기 공제받은 일부 설계용역비에 대한 매입세액을 폐업으로 인한 확정신고시 다시 납부하여야 하는지 여부

사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관(이하 “전담기관”이라 한다)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것임

[회신] 귀 질의의 경우, 사실관계 등 질의내용이 불분명하여 명확한 답변을 하기 어려우나, 정부출연금의 부가가치세 과세표준 포함여부와 관련하여서는 기존 해석사례(서면3팀-1661, 2006.08.01.)를 참조하시기 바람 ○ 서면3팀-1661, 2006.08.01. 사업자(이하 “주관기관”이라 한다)가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관(이하 “전담기관”이라 한다)과 기술개발협약을 체결하여 참여기업(주관기관과 공동연구개발을 수행하는 자)과 공동기술개발을 수행하고 개발된 지적재산권, 실시권 등을 주관기관 및 참여기업에 귀속시키는 경우 당해 기술개발과 관련하여 정부 또는 전담기관으로부터 지원되는 정부출연금은「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것이며 이 경우 주관기관이 교부받은 정부출연금을 용역의 공급 등에 대한 대가관계 없이 분담비율에 따라 다시 참여기업에 배정하는 경우 및 참여기업이나 주관기관이 소유한 개발결과물을 자기의 사업에 사용하면서 정부출연금의 일정금액을 기술료로 납부하는 경우에는「부가가치세법」제1조의 규정에 의한 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것임 〔붙 임 : 참고자료〕 ■ 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. (2010. 1. 1. 개정) 4. 국고보조금과 공공보조금 (2010. 1. 1. 개정) ○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】 ⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.