사업자가 국내 다른 사업자와 공동기술개발을 하는 경우 관련 매입세액의 공제 여부

사업자(갑)가 다른 사업자(을)와 공동으로 기술개발을 함에 있어 소요비용을 공동으로 부담하고 개발결과물을 ‘갑’과 ‘을’이 공동으로 소유하는 계약을 체결하고 기술개발결과물이 과세사업에 제공되는 경우에는 당해 기술개발과 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것임

[회신] 사업자가 국내 다른 사업자와 공동기술개발을 하는 경우 관련 매입세액의 공제 여부에 대해서는 기존 유사 해석 사례(부가46015-338, 1998.2.25)를 참조하시기 바람 다만, 귀 질의의 경우 매입세액공제 여부는 사업의 종류, 외국법인의 국내사업장 해당 여부 등 구체적인 사실관계에 따라 판단 할 사항임 ○ 부가46015-338, 1998.2.25 사업자(갑)가 다른 사업자(을)와 공동으로 기술개발을 함에 있어 소요비용을 공동으로 부담하고 개발결과물을 ‘갑’과 ‘을’이 공동으로 소유하는 계약을 체결하고 ‘을’로부터 지급받는 ‘을’부담의 비용은 재화나 용역의 공급에 해당하지 아니하는 것이며, 기술개발결과물이 과세사업에 제공되는 경우에는 당해 기술개발과 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 이 경우 자기의 공동지분을 초과하는 부분에 대하여는 부가가치세법시행규칙 제18조의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것임. 〔검토조서〕 1. 사실관계 - 갑은 국내에서 제조업을 영위하는 법인이고 을은 일본에서 제조업을 영위하는 법인 (비거주자)이며, 갑과 을은 공동연구개발과 관련하여 다음과 같이 약정함 · 공동연구개발은 갑의 사업장에서 수행하며, 공동연구개발 결과물은 공동 소유(지분비율 50:50)한다. · 공동연구개발을 수행할 인력은 갑 과 을 모두 투입하며, 사용될 장비의 경우 신규 장비는 공동소유, 기존 장비는 각자 소유로 한다. · 공동연구개발에서 발생한 비용은 지분비율대로 부담하며, 공동비용에 대한 매입세금계산서는 갑이 일괄하여 교부받고 공동비용은 분기마다 정산하여 을이 갑에게 을 부담 분을 지급한다. · 을의 연구개발 인력들은 취업비자 등의 문제로 을의 국내 자회사 주재원 형식으로 근무하며, 을의 국내 자회사는 갑의 사업장 내에 사업자등록을 할 예정 2. 쟁점 상기 공동연구개발에 사용될 신규 장비 및 발생 비용에 대한 매입세액공제 여부