종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 부가가치세 면제여부

사업자가 제공하는 지정폐기물의 수집ㆍ운반용역은 부가가치세가 과세되는 것이나, 주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면제되는 것임.

[회신] 사업자가 제공하는 지정폐기물의 수집ㆍ운반용역은 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이나, 주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 동법시행령 제37조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이므로, 귀 질의의 경우 당해 법인이 공익을 목적으로 하는 단체에 해당하는지, 그 용역의 제공이 당해 단체의 고유의 사업목적에 해당하는지, 그 대가가 실비에 해당하는지 등의 관련사실을 종합하여 사실판단할 사항인 것입니다. 1. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 부가가치세법시행령 제37조 【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】 법 제12조 제1항 제16호에서 “재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다. (83.7.1. 개정) 1. 주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역 1. 주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(99.12. 31. 개정) 2. 문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며 무형문화재를 제외한다)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한한다)의 경내지 및 경내지내의 건물과 공작물의 임대용역 3. 공익을 목적으로 재정경제부령이 정하는 기숙사를 운영하는 자가 학생 또는 근로자를 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역(음식 및 숙박용역에 한한다) (98.12.31. 직제개정) ○ 상속세및증여세법시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다. (96. 12. 31 개정) 1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 (96. 12. 31 개정) 2. 교육법의 규정에 의한 교육기관을 운영하는 사업 (96. 12. 31 개정) 2. 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 설립ㆍ경영하는 사업 (98. 12. 31 개정) 3. 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업 (96. 12. 31 개정) 4. 의료법 또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업 (96. 12. 31 개정) 5. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 (96. 12. 31 개정) 6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업 (96. 12. 31 개정) 6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업 중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정하는 사업 (99. 12. 31 개정) 7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업 (96. 12. 31 개정) 8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업 (96. 12. 31 개정) 나. 유사사례 ○ 대법95누 14428, 1996.6.14 【제목】 ○○협회가 회원들에게 저작권 신탁관리 용역을 제공하고 수수료를 받는 것은 용역의 공급에 해당함 【요약】 ○○협회가 회원들에게 저작권 신탁관리 용역을 제공하고 수수료를 받는 것은 용역의 공급에 해당함. (1) 비영리사단법인인 ○○협회가 회원인 음악저작권자들로부터 신탁받은 음악저작권을 자신의 이름으로 음악저작물 이용자들에게 사용시키고 그들로부터 사용료를 받아 원천소득세와 관리수수료를 공제한 나머지를 신탁자인 음악저작권자 등에게 분배하는 내용의 이른바 음악저작권 신탁관리 용역을 제공한 점에 대하여 비록 위 용역을 공급받는 상대방이 회원들이라 하더라도 위 협회는 소속 회원들과는 독립된 별개의 법인체로서 위 관리수수료가 회원들이 아닌 협회에게 직접 귀속되는 것이므로 위 협회를 사업상 독립하여 용역을 공급하는 자가 아니라거나 위 용역을 자가공급에 해당한다고 할 수는 없고, 또한 관리수수료가 일반적인 회비와는 달리 위탁 건수에 비례하여 징수되는 점에 비추어 그것이 실비변상에 불과한 액수라고 하더라도 위 용역과 관리수수료 사이에는 경제적 대가관계에 있다고 할 것이므로 위 용역의 공급은 부가가치세의 과세대상에 해당한다. (2) 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 소정의 부가가치세가 면제되는 공익을 목적으로 하는 단체라 함은 사회일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적으로 하는 단체를 말하고 특정 계층이나 지위 또는 일정한 자격을 가진 자나 특정 업종에 종사하는 자들만의 이익증진 내지 권리보호를 그 고유의 목적으로 하는 단체는 이에 해당되지 아니하므로, 음악저작권자의 권익을 보호하기 위하여 그 저작권의 신탁관리를 목적으로 설립된 ○○협회는 위 취지에 비추어 위 법조 소정의 공익을 목적으로 하는 단체에 해당된다고 할 수 없다. 【원심판결】 ○○고법 1995. 8. 31 선고 00구 00000 판결 【주문】 상고를 기각한다. 상고비용은 원고의 부담으로 한다. 【판결이유】 원고 소송대리인의 상고이유를 본다. 1. 제1점에 대하여 원심은, 비영리사단법인인 원고가 회원인 음악저작권자들로부터 신탁받은 음악저작권을 자신의 이름으로 음악저작물 이용자들에게 사용시키고 그들로부터 사용료를 받아 원천소득세와 관리수수료를 공제한 나머지를 신탁자인 음악저작권자 등에게 분배하는 내용의 이른바 음악저작권 신탁관리 용역을 제공한 점에 대하여 비록 위 용역을 공급받는 상대방이 회원들이라고 하더라도 원고는 소속 회원들과는 독립된 별개의 법인체로서 위 관리수수료가 회원들이 아닌 원고 법인에게 직접 귀속되는 것이므로 원고를 사업상 독립하여 용역을 공급하는 자가 아니라거나 위 용역을 자가공급에 해당한다고 할 수는 없고, 또한 관리수수료가 일반적인 회비와는 달리 위탁 건수에 비례하여 징수되는 점에 비추어 그것이 원고 주장과 같은 실비변상에 불과한 액수라고 하더라도 위 용역과 관리수수료 사이에는 경제적 대가관계가 있다고 할 것이므로 위 용역의 공급은 부가가치세의 과세대상에 해당한다고 판단하였는 바, 구부가가치세법시행령(1995. 12. 30 대통령령 제14863호로 개정되기 전의 것)이 적용되는 이 사건에 있어서 위와 같은 원심의 판단은 정당하고 거기에 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유 없다. 2. 제2점에 대하여 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 소정의 부가가치세가 면제되는 공익을 목적으로 하는 단체라 함은 사회일반의 복리증진을 그 고유의 직접목적으로 하는 단체를 말하고 특정 계층이나 지위 또는 일정한 자격을 가진 자나 특정 업종에 종사하는 자들만의 이익증진 내지 권리보호를 그 고유의 목적으로 하는 단체는 이에 해당되지 아니한다 할 것이므로(당원 1987. 12. 8 선고 86누 824 판결 참조), 음악저작권자의 권익을 보호하기 위하여 그 저작권의 신탁관리를 목적으로 설립된 원고법인은 위 취지에 비추어 위 법조 소정의 공익을 목적으로 하는 단체에 해당된다고 할 수 없고 주무부장관의 승인을 받은 수수료의 요율에 따라 실비정산방식으로 저작권을 집중관리한다 하여 결론을 달리 하여야 하는 것은 아니다. 같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 법리를 오해한 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유 없다. 3. 제3점에 대하여 소론이 주장하는 변호사회 또는 세무사회 등의 단체가 소속 회원들로부터 징수하는 회비와 원고법인이 위 관리용역의 대가로 수령한 수수료와는 서로 그 성질이 다른 것이므로 이를 상호 비교하여 과세의 형평 여부를 논할 수 없다고 할 것이고, 국내의 여러 저작권단체 중 원고 법인에 대하여만 먼저 이 사건 부과처분을 하였다 하여 그것이 조세평등주의에 반하는 조치라고 할 수도 없다. 같은 취지의 원심판단은 정당하고 논지는 이유 없다. 4. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. 【참조조문】 (1) 부가가치세법 제1조 , 제7조 (2) 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 , 구부가가치세법시행령(1995. 12. 30 대통령령 제14863호로 개정되기 전의 것) 제37조 ○ 심사부가2000-5, 2000.4.7 【제목】 주무관청의 허가를 받아 설립한 단체로서 관련법을 적용받는 ‘공익법인’ 으로 인정되므로 당해 단체에 건물을 출연한 것은 면세됨 【결정요지】 (재)××××기술연구소는 조명기기등과 관련한 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업을 수행하는 법인으로서 ‘공익법인의 설립ㆍ운영에관한법률’ 의 적용을 받는 공익단체임이 인정되므로 (재)××××기술연구소에게 청구법인이 건물을 출연한 것은 부가가치세 면세대상 공급임. 1. 처분내용 청구조합은 ○○시 ○○구 ○○동 XXX번지에 본점을 두고 중소기업협동조합법에 의하여 19XX. X. XX 설립인가되어 설립된 조합으로서 청구조합이 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 XXX번지상 토지 529㎡ 중 529분의 247.89 및 동 지상건물 1,249.35㎡ 중 1249.35분의 585.45(이하 “쟁점출연건물” 이라 한다)를 ××××기술연구소에 쟁점출연건물의 출연가액을 420,000,000원으로 평가하여 19XX. X. XX 출연하였으나 이에 따른 세금계산서를 교부하지 아니하였다. 처분청은 1999년 8월 청구조합의 1999년 1기 확정분에 대한 부가가치세 환급조사시 쟁점출연건물의 ××××기술연구소에 대한 출연을 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보아 부가가치세 52,118,180원을 19XX. X. XX 경정결정 고지하였다. 2. 청구주장 ××××기술연구소는 국내 조명기술의 발전을 위하여 산업자원부장관의 허가를 받아 설립되었으며, 국내의 낙후된 조명기술의 개발 및 조명산업의 발전과 수출산업육성, 연구등의 목적으로 운영되고 있는 공익법인으로서 청구조합이 공익법인인 ××××기술연구소에게 쟁점출연건물을 출연한 것은 부가가치세 면제대상 재화의 공급으로서 부가가치세가 면제되어야 함에도 처분청이 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 과세함은 부당하다. 3. 처분청의 의견 ××××기술연구소는 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 및 동법시행령 제39조제1항과 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에서 규정하고 있는 공익단체에 해당되지 아니함으로 청구조합이 ××××기술연구소에게 쟁점출연건물을 출연한 것은 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로서 이에 대한 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다. 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점출연건물의 출연이 부가가치세 면제대상 재화의 공급인지 여부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 부가가치세법 제12조 【면세】제1항에서 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1~17. (생략) 18. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역』이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제39조【공익단체의 범위】제1항에서 『법 제12조 제1항 제18호에 규정하는 공익단체는 주무관청의 인가를 받고 설립한 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다』라고 규정하고 있으며, 상속세 및 증여세법시행령 제12조 【공익법인등의 범위】에서 『법 제16조 제1항에서 “공익법인등” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다. 1~4. (생략) 5. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업 6~9. (생략)』이라고 규정하고 있고, 민법 제32조 【비영리법인의 성립과 허가】에서 『학술ㆍ종교ㆍ자선ㆍ기예ㆍ사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다』라고 규정하고 있으며, 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에서는 『제1조【목적】 이 법은 법인의 설립ㆍ운영 등에 관한 민법의 규정을 보완함으로써 법인으로 하여금 그 공익성을 유지하여 건전한 활동을 할 수 있도록 하게 함을 목적으로 한다. 제2조【운용범위】 이 법은 재단법인 또는 사단법인으로서 사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급ㆍ학술ㆍ자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 “공익법인” 이라 한다)에 대하여 적용한다. 제4조【설립허가 기준】 ① 주무관청은 민법 제32조 의 규정에 의하여 공익법인의 설립허가신청이 있는 때에는 관계사실을 조사하여 재단법인에 있어서는 출연재산의 수입, 사단법인에 있어서는 회비ㆍ기부금 등으로 조성되는 재원의 수입으로 목적사업을 원활히 달성할 수 있다고 인정되는 경우에 한하여 설립허가를 한다』라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제2조【정의】에서는 『법 제2조에서 “사회 일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술ㆍ자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인” 이라 함은 다음의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다. 1~2. (생략) 3. 학문 또는 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관ㆍ박물관ㆍ과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치ㆍ운영하는 사업』이라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구조합은 ○○시 ○○구 ○○동 XXX-XX번지에 본점을 두고 우리나라의 전등기구공업의 건전한 발전과 조합원 상호간의 복리증진을 도모하며, 협동사업을 수행함으로써 자주적인 경제활동을 조장하고, 경제적 지위향상을 도모한다는 설립목적을 가지고 중소기업협동조합법에 의하여 1982. 7. 30 설립인가되어 설립된 조합임이 관련증빙에 의하여 확인된다. (2) 청구조합은 청구조합이 소유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 XXX번지상 토지 529㎡ 중 529분의 247.89 및 동 지상건물 1,249.35㎡ 중 1249.35분의 585.45를 ××××기술연구소에 19XX. X. XX 출연하면서 이 가운데 건물분에 대한 출연가액을 420,000,000원으로 평가하였음이 관련서류에 의하여 확인된다. (3) 처분청은 ××××기술연구소가 부가가치세법시행령 제39조 제1항 에서 규정하고 있는 공익단체에 해당되지 않으므로 청구조합이 ××××기술연구소에 쟁점출연건물을 출연한 것을 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보아 청구조합이 ××××기술연구소에게 출연시 평가한 건물가액을 기초하여 이 건 과세하였으며, 이에 대하여 청구조합은 ××××기술연구소가 공익단체에 해당되므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있는 바, 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 에서는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화의 경우 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제39조 제1항 에서는 공익단체의 범위를 주무관청의 인가를 받고 설립한 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에 규정하는 사업을 하는 단체로 한다고 규정되어 있으므로 ××××기술연구소가 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에서 규정하고 있는 공익법인에 해당되는 지 여부를 살펴본다. (가) 상속세 및 증여세법시행령 제12조 에서는 공익법인등의 범위를 각호별로 열거하고 있으며, 제5호에서 ‘공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업’ 이라고 규정되어 있는 바, ‘공익법인의 설립ㆍ운영에관한법률’ 을 보면 학문 또는 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업은 동 법률의 적용을 받는 법인으로 규정되어 있으며, 민법 제32조 의 규정에 의하여 공익법인의 설립허가신청이 있는 때에는 관계사실을 조사하여 목적사업을 원활히 달성할 수 있다고 인정되는 경우에 한하여 주무관청이 설립허가를 한다고 규정되어 있다. (나) 먼저, ××××기술연구소가 주무관청의 인가를 받고 설립한 단체인지에 대하여 보면, 청구조합은 국내 조명기술의 발전을 목적으로 하여 청구조합의 주관으로 1998. 9. 8 연구소 설립을 위한 발기위원회와 1998. 9. 24 창립총회를 거쳐 주무관청인 산업자원부에 1998년 12월 ××××기술연구소의 설립허가신청을 하였으며, 1999. 2. 13 산업자원부장관이 ××××기술연구소의 설립을 허가하였음이 확인된다. (다) ××××기술연구소의 주무관청인 산업자원부에서 ××××기술연구소의 설립신청과 관련하여 검토한 서류에는 설립허가기준과 검토의견이 명시되어 있으며, 목적사업의 구체적 실현가능성, 목적한 사업의 공익성등을 설립허가 기준으로 하여 이와 관련된 구체적 내용을 종합 검토한 결과 모두 요건을 충족하고 합당한 것으로 인정하여 민법 제32조 에 의한 재단법인으로 ××××기술연구소의 설립을 허가하였음이 ××××기술연구소에 대하여 산업자원부에서 실시한 설립허가 검토서 및 허가증에 의하여 확인된다. (라) ××××기술연구소의 총사업비는 60억원으로서 정부출연금 40억원(현금)과 민간출연금 20억원(현금 10억원, 현물 10억원)이며, ××××기술연구소의 매회계연도별 사업계획 및 세입세출예산과 결산서등은 기간을 정하여 산업자원부장관에게 보고하여야 하는 것으로 ××××기술연구소의 정관에 명시되어 있다. (마) ××××기술연구소는 조명기기, 전광판 및 관련부품의 기술을 연구ㆍ개발하고 이를 관련업계에 보급함으로써 조명산업의 발전과 국제경쟁력 제고에 이바지함을 설립목적으로 밝히고 있으며, 실제로 이와 관련된 사업을 수행하고 있음이 ××××기술연구소의 정관, 사업계획서 및 수지예산안 등에 의하여 확인된다. (바) 본건 심리시 ××××기술연구소가 ‘공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률’ 의 적용을 받은 법인에 해당되는 지에 대하여 주무관청인 산업자원부에서 질의한 바, 산업자원부는 회신문에서 ××××기술연구소가 ‘공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률’ 의 적용을 받는 공익법인이며, 동 법률에 의하여 설립허가된 재단법인임을 확인하여 주고 있다. (사) 따라서, ××××기술연구소는 주무관청인 산업자원부의 허가를 받아 설립한 단체로서, ‘공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률’ 의 적용을 받는 공익법인인 사실이 인정되는 것으로 판단된다. (4) 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 및 같은법시행령 제39조 제1항에서 규정하고 있는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화는 부가가치세 면제대상 재화의 공급으로 규정하고 있는 바, 처분청은 ××××기술연구소가 공익단체에 해당되지 않는 것으로 판단하여 이 건 과세처분하였으나, ××××기술연구소는 조명기기등과 관련한 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업을 수행하는 법인으로서 ‘공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률’ 의 적용을 받는 공익단체임이 인정되므로 처분청이 ××××기술연구소에게 청구법인이 출연한 쟁점출연건물을 출연한 것과 관련하여 부가가치세 면제규정을 배제하고 청구조합에 부가가치세를 과세한 처분은 잘못인 것으로 판단된다. 【관련법규, 판례, 심판례】 - 부가가치세법 제12조 제1항 , 같은법시행령 제39조 제1항, 상속세 및 증여세법 시행령 제12조