세금계산서 교부후 부도발생으로 공사도급계약 취소된 경우 수정절차

선급금을 지급받고 세금계산서를 교부한 후 건설용역을 제공하던 중 당해 사업자가 부도발생으로 공사도급계약이 취소된 경우 미달금액에 대해 수정세금계산서를 교부하고 경정 청구할 수 있고 환급받을 수 있는 것임

[회신] 사업자가 지방자치단체와 건설용역을 공급하기로 공사 도급계약을 체결한 경우에 당해 지방자치단체로부터 예산회계법 제68조의 규정에 의하여 선급금을 지급받고 세금계산서를 교부한 후 건설용역을 제공하던 중 당해 사업자가 부도발생으로 공사도급계약이 취소된 경우로서 그 때까지 제공된 용역의 공급가액이 당초 세금계산서를 교부한 공급가액에 미달하는 때에는 당해 사업자는 그 사유가 발생하는 때에 부가가치세법시행령 제59조의 규정에 의하여 미달하는 금액에 대한 세금계산서를 수정 교부한 후 경정 청구할 수 있고 부가가치세법 제24조의 규정에 의하여 관할 세무서장으로부터 환급받을 수 있는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ A회사 당초회사 계약후 선급금(\149,600,000원)수령시 부가세금을 ○○세무서로 납부하였습니다.(납부금액 \13,600,000원) 그런데 공사진행 도중에 회사부도로 인하여 공사금액을 인정하는 것은 \79,151,974원과 이에따른 부가세\7,195,634원 나머지\6,404,366원에대한 부가세액을 A회사가 환급을 받아야 옳다고 알고있으나 환급보다는 체납이 많이 때문에 환급이 안되고 B회사로 재계약을(\220,232,990원)하고 설계변경추가금액(\59,733,030원)으로 총재계약금액\279,966,020원과 이에따른 부가세\25,451,456원으로 B회사가 세액을 ○○세무서에 납부하였습니다. 여기에서 문제점은 ○○○공사건 하나에 대하여 부가세금을(\6,404,366원) 이중으로 납부하였습니다. 그런데 재계약을 할 때 시청에서 먼저 내용을 알고 세무처리를(\6,404,366원)공제하고 세액을 받았으면 아무런 이상이 없었는데 실질적인 실무자가 그 부분을 모르고 있다가 A사가 보증보험증권회사의 보증보험에서 선급금 차액부분을 환급받는 사항 중에 보증보험에서\6,404,366원에 대하여 공제를 하고 시청으로 환급하다보니 그때 이중으로 부가세를 납부한 것을 알고 B회사에서 환급을 받으라고 하는데 저희 B회사에서 세무서로 확인한 결과 받을수가 없고 원칙상 A회사가 환급을 받아가지고 시청으로 납부하고 시청에서 B회사에 지급하여야만이 옳은줄 알고 있으나 A회사는 환급을 받을수가 없이 부도가 발생하였으니 이부분에 대하여 저희 B회사가 어떻게 해야 \6,404,366원에 대한 부분을 보상받을 수 있는 것인지에 대하여 질의함. 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 예산회계법 제68조 ○ 부가가치세법 시행령 제59조 ○ 부가가치세법 제24조