령」 제106조제7항제4호에 따른 정부업무대행단체인 한국농어촌공사가 지하수개발・이용의 허가를 신청하고자 수행하는 지하수영향조사사업은 「조세특례제한법 시행규칙」 제48조제1항 및 같은 규칙 별표10의 제3호에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제106조제7항제4호에 따른 정부업무대행단체인 한국농어촌공사가 지하수개발・이용의 허가를 신청하고자 수행하는 지하수영향조사사업은 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제48조제1항 및 같은 규칙 별표10의 제3호에 따라 부가가치세가 면제되지 아니하는 것입니다. [관련 참고자료] 1. 사실관계 ○ 정부업무대행단체인 한국농어촌공사가 ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣ 제10조 각 호에 규정된 사업을 하는 경우 면세함[조특법§106①(6호), 조특법 시행규칙 별표10(3호)] - 다만, 한국농어촌공사가 2006.4.17.부터 시행하는 농업기반시설의 임대사업, 지하수자원개발사업, 저수지와 그 주변 준설사업 및 ｢폐기물관리법｣ 제30조 에 따른 폐기물 처리시설 검사업무는 부가가치세가 과세됨 ○ 한국농어촌공사 ★★지역본부는 ☆☆군과 지하수개발, 지하수영향조사, 지하수시설물 유지관리사업 등을 계약하여 시행하고 - 해당 지하수영향조사의 용역제공에 대하여 지하수개발사업의 부수사업(과세사업)으로 보아 ☆☆군에 세금계산서를 발급하고 그 대가를 받았음 ○ ★★도청은 ☆☆군에 대한 업무감사 후 지하수영향조사사업을 지하수개발사업(과세사업)과 다른 별도의 사업(면세사업)으로 판단하고 - ☆☆군이 한국농어촌공사에게 지하수영향조사사업 대가로 지급한 금액 중 부가가치세 상당액을 환수하도록 감사결과 통지 ○ 지하수법에 따르면 지하수를 개발․이용하려는 자 는 시장․군수․구청장의 허가를 받고 , 허가신청시 지하수영향조사서를 제출 하여야 하며 - 시장․군수․구청장은 지하수영향조사서를 심사하여 그 결과를 허가내용에 반영 하여야 함(지하수법§7①) 2. 질의내용 ○ 한국농어촌공사가 수행하는 지하수영향조사사업이 지하수자원의 개발사업에 포함되는 것으로 보아 부가가치세가 면제되는 사업에서 제외함이 타당한지 여부 3. 관련된 법령 및 유사해석사례 ○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】 ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(附隨)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. ○ 부가가치세법 시행령 제3조 【부수재화 또는 용역의 범위】 법 제1조제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역 2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역 3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역 4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제9호 및 제12호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2012년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 4. 7｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 ｢부가가치세법 시행령｣ 제37조제1호 의 규정에 불구하고 적용한다. 1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업 2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제2조제2항 에 규정된 사업 3. 부동산임대업 4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업 5. 수상오락서비스업 6. 유원지·테마파크운영업 7. 주차장운영업 및 자동차견인업 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】 ① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. [별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(조특법 시행규칙§48①관련) 3. ｢한국농어촌공사 및 농지관리기금법｣에 따른 한국농어촌공사 ｢한국농촌공사 및 농지관리기금법｣ 제10조에 규정된 사업. 다만, 농업기반시설의 임대사업, 지하수자원 개발사업, 저수지와 그 주변 준설사업 및 ｢폐기물관리법｣ 제30 조제1 항에 따른 폐기물처리시설 검사업무는 제외한다. * 지하수자원 개발사업은 2006.4.17.개정(추가)