대학(교) 부설연구소가 재정경제부장관에게 원가계산용역기관으로 등록하고 원가계산용역을 공급하는 경우 부가가치세가 과세됨
전 문
[회신]
종합경제연구 등의 목적으로 주무관청의 허가를 받아 민법 제32조의 규정에 의거 설립된 비영리법인 또는 대학(교) 부설연구소가 “국가를당사자로하는계약에관한법률시행규칙” 제9조 제2항 및 회계예규 “원가계산에의한예정가격작성준칙” 제30조의 규정에 의하여 재정경제부장관에게 원가계산용역기관으로 등록하고 원가계산용역을 공급하는 경우에
당해 원가계산용역의 공급은 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 동법시행령 제35조 제2호(라)목 또는 동법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정에 해당하지 아니하여 부가가치세가 면제되지 아니하고, 동법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세된다.
| [ 질 의 ] |
| 우리연구원은 부가가치세과세 여부에 대한 귀청의 질의회신내용에 따라 수입금액의 10% 해당하는 부가가치세를 기간 내 납부하였으나, 재경부에 등록된 원가계산용역기관 약 78개 업체 중 우리연구원 1개 업체만이 부가가치세 과세사업자로 되어 부가가치세를 납부하고 있으므로, 용역발주기관에서는 면세사업자에게만 용역을 의뢰하고 있으며, 부가가치세 10% 부담이 되어 부가가치세 과세사업자에게는 용역 의뢰를 못하겠다는 것이며, 이로 인하여 우리연구원에서는 1/4분기 부가가치세를 납부하고 용역수주는 거의 못하여 사업상 막대한 지장을 초래하고 있으므로, 이에 대한 대책 여부를 다음과 같이 질의함 1. 공평과세원칙에 입각하여 동일하게 면세사업자로 관리할 수 없는지 2. 재경부에 등록된 원가계산용역기관 78개 업체 부가가치세 과세사업자가 확실하다면 재경부 국고국 회계제도과로부터 용역기관현황을 제출 받아 전국 관할 세무서장에게 부가가치세를 부과하도록 행정을 지시하여 용역기관이 전국에 동일하게 부가가치세를 부과하도록 할 수 없는지 |