국고보조금의 세금계산서 발급 및 매입세액공제 여부

금 관련 제품을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 금 관련 제품을 공급한 금사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하는 것이며, 이 경우 환급세액은 「부가가치세법」 제59조제2항 각호의 규정에 해당하지 아니하므로 조기환급이 되지 않는 것임

[회신] 「조세특례제한법」제106조의4에 따라 금 관련 제품을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 금 관련 제품을 공급한 금사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하는 것이며, 이 경우 환급세액은 「부가가치세법」 제59조제2항 각호의 규정에 해당하지 아니하므로 조기환급이 되지 않는 것입니다. [관련 참고자료] 1. 사실관계 가. 질의업체는 폐기물중간처리와 전해기제작 및 전해기를 거래회사에 설치하여 저급의 금을 채취 후 이를 정제련회사에 임가공시켜 고순도의 금을 만들어 판매하는 제조업체임 나. 금 관련 제품 매출시 조세특례제한법 제106조의4 에 따라 매입자가 금거래계좌에 부가가치세를 납부하고 있음 - 당사는 부가가치세 예정․확정 신고시 금지금 매입자 납부특례 기납부세액으로 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산하고 있음 2. 질의내용 ○ 금지금 매입자 납부특례 기납부세액 관련 조기환급 가능 여부 3. 관련된 법령 및 유사 해석사례 ○ 부가가치세법 제59조 【환급】 ① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. ② 제1항에도 불구하고 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 환급을 신고한 사업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 조기에 환급할 수 있다. 1. 사업자가 제21조부터 제24조까지의 규정에 따른 영세율을 적용받는 경우 2. 사업자가 대통령령으로 정하는 사업 설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 경우 ○ 부가가치세법 시행령 제107조 【조기환급】 ① 관할 세무서장은 법 제59조제2항에 따른 환급세액을 각 예정신고기간별로 그 예정신고 기한이 지난 후 15일 이내에 예정신고한 사업자에게 환급하여야 한다. ② 법 제59조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 사업 설비"란 「소득세법 시행령」 제62조 및 「법인세법 시행령」 제24조 에 따른 감가상각자산을 말한다. ③ 제1항에 따라 조기환급을 받으려는 사업자가 제90조제2항 또는 제91조제1항에 따른 신고서를 제출한 경우에는 법 제59조제2항에 따라 조기환급을 신고한 것으로 본다. 다만, 법 제59조제2항제2호에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 건물 등 감가상각자산 취득명세서를 그 신고서에 첨부하여야 한다. 1. 사업 설비의 종류, 용도, 설비예정일자 및 설비일자 2. 공급받은 재화 또는 용역과 그 매입세액 3. 그 밖의 참고 사항 ④ 법 제59조제2항이 적용되는 사업자가 예정신고기간 중 또는 과세기간 최종 3개월 중 매월 또는 매 2월(이하 "조기환급기간"이라 한다)에 조기환급기간이 끝난 날부터 25일 이내(이하 이 항에서 "조기환급신고기한"이라 한다)에 조기환급기간에 대한 과세표준과 환급세액을 관할 세무서장에게 신고하는 경우에는 제1항에도 불구하고 조기환급기간에 대한 환급세액을 각 조기환급기간별로 해당 조기환급신고기한이 지난 후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다. ⑤ 제4항에 따라 조기환급을 신고할 때에는 다음 각 호의 사항을 적은 영세율 등 조기환급신고서에 해당 과세표준에 대한 제101조제1항의 표의 구분에 따른 서류와 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 법 제59조제2항제2호에 해당하는 경우에는 제3항 단서에 따른 건물 등 감가상각자산 취득명세서를 그 신고서에 첨부하여야 한다. 1. 사업자의 인적사항 2. 과세표준과 환급세액 및 그 계산근거 3. 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표의 제출 내용 4. 그 밖의 참고 사항 ○ 조세특례제한법 제106조의4 【금 관련 제품에 대한 부가가치세 매입자 납부 특례】 ① 대통령령으로 정하는 형태·순도 등을 갖춘 지금[이하 이 조에서 "금지금"(금지금)이라 한다]과 대통령령으로 정하는 금제품(이하 이 조에서 "금 관련 제품"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 이 조에서 "금사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 금거래계좌(이하 이 조에서 "금거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다. ② 금사업자가 금 관련 제품을 다른 금사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」 제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다. ③ 금사업자가 금 관련 제품을 다른 금사업자로부터 공급받았을 때에는 금거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 금 관련 제품의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다. 1. 금 관련 제품의 가액 2. 「부가가치세법」 제29조 에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다) ⑨ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 금 관련 제품을 공급한 금사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.