국고보조금을 지급받은 기관에게 용역을 공급하고 대가를 받는 경우 과세여부

사업자가 정부의 위임을 받은 기관(이하 주관기관이라 함)과의 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하면서 당해 주관기관으로부터 국고보조금을 지급받는 경우, 당해 국고보조금은 「부가가치세법」 제7조제1항의 용역의 공급에 따른 대가로 보아 부가가치세가 과세되는 것임

[회신] 사업자가 정부의 위임을 받은 기관(이하 주관기관이라 함)과의 계약에 따라 용역을 수행하고 그 결과물을 주관기관에 귀속시키기로 하면서 당해 주관기관으로부터 국고보조금을 지급받는 경우, 당해 국고보조금은 「부가가치세법」 제7조제1항의 용역의 공급에 따른 대가로 보아 부가가치세가 과세되는 것입니다. 다만, 그 결과물의 소유권이 누구에게 있는 지는 계약내용에 따라 당사자가 결정할 사항입니다. [관련 참고자료] 1. 사실관계 가. 질의자(이하 당사라 함)는 영리법인으로서, 지식경제부의 위임을 받은 비영리법인인 ‘☆☆☆☆연구원’과 아래의 계약 체결함 (1) 당사는 ‘☆☆☆☆연구원’의 ‘★★플랜트기자재R/D 센터기반 구축사업’중 ‘수치해석을 활용한 시스템 평가기술’의 참여기관으로 선정됨 (2) 당사는 위 ‘수치해석을 활용한 시스템 평가기술’ 참여사업비로 ‘☆☆☆☆연구원’으로부터 국고보조금 ○,○○○만원을 지급받기로 함 나. 당사는 위 계약에 따른 결과물의 소유권 범위 및 권리는 ‘☆☆☆☆연구원’에 있으며, 일부 소액 장비에 대해서는 주관기관과 당사가 함께 있음 2. 질의내용 ○ 위 ‘☆☆☆☆연구원’의 사업과 관련하여 국고보조금을 지급받고 용역 수행 후 당해 결과물의 소유권을 ‘☆☆☆☆연구원’에 귀속시킨 당해 용역에 대해 계산서 교부대상인지 여부 3. 관련된 법령 ○ 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. (이하 각호 생략) ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 1~3. (생략) 4. 국고보조금과 공공보조금 ○ 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】 ⑩ 법 제13조제2항제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.