시스템분석ㆍ프로그램개발 용역을 제공하는 경우 부가가치세가 면제되는지 여부

주택재건축 조합이 법인명의로 사업자등록증을 잘못 교부받은 후 신규로 개인사업자등록증을 교부받은 경우 착오로 종전 법인명의로 매입세금계산서를 교부받은 경우에 거래사실이 확인되는 때에는 이를 매출세액에서 공제할 수 있는 것임.

[회신] 국세기본법 제13조의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 주택재건축 조합이 부가가치세가 과세되는 상가를 신축하여 분양하는 경우에 있어 법인명의로 사업자등록증을 잘못 교부받은 후 당해 사업장의 동일한 사업에 대하여 신규로 개인사업자등록증을 교부받은 경우, 개인사업자로 등록한 이후에 착오로 종전의 법인명의로 매입세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되고 당해 세금계산서의 매입세액이 자기의 부가가치세 과세사업에 사용되었거나 사용될 매입세액에 해당하는 때에는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2 단서 및 같은법시행령 제60조 제2항 제2호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다. 이 경우 당해 사업자가 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세 확정신고를 한 경우로서 당해 신고의 법정신고기한으로부터 1년이 경과한 때에는 국세기본법 제45조의2의 규정에 의한 경정 등의 청구는 할 수 없는 것이나, 사업장관할세무서장은 당해 사업자의 부가가치세 확정신고의 내용에 오류가 있음을 확인한 때에는 부가가치세법 제21조의 규정에 의하여 그 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 | [ 회 신 ] | | 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정할 수 있는 것입니다. 다만, 부가가치세법 제17조 제2항 각호에 규정하는 그 밖의 매입세액불공제 사유에 해당하는지는 사실판단할 사항이며, 동법 제22조 제4항에 규정하는 가산세는 적용하는 것입니다. | 1. 질의내용에 대한 자료 가. 유사사례 ○ 부가 1235-3645, 1978. 10. 6. 세무서장이 사무착오로 잘못 부여한 사업자등록번호를 기재하여 교부하거나 교부받은 세금계산서는 정당하게 교부하거나 교부받은 세금계산서로 봄. ○ 간세 1235-4956, 1977. 12. 30. 사업장을 이전한 사업자가 당해 사업장을 이전한 후 부가가치세법 제17조 제1항 에 규정하는 납부세액 계산시 종전의 사업자등록번호가 기재된 세금계산서의 매입세액이 당해 사업장의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역에 관련된 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 당해 사업장의 매출세액에서 공제할 수 있음. ○ 부가46015-1346, 1994.7.2 【요약】 부가가치세과세대상아닌 것을 착오로 신고ㆍ납부한 경우 경정하고 환급가능함. 【질의】 사업자가 부가가치세 면세재화를 공급하고 착오로 세금계산서를 교부하여 부가가치세 과세분으로 매출자와 매입자가 각각 부가가치세를 신고납부하였으나 이를 수정신고기한 내에 수정신고하지 아니하고, 매입자에 대한 세무서의 경정조사에 의하여 공제받은 매입세액을 불공제 처분하여 추징당한 경우에 매출자가 기 착오로 신고납부한 부가가치세를 환급신청하는 경우 환급을 받을 수 있는 지의 여부 <양설> 가. 부가가치세 신고내용 중 면세분을 과세분으로 착오 신고납부한 사실이 확인되는 경우에는 세무서장이 부가가치세법 제21조 의 규정에 의하여 경정하고 착오납부된 금액을 환급할 수 있음. 나. 면세분을 과세분으로 착오로 신고납부하여 환급신청한 경우라도 부가가치세 수정신고 기한 경과 후 환급신청한 경우에는 환급받을 수 없음. 【회신】 1. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 제공하고 착오로 인하여 세금계산서를 교부하였을 경우에는 국세기본법 제45조 제1항 제1호 에 규정하는 수정신고 기한내에 수정 세금계산서를 교부하고 추가로 계산서를 교부할 수 있으며, 2. 당해 소관세무서장은 사업자의 부가가치세 과세표준 확정신고 내용 중 과세대상이 아닌 것을 신고 및 납부한 사실을 확인한 경우에는 부가가치세법 제21조 의 규정에 의하여 이를 경정하고 착오 납부된 금액을 환급할 수 있는 것임. ○ 징세46101-2995, 1998.10.28 【질의】 주택건설촉진법상 주택조합은 도시재개발법에 의한 재개발조합이나 토지구획정리조합 등과는 달리 법원에 설립등기를 요하지 않기 때문에 재개발조합 등이 법인임에 비해 주택조합은 설립등기 없이 존재하는 민법상 조합이고 주택건설촉진법상 주택능력만이 부여되나 1994. 1. 1 이후 인가받은 주택조합은 법인으로 보는 기타 단체에 해당하여 주택조합 중의 하나인 주택건설촉진법규정에 의한 재건축조합도 역시 민법상 조합으로서 부가가치세법 제2조 의 법인격 없는 기타 단체로서 상가나 주택의 분양 등 독립적으로 재화를 공급하는 것으로 보아 부가가치세의 납세의무자가 되는 것인지에 대한 질의임. (질의 1) 재건축조합에 소득이 생긴 경우에 재건축조합을 공동사업자로 보아야 하는지 법인으로 보는 단체로 보아야 하는지. (질의 2) 재건축조합 조사시 검토사항(국세청소득 46011-1279, 1998. 5. 15)에서 토지원가의 기산점은 재건축조합 설립일로 보아야 하는지. 【회신】 주택건설촉진법 제44조의 규정에 의하여 주무관청으로부터 인가를 받은 주택조합(법인으로 등기한 경우 제외)은 법인설립요건으로서의 인가를 받은 단체로 볼 수 없으므로, 국세기본법 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체에 해당하지 아니하는 것임. ○ 재소득46073-22, 1999.2.1 【질의】 주택건설촉진법에 의하여 설립된 재건축조합을 공동사업자로 보아야 하는지, 또는 법인으로 보는 단체에 해당하는지. 【회신】 주택건설촉진법에 의하여 설립된 재건축조합주택(법인으로 등기한 경우 제외)은 국세기본법 제13조 제1항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하는 것임. ○ 징세46101-1138, 1996.4.16 【질의】 주택건설촉진법에 의한 재건축을 하려고 일천여 세대원이 재건축조합을 결성하였음. 그리고, 사업승인을 얻고 사업자등록을 하려 함. 이런 경우 국세기본법상 법인격 없는 사단재단 기타단체에 해당이 되는지 아니면 세대전원 개인들의 공동사업에 해당하는지 【회신】 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 같은법 제1항의 규정에 의한 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체중 다음 각호의 요건을 갖춘것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용하는 것입니다. 그러나 귀 질의 경우 다음 각호의 요건을 갖추었는지 여부는 사실판단 사항임. 1) 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을것. 2) 사단ㆍ재단 기타 단체자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 관리할 것. 3) 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니 할 것.