수자원을 개발하여 공급하는 사업자는 업무를 총괄하는 장소나 본인의 신청에 의하여 사업장으로 등록을 한 사업장에서 자기의 과세사업과 관련한 매입세액을 공제받을 수 있는 것임
전 문
[회신]
수자원을 개발하여 공급하는 사업자는 본사, 본부, 분사무소 등 명칭여하에 불구하고 부가가치세법시행령 제4조 제1항 제5호 및 제4조제3항의 규정에 의하여 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소나 본인의 신청에 의하여 사업장으로 등록을 한 사업장에서 자기의 과세사업과 관련한 매입세액을 공제받을 수 있는 것임.
1. 질의내용 요약
[질의1] 정부대행사업 건설사무소의 매입세액공제 여부
<현황>
당공사가 수행하는 정부대행사업은 댐 및 수도시설건설 등의 건설용역을 정부에 제공하고 대가를 받는 과세사업으로서 본부(상위조직)와 건설사무소(하위조직)가 공동으로 수행하고 있음.
당 공사는 사업본부중심체제로의 조직개편과 함께 1996년도부터 각 본부와 산하 사무소가 각각 사업자등록을 하고 부가가치세를 사업장별로 신고납부해오고 있음.
정부대행사업은 본부의 책임하에 수행되고 있는 바, 본부에서 정부대행사업의 매출을 인식하고 매출세액 또는 정부로부터 자금 수령시 본부에서 거래징수하여 납부하고 있으며, 대부분의 공사비 집행도 본부에서 이루어지고 있음.
따라서 본부의 지시감독하에 정부대행사업을 공동으로 수행하고 있는 건설사무소에서는 비품구입 및 유지관리비 정도의 매입만 이루어지고 있어 환급세액만 발생하고 있음.
<질의내용>
이와 같이 하나의 사업을 본부와 건설사무소가 공동으로 수행하면서 사업관련 매출은 본부에서 발생하고 매입은 본부와 건설사무소에서 같이 발생할 경우 건설사무소 매입세액의 공제여부에 대하여 세무서와 다음과 같이 의견차이가 있어 질의함.
(갑설)
- 건설사무소의 매입세액은 공제 받을 수 없다.
(을설)
- 건설사무소의 매입세액은 공제 받을 수 있다.
[질의 2] 신고납부방법 변경에 따른 분사무소의 매입세액공제 여부
<현황>
당 공사의 과천수도사무소는 1995년 10월에 한국도로공사와 서울외곽순환고속도로 건설구간내 송수관로의 이설에 대한 수탁협약을 체결하고 한국도로공사로부터 공사비를 수령하여 자회사인 수자원기술공단에 하도급을 주어 1996년말 공사를 완료하고 공사대금 정산을 하였음. 송수관로이설공사에 따른 세금계산서의 발행과 수수내역은 다음과 같음.
- 1995. 10 : 한국도로공사와 송수관로이설 위수탁협약 체결
- 1995. 11. 28 : 한국도로공사로부터 공사비 수납
매출세금계산서 발행 : 본사 사업자번호로 발행
본사에서 부가가치세 신고납부
- 1996. 01. 05 : 수자원기술공단에 공사비 선급금 지급
- 매입세금계산서 수수 : 당초 과천사무소 고유번호로 받았으나 이후 본사 사업자번호로 재교부 받았음.
본사에서 경정청구에 의해 매입세액 공제받았음.
- 1996. 08. 30 : 수자원기술공단에 공사준공에 따른 공사비 지급
매입세금계산서 수수 : 과천사무소 사업자번호로 받았음.
1996년 2기 확정신고시 과천사무소에서 동안양세무서에 환급요청했으나 환급거절.
- 1993. 12. 30 : 도로공사에 공사대금잔액정산 지급
감액매출세금계산서 발행 : 본사 사업자번호 발행
본사 2기 확정신고시 매출세액에서 공제 처리.
위 거래내역 중 1996. 8. 30일자 과천수도사무소가 수자원기술공단으로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 공제여부에 대하여 세무서와 다음과 같이 의견차이가 있어 질의함.
<질의내용>
(갑설)
- 1996. 08. 30자의 매입세금계산서의 매입세액은 공제받을 수 없다.
(을설)
- 1996. 08. 30자 매입세금계산서의 매입세액은 공제 받을 수 있다.
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
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부가가치세법 시행령 제4조 제1항