면세사업자가 교부받은 세금계산서의 매입세액 공제여부

법인세법의 규정에 의하여 면세사업자로 사업자등록을 한 법인이 부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 사업자등록을 하지 아니하고 재화 또는 용역을 공급받으면서 면세사업자 등록번호로 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 것임.

[회신] 법인세법의 규정에 의하여 면세사업자로 사업자등록을 한 법인이 부가가치세법 제5조의 규정에 의하여 사업자등록을 하지 아니하고 재화 또는 용역을 공급받으면서 면세사업자 등록번호로 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 【질의배경 및 내용】 ○ ’99. 5 ○○세무서에서 ○○공단에 대한 부가세 환급조사시 동 공단이 ○○시로부터 위탁받아 수행하는 대행사업(공영주차장관리, ○○공원주차장관리, ○○공원관리, 장묘사업소관리, ○○식물원관리 등)에 대하여 부가세를 과세하면서 - ○○공원, 장묘사업소, ○○식물원의 관리용역 공급에 따른 세금계산서를 동 공단에서 각 사업소별로 별도 사업자등록을 하고 직접 수취하여 당해 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하고 결정(’94년 1기분 : 907백만원)하였으며 - 동 공단에서는 각 사업소 관할세무서장에게 경정(환급청구 금액 : 341백만원)청구를 하였고 - 장묘사업소 관할세무서장인 ○○세무서장은 동 경정청구에 대하여 부가세가 면제되는 사업에 관련된 매입세액으로서 환급할 수 없다고 통지하자 - 동 공단에서 장묘사업소 관리대행에 따른 매입세액의 환급방법을 질의함 ※ ○○공단은 장묘사업소를 면세사업자로 ○○세무서에 등록하였고, 부가세 신고사실이 없음 【그 동안의 경위】 ○ ’99.5. : ○○세무서에서 ○○공단이 ○○시로부터 위탁받아 수행하는 관리대행용역의 부가세 과세여부 및 과세표준에 대하여 우리청에 질의 ○ ’99.7.6 : 부가세법 제7조의 규정에 의한 용역의 공급에 해당하여 과세되며, 과세표준은 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하는 것으로 회신(부가 46015-1941) ○ ’99.7.5 : ’94년 1기분 부가세 과세(907백만원) ○ ’99.7.27 : ’94년 1기 귀속 매입세액 에 대하여 ○○세무서에 경정청구(341백만원) ○ ’99.8.24 : ’94년 2기～’98년 1기 까지 결정전통지(12,167백만원) ○ ’99.10. : ○○세무서에서 동 공단에 경정불가 통지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 부가가치세법 제4조 (납세지) ①부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다. ○ 부가가치세법 제17조 (납부세액) ②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 4. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액 ○ 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구) ①과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.(94.12.22 신설) 나. 관련사례 ○ 부가 46015-1941, ’99.7.6 : ○○공단 관련 질의회신임 지방공기업법에 의하여 설립된 ○○공단이 지방자치단체로부터 위탁받은 업무를 대항하여 주고 그 대가를 받는 경우에는 부가세법 제7조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 부가세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하는 것임. 다만, 동법시행령 및 동법시행규칙의 개정으로 ’98.3.21이후 최초로 공급하는 분부터는 면세됨 ○ 대법 ’95누 8492, ’95.11.7, 대법84누163, ’84.7.10 부가세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 동법 제17조 제2항 제5호 소정의 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미하며, 부가세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것이나 부가세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 부가세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없음 ○ 부가 1265-945, ’80.5.24, 부가 46015-2768, ’98.12.16 법인세법에 의한 면세사업자로 등록한 사업자가 부가세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니하고 부가세가 과세되는 사업에 대한 투자를 한 경우에는 등록전 매입세액이므로 메출세액에서 공제되지 아니함 ○ 부가 46015-993, ’93.6.21 면세사업자로 등록한 사업자가 부가세법 제5조의 규정에 의한 과세사업등록을 하지 아니하고 부가세 과세사업을 영위하는 경우에는 동법 제22조 제1항의 규정에 의한 미등록가산세를 적용받게 되는 것임