과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자의 매입세액공제 방법

백화점 및 대형할인점을 운영하는 법인의 지점사업장(물류센터)이 협력업체에게 납품상품의 보관, 분류, 배송 등의 업무를 대행하여 주고 수수료를 받는 물류사업과 기타 외부 프랜차이즈 업체로의 과・면세 상품을 매출하는 사업 및 부동산임대업 등을 겸영하는 경우, 당해 물류센터의 매입세액이 과세사업 또는 면세사업에 관련된 매입세액으로 실지귀속이 명백하게 구분되는 경우에는 전액 공제 또는 전액 불공제하는 것이며, 그 매입세액이 해당 물류센터의 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 해당 물류센터의 공급가액을 기준으로 안분계산 하는 것임

[회신] 백화점 및 대형할인점을 운영하는 법인의 지점사업장(물류센터)이 협력업체에게 납품상품의 보관, 분류, 배송 등의 업무를 대행하여 주고 수수료를 받는 물류사업과 기타 외부 프랜차이즈 업체로의 과․면세 상품을 매출하는 사업 및 부동산임대업 등을 겸영하는 경우, 당해 물류센터의 매입세액이 과세사업 또는 면세사업에 관련된 매입세액으로 실지귀속이 명백하게 구분되는 경우에는 전액 공제 또는 전액 불공제하는 것임 다만, 그 매입세액이 해당 물류센터의 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는 해당 물류센터의 공급가액을 기준으로「부가가치세법 시행령」제61조에 따라 안분계산 하는 것임 〔붙 임 : 참고자료〕 1. 질의내용 요약 (사실관계) - 당 법인은 백화점과 대형할인점 등 도·소매업을 영위하는 법인으로서, 당 법인은 1,200여개의 협력업체로부터 다양한 상품(과세물품, 면세물품 등)을 매입하여 최종 소비자에게 판매하고 있음 - 협력업체는 자기의 상품을 130여개 당사의 각 사업장으로 배송하여야 하므로 상 품을 원활하게 공급하기 어렵고 과도한 물류비용을 초래하는 바, 당해 협력업체에게 원활한 물류용역을 제공하고자 물류센터를 운영하고 있음 - 당 법인이 발주한 협력업체별 상품이 물류센터로 배송되면 물류센터에서는 검품· 검수활동을 거쳐 일부는 분류과정만 거쳐 배송하기도 하고 일부는 일정기간 보관 후 배송하거나 일부는 제조 가공의 공정을 거친 후 각 사업장별로 배송하며, 각 사 업장에서는 다시 상품의 검품·검수를 한 후 입고 처리함 - 물류센터의 대부분을 차지하는 수익은 협력업체가 입고한 상품의 물류대행용역을 제공하고 받는 물류대행수수료로서 과세매출이 발생하며 , 기타 매출로 프랜차이즈 점포로의 상품판매매출(면세매출도 있음)과 임대료 수익 등이 있음 - 이에 대응하여 운송회사의 상품배송 용역에 따른 차량운송 용역료, 물류센터 보관창고 업무를 수행하는 인적용역비 등의 매입세액이 발생함 (질의사항) 상기 물류센터의 부가가치세 납부세액 계산 시 차량운송 용역료 및 인적용역비 등의 매입세액공제 방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 ○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31. 단서신설) 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액