사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 사업장 관할세무서장으로부터 부가가치세 과세표준과 납부환급세액을 조사 결정을 받아 부가가치세가 추징된 후에 당해 추징과 관련하여 교부한 세금계산서의 매입세액은 공제되지 아니하는 것임.
전 문
[회신]
귀 질의의 경우에는 유사한 내용의 붙임 질의회신문을 참고하시기 바랍니다.
※ 부가46015-466, 2000.3.4
사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 사업장 관할세무서장으로부터 부가가치세법 제23조 제2항의 규정에 의한 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사 결정을 받아 부가가치세가 추징된 후에 당해 추징과 관련하여 교부한 세금계산서의 매입세액은 공급받는 자의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.
1. 질의내용에 대한 자료
가. 유사사례
○ 부가46015-466, 2000.3.4
사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 사업장 관할세무서장으로부터
부가가치세법 제23조 제2항
의 규정에 의한 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사 결정을 받아 부가가치세가 추징된 후에 당해 추징과 관련하여 교부한 세금계산서의 매입세액은 공급받는 자의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것입니다.
○ 대법85누398,1987.05.12
【제목】
소급작성 교부한 세금계산서도 거래사실 확인되면 매입세액 공제함
【요약】
공급시기나 과세기간경과 후 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성교부 경우라도 그 세금계산서의 기재사항에 의해 거래사실 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액을 공제함이 타당함.
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 피고의 부담으로 한다.
【판결이유】
상고이유를 본다.
부가가치세법 제17조 제1항
ㆍ제2항 제1호 단서, 동법시행령 제60조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받으려면 위 법 제16조 제1항, 제9조 제1항ㆍ제2항이 규정하는 거래시기에 교부받은 세금계산서를 과세관청에 제출하여야 하겠지만 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고, 그것을 거래시기에 발행교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성교부 했다하더라도 그 세금계산서의 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 할 것이다(당원 1987. 3. 24 선고, 86누 800판결;1986. 9. 23 선고, 85누 75 판결 참조).
따라서 원심이 적법하게 확정한 바에 의하면 부가가치세법상 영세율이 적용되는 이 사건 거래에 대하여 피고가 영세율 적용대상이 아니라고 하여 세금계산서 및 세액의 납부를 권장하므로 부득이 원고와 거래한 오퍼상들이 원고의 국내지점에게 작성일자를 각 거래시로 소급하여 작성한 세금계산서를 교부하고 판시 세액을 지급받아 과세관청에 수정신고를 하면서 부가가치세를 납부하였다는 것이므로 앞에서 본 취지에 따라 그 거래에 따른 매입세액은 당연히 공제되어야 할 것이다.
또 원심이 그 증거에 의하여 원고의 국내지점이 위 오퍼상들로부터 교부받은 위 거래에 따른 세금계산서를 첨부하여 1983. 2. 19에 피고에 대하여 1982년 제1기 과세기간에 관한 확정신고 및 1982년 제2기 예정신고에 대한 각 수정신고를 하여 위 지급세액을 매입세액으로 공제할 것을 신청한 사실을 적법하게 확정하고 있고 이에 의하면 원고의 국내지점이 한 위 각 지급세액을 매입세액으로 공제할 것을 신청한 사실을 적법하게 확정하고 있고 이에 의하면 원고의 국내지점이 한 위 각 수정신고는 모두 적법한 수정신고기한내에 한 것으로 보여지므로 위 오퍼상들의 소관세무관서가 그들로부터 원고와의 거래에 대한 부가가치세로 납부받은 세액은 그 거래가 영세율 적용대상이고 그 거래에 따른 세금계산서도 앞에서 본 바와 같이 적법하게 제출된 이상 이는 위 오퍼상들에게 반환하여야 할 성질의 것이기는 하나 원고의 국내지점이 한 부가가치세 과표 및 세액수정신고시까지도 이를 반환하지 않고 있는 바에야 그 세액은 이를 위 오퍼상들에게 지급한 원고 국내지점의 매입세액으로 보아야 할 것이므로 과세관청으로서는 원고의 이 사건 매입세액공제신청을 받아들여야 할 것이다.
결국 원심이 피고의 이 사건 거부처분이 위법하다고 본 조치에 주장하는 바와 같은 법리의 오해나 채증법칙을 위배하여 심리를 다하지 아니한 위법이 없다. 주장은 이유없다.
그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 피고의 부담으로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.