사업장을 달리하여 제조업과 음식점업을 겸영하는 경우 의제매입세액공제율 적용방법

농산물 등 원재료로 과세 재화를 제조하여 일부는 외부에 판매하고 일부는 자기의 다른 사업장에 반출하여 음식용역의 원재료로 사용하는 경우 당해 음식용역에 소비된 농산물 등의 의제매입세액공제율은 음식점업의 공제율을 적용하는 것임

[회신] 다수의 사업장에서 제조업 및 음식점업 등을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물 등을 원재료로 하여 과세 재화를 제조하여 일부는 외부에 판매하고 일부는 자기의 다른 사업장에 반출하여 음식용역의 원재료로 사용하는 경우 당해 음식용역에 소비된 농산물 등의 의제매입세액공제율은「부가가치세법 시행규칙」제19조 제1항의 규정에 의한 음식점업의 공제율을 적용하는 것이며, 이 경우 외부에 판매하거나 음식용역의 원재료로 사용·소비된 농산물 등의 가액구분은 실지 사용된 수량 또는 금액이 각각 구분되는 경우에는 그 구분되는 실지 귀속에 의하는 것이나, 실지 귀속이 불분명한 경우에는「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 규정을 준용하는 것임 〔붙 임 : 참고자료〕 1. 질의내용 요약 (사실관계) - ○○은 음식점업을 주업으로 하는 법인으로서 전국에 670여개 사업장에서 단체 급식 사업 및 음식점업, 식자재 도매업, 임대 및 제조업을 영위하고 있으며, 원재 료 (쌀, 밀가루 등)를 센터에서 일괄 구매하여 제품을 생산․가공 가능 하도 록 설비된 제조사업장으로 입고하여 과세되는 볶음밥, 면 등을 생산하여 일부는 제품 상태로 외부에 판매하고 일부는 급식용역을 제공하는 단체급식 사업장에 원재 료로 사용하고 있음 (질의사항1) 별도로 설치된 제조장에서 가공된 제품을 본인이 운영하는 다른 음식점업 사업장의 원재료로 사용하는 경우 이에 소비된 원재료에 대하여 의제 매입 세액공제를 함에 있어 음식점업의 공제율을 적용함이 타당한지 여부 (질의사항2) 총 원재료 중 음식점업에 소비된 원재료와 과세제품 상태로 외부에 판매 하는 제조업에 소비되는 원재료의 안분을 제조장의 제조원가 기준 으로 함이 타당한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물 (이하 “면세농산물 등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우(제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세 면제를 받지 아니하기로 하고, 제11조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다. ○ 부가가치세법시행령 제62조 【의제매입세액계산】 ① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차 가공을 거친 것, 동조 제2항 각호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 기획재정부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. ○ 부가가치세법시행규칙 제19조 【의제매입세액계산】 ① 영 제62조 제1항에서 “기획재정부령이 정하는 율”이라 함은 102분의 2(음식점업의 경우에는 103분의 3)를 말한다. 다만, 음식점업자가 2008년 12월 31일까지 공급받는 영 제62조 제1항의 규정에 의한 면세농산물 등(이하 “면세농산물 등”이라 한다)에 대하여는 106분의 6을 적용한다. ⑤ 영 제62조의 규정을 적용함에 있어서 과세사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 영 제61조의 규정을 준용한다. ○ 부가가치세법 기본통칙 17-62-4 【겸업자의 의제매입세액 계산】 ① 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간 종료일까지 당해 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료 여부를 구분 하고 차기이월원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로 영 제61조 제1항 규정을 준용한다. ② 영 제61조 제1항을 준용함에 있어서 적용하는 산식은 당해 사업장에서 매입한 면세원재료로써 제조ㆍ가공한 과세재화 또는 창출한 과세용역과 면세재화 또는 면세용역과의 총 공급가액에 대한 과세재화 또는 과세용역 공급가액이 차지하는 비율에 따라 의제매입세액 공제대상 원재료를 구분 한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례) ■ 서면3팀-671, 2004.04.02 2개 이상의 사업장을 가지고 음식점 업을 영위하는 법인이 한 사업장에서 음식 원재료인 면세되는 농산물 등을 일괄 구입하여 다른 사업장으로 반출하면서 일부 원 재 료는 1차 가공하여 반출하고 있으 나 가공된 원재료는 직접 판매하지 않고 전량 다른 사업장에서 음식 원재료로 사용하여 음식 용역을 제공하는 경우 당초 면세되는 원재료를 구입한 사업장에서 의제매입 세액공제를 함에 있어 부가가치세법시행령 제62조 제1항 및 동법시행규칙 제19조 제1항 규정의 공제율은 음식점업의 공제율을 적용하는 것 임 . ■ 부가22601-1130, 1987.06.05 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 제조 · 채취·채굴·재배·양식기타 이와 유사한 방법에 의하여 취득한 면세원재료가액은 소득 세법 시행령 제79조 또는 법인세법 시행 령 제85조의 규정에 의하여 계산된 취득가액을 원재료의 가액으로 하여 당해 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입 세액 을 계산하는 것이나, 실지귀속이 불분명한 경우에는 부가가치세법 시행령 제6 1조 제1항의 규정을 준용하여 당해 사업장에서 매입한 면새원재료로서 제조 가공한 과세재화와 면세재화와의 총 공급가액에 대한 과세재화 공급가액이 차지하는 비율에 따라 계산하는 것임. ■ 간세1265.1-421, 1981.04.13 부가가치세가 과세되는 사업자가 의제매입세액이 공제되는 재화와 의제매입세액이 공제 되지 아니하는 재화를 제조하는 경우에 의제 매입세액의 공제는 면세원재료를 공급 받아 사용 소비한 당해 과세기간중의 실지귀속에 따라 의제매입세액을 공제 계산 하는 것이며, 실지 귀속이 불분명한 경우 에는 부가가치세법 시행규칙 제19조 제4 항의 규정에 의하여 동법 시행령 제61조의 규정을 준용하여 안분 계 산하는 것임. 따라서 실지귀속여부는 면세원재료의 구입, 관리, 제조 또는 가공 과정 의 투입, 제조과정, 제품생산관리 등의 제반실태에 따라 실지귀속여부를 판단 하는 것임.