사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업 또는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분계산하고 정산하는 것임.
전 문
[회신]
사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업 또는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 안분계산하고 같은법 시행령 제61조의2규정에 의하여 정산하는 것임.
【부가가치세법시행령 제61조 제4항의 개정(1992.12.31, 대통령령 제13798호)으로 인하여 1993년 01월 01일부터 공급받는 매입세액은 부가가치세법 기본통칙 5-3-12...17호(부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 건물을 신축할 경우 건물신축에 관련된 매입세액 중 공제되는 매입세액의 실지귀속여부는 과세사업에 공할 면적에 의하여 실지귀속이 분명한 때에는 실지 귀속에 따라 계산한다)의 규정을 적용하지 아니하는 것임.】
1. 질의내용 요약
1)공사의 소개
우리공사는 1968년 농수산물 유통공사법에 의거 설립된 정부투자기관입니다. 공사의 설립목적은 농산물, 임산물, 축산물 및 수산물의 가격안정 및 유통개선 사업을 통하여 농수산물 수급의 안정을 기함으로서 농어민의 소득증진과 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 하고 있습니다.
저희 직거래 사업소는 산지농산물을 소비자에게서 직접 판매함으로써 생산자와 소비자를 동시에 보호할 목적으로 운영되고 있으며, 직거래사업소 관할 11개 직판장을 운영중에 있습니다. 공사는 이 사업을 활성화 시키기 위하여 ○○시 협조를 받아 1989년 07월 중계 2택지 지역에 건설부지 8,394평을 확정받아 연건평 4,645평에 달하는 건설공사를 1993년 3월에 착공, 1994년 5월 준공목표로 건설중에 있습니다. 관할 직판장 및 대형슈퍼등에 직접 공급하는 집배송 시설과 1차농산물 및 가공식품등을 소비자에게 직접 판매를 하는 직판장, 산지의 농가공산품 및 지역특산물을 전시판매하는 전시판매장, 고객의 편의를 위하여 편의시설에 대하여 임대운영하는 임대매장으로 크게 구분되어 집니다.
2)부가가치세 신고 및 환급액 결정과정
공사에서는 1993년 09월 18일 건설공사 1차 기성부문에 대한 대가 2,038백만원(공급가액 1,852,727,273원+부가세 185,272,727원)을 지급하고 1993년 제2기 부가가치세 예정신고를 하였고(붙임1), 공사가 환급신청한 116,987,064원을 1993년 12월에 환급을 받았습니다.
또한 1993년 12월 20일 제2차 기성부분에 대한 대가 2,557,833천원(공급가액 2,325,302,727원 +부가세 232,530,273원)을 지급하고 1993년 제2기 확정신고시 146,826,974원을 환급신청 하였습니다.(붙임 2)
제 2기 부가가치세 신고시 환급신청한 금액의 산출은 저희 공사에서 신축중인 건물을 면세매장, 과세매장, 공동사용매장으로 구분하여 실지 귀속이 분명한 면적은 실지 귀속에 따라 처리하고, 공동사용매장에 대해서는 신고 시점까지 저희 공사의 사업계획이 확정되지 않은 상태이기 때문에 부가가치세 시행령 제61조 4항 3호에 의거 예정 사용면적에 따른 비율로 안분계산하여 신고를 하였습니다.
이에 따라 저희 중계통 직거래사업장 관할 세무서인 ○○세무서에서는 제2기 확정신고에 따른 환급액 결정시 1994년 예상매출내역을 요구 1994년 사업계획(붙임3)을 제출하였습니다. ○○세무서에서는 면세매장,과세매장등 실지귀속여부는 고려치 아니하고 면세사업 예상 매출액을 기준하여 제2기 예정신고분과 확정신고분을 정산한 결과 146,826,974원의 환급신청액중 56,183,650원으로 결정해서 환급을 해주었습니다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○
부가가치세법 시행령 제61조 제1항
제4항
○
부가가치세법 시행령 제61조의2
○
부가가치세법
기본통칙 5-3-12...17호