국고보조금에 대한 부가가치세 과세여부

사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것임.

[회신] 사업자가 국고보조금 교부대상이 되는 재화 또는 용역을 공급하고 국가 등으로부터 그 대가를 직접 교부받는 국고보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제6호의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 귀 질의와 같이 재화나 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 것입니다. 1. 질의내용에 대한 자료 가. 유사사례 ○ 부가46015-2850, 1997.12.20 【질의】 영농조합법인이 시설자금으로 국고보조금을 지급받는 경우 수령한 국고보조금과 영농조합법인 자체부담분을 합하여 시설공급자에게 대가를 지급하는 바 현재 시설공급자는 국고보조금을 포함한 시설공급대가 전액에 대하여 부가가치세를 거래징수하는 바 (이유 : 국고보조금이 국가에서 직접 시설공급자에게 제공되는 경우 과세표준에 포함되지 않으나 국고보조금을 수령한 자에게서 대가를 지급받는 경우에는 과세표준에 포함된다는 취지의 예규가 있음(소비22601-740, 1989. 7. 11). 이 경우 영농조합법인은 국고보조금에까지 부가가치세를 부담하게 되는 상황임. 더욱이 영농조합법인은 면세사업자가 많은 바 부담한 부가가치세의 공제가 되지 않음. (질문) 영농조합법인이 시설자금으로 국고보조금을 수령하여 자체부담분과 함께 시설공급자에게 대가를 지급하는 경우 시설공급자의 과세표준에 동 국고보조금이 포함되는지 여부 【회신】 영농조합법인이 재화나 용역을 공급받고 국고보조금을 재원으로 하여 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임. ○ 부가46015-2698, 1998.12.8 【질의】 1. 당 연구원은 민법 제32조 및 공익법인의 설립운영에 관한 법률 제4조 규정에 의거 국가산업 발전의 토대가 되는 과학기술연구개발 업무를 수행하고, 그 성과를 보급함으로써 산업과학 기술진흥에 기여함을 목적으로 과학기술처 장관의 허가를 받아 설립된 비영리 재단법인 종합연구기관임. 2. 당 연구원은 연구용역을 수행하는 전문연구기관으로 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자이나, 동법 제12조 제4항 및 동법시행령 제47조 규정에 의하여 1987. 7. 1 면세를 포기하였음. 당 연구원이 정부와 관련 공공기관이 시행하는 공업기반기술 개발사업 등 각종 국책 연구개발사업을 수행하고 지급받는 연구개발 사업비중 정부출연금에 대한 부가가치세 과세여부를 다음과 같이 질의함. 가. 공업발전법 제13조 및 동법시행령 제8조에 의거 산업자원부가 주관하는 공업기반기술 개발사업중 중기거점 기술개발 사업의 추진체계는 총괄주관기관, 주관기관, 참여기업 및 위탁개발기관으로 구성됨. 또한 동 기술개발 사업비는 정부출연금과 참여기업의 부담금(민간부담금)재원으로 하며 공업기반기술 개발사업 운용요령(산자부공고)에 의하여 엄격히 관리되고 있음. 동사업을 수행함에 있어서 철강업계의 공동기술 개발을 위하여, 산업기술조합 육성법에 의하여 설립된 ○○신철강연구조합(연구개발기능 없음)의 조합원사를 참여기업으로 하고, 동 조합이 총괄주관기관, 당 연구원이 세부 주관기관이 되어 정부(통상산업부장관)와 총괄주관기관(○○신철강연구조합)간의 협약 및 총괄주관기관과 세부주관기관(당연구원)간의 협약에 의하여 당 연구권이 실질적인 연구개발 사업을 수행하는 경우 동 사업비중 정부출연금에 대하여도 부가가치세 과세대상에 해당되어, 별도 부가가치세를 징구하고 세금계산서를 교부하여야 하는지. (당연구원 의견) 동 연구개발 사업비중 정부출연금은 국가가 산업정책적 견지에서 시험연구의 촉진, 기술의 개발 및 향상을 목적으로 무상으로 교부하는 금액이므로 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 의 국고보조금, 공공보조금에 해당되어, 연구개발사업 용역을 공급받는 자로부터 직접 영수하는 것이 아닐 뿐만 아니라, 당해 보조금에 대한 부가가치세를 공공단체가 부담하지 않도록 하지 위한 동법 입법취지에 따라 동 사업비중 정부출연금은 부가가치세 과세표준에서 제외하고 참여기업의 민간부담금에 대하여만 부가가치세를 과세하여야 할 것으로 생각됨. 나. 기술개발촉진법 제8조 의 2에 의거 과학기술부가 주관하는 특정연구 개발사업, 대체에너지개발촉진법 제2조에 의거 산업자원부가 주관하는 대체에너지 보급사업, 환경부가 주관하는 환경공학기술개발사업등 각종 국가주도 연구개발 사업비도 “가” 항의 사업과 유사한 추진체계로서 정부출연금과 민간 참여기업 부담금을 재원으로 하여 동 사업을 추진함에 있어서 당 연구원이 해당 사업의 전담기관인 ○○관리연구소, ○○기술개발센타, ○○환경연구원 등과 동사업 추진 협약체결을 통하여 주관 연구기관으로서 실질적인 연구개발사업을 추진하는 경우(유형1)와, 정부출연연구소, 대학 등 주관 연구기관과 당 연구원이 공동으로 동 연구개발사업을 추진하면서 주관 연구기관과 협약에 의하여 위탁개발 기관으로 참여하는 경우(유형2), 유형1, 2의 각각 연구개발 사업비중 정부출연금과 민간부담금에 대한 부가가치세 과세대상 해당여부와 세금계산서 교부방법은. 【회신】 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의해 보조금의 교부대상이 되는 보조사업을 수행하는 자가 보조사업을 수행하고 국가 등으로부터 직접 교부받는 보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 면세포기신고를 한 사업자가 동법률에 의한 보조금이 아닌 정부출연금 등을 재원으로 국가 등이 시행하는 연구개발사업에 따라 연구개발용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임. ○ 소비22601-740, 1989.7.11 질 의:1.공장지구 조성시 ○○공사가 수탁시공하고 있는 농공지구까지의 전력인입공사에 대하여 o.국비보조 70% 󰠈 로 사업발주자인 시.군이 지급하고 있는바 o.지방비보조 30% 󰠎 2. 동보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부 회 신:시장.군수가 설비용역(전력인입공사)을 제공받고 보조금을 재원으로 하여 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것임.