당초 세금계산서의 공급가액에 추가되는 금액이 발생하는 경우의 세무처리

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 경우에는 동법시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 사유가 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임.

[회신] 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 경우에는 동법시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 사유가 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것입니다. 이 경우 사업자가 세금계산서를 교부한 후 폐업한 경우로서 당초의 공급가액에 추가되는 금액이 폐업후에 발생한 경우에는 그러하지 아니합니다. 1. 질의내용에 대한 자료 가. 유사사례 ○ 부가46015-253,2000.01.27 【질의】 1. 사실관계 사업양수도 시점에 지급한 매매대금 200억원외에 양도인 및 양수인간에 체결된 영업양수도계약에 의거, 사업양수도일 이후 인수한 사업부문과 관련하여 발생하는 영업이익 중 상호합의된 방식에 의해 계산된 금액(이하 “추가 매매대금” )을 향후 5년간 양수인이 양도인에게 추가로 지급하기로 약정하였음. 이와 같이 향후 5년간 추가 매매대금을 지급하기로 약정한 이유는 인수대상 사업과 관련한 영업권 가액에 대해 양도인과 양수인이 이견이 있는 바, 이를 조정하기 위한 방안임. 양수인이 양도인에게 지급할 추가 매매대금은 인수사업과 관련하여 향후 5년간 매년 100억원( “목표이익” ) 이상의 이익이 발생할 것으로 가정하여, 실제로 매년 100억원 이상의 이상이 발생하는 경우 동이익중 10%를 양수인이 양도인에게 지급하도록 약정하였음. 이 경우 추가로 지급되는 금액은 매년 결산확정후 30일 이내에 지급하기로 약정하였음. 그러나, 향후 5년의 기간 중 특정회계년도에 목표이익인 100억원을 달성하지 못하는 경우에는, 동회계년도에 대하여 양수인이 양도인에게 지급할 추가매매대금은 없는 것으로 계약을 체결하였음. 예를 들어, 향후 5년의 기간 중 3년의 기간에 대하여 연간 목표이익이 100억원을 달성하지 못하는 경우 양수인이 양도인에게 지급할 총 추가매매대금은 20억원이 됨. 2. 질의내용 영업양수도계약에 의거 양수인이 양도인에게 향후 5년간 지급하기로 약정한 추가매매대금의 세금계산서 발부에 대하여 아래와 같은 이견이 있음. <갑설> 추가매매대금을 지급하는 경우 동 추가매매대금은 당초의 공급가액에 추가되는 금액이므로 동 추가매매대금을 지불하는 시점에 수정세금계산서를 교부하여야 함. (이유) 영업양수도계약에 따라 양수인이 양도인에게 추가매매대금을 지불하는 경우, 동추가매매대금은 당초의 사업양수도와 관련된 것이므로, 이는 당초의 사업양수도 대가에 증가사유가 발생한 것임. 따라서, 부가가치세법시행령 제59조 에 따라 수정세금계산서를 교부해야 하는 것임. <을설> 추가매매대금을 지급하는 사업년도마다 세금계산서를 교부해야 함. (이유) 추가매매대금의 지급의무는 영업양수도 계약에 따라 향후 5년간 목표이익을 달성하는 경우에 발생하는 것이므로, 이는 당초의 매매대금과는 별도의 대금지급에 해당하는 것인 바, 수정세금계산서 발부대상이 되지 않음. 따라서, 추가매매대금을 지불하는 시점에 세금계산서를 교부해야 함. 【회신】 사업자가 재화(권리를 포함함)를 공급하고 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액이 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 단서 규정에 의하여 그 사유가 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임. ○ 부가46015-2911,1999.09.20 【질의】 가. 회사의 현황 당사는 수개의 공장을 보유하고 과세되는 재화를 생산ㆍ판매하던 법인(따라서 사업자등록이 공장별로 되어 있고 총괄납부 승인을 받은 바 있음)으로 그 중 1개사업장의 토지ㆍ건물 및 기계장치 등을 일괄하여 양도하고 이 시점에서 양도가액 전부에 대하여 세금계산서를 교부하였음. 그리고 폐업신고를 하고 부가세 확정신고까지 마친 상태임. 나. 질의내용 1. 폐업신고를 마친 사업장에서 수정세금계산서 발생사유(공급가액의 변동)가 발생하였을 경우 수정세금계산서의 교부는 어떻게 하여야 하는지. 【회신】 총괄납부 승인을 받은 사업자가 그 중 1개 사업장을 폐지하고 당해 사업장의 고정자산을 일괄양도하면서 세금계산서를 교부한 후 당초 폐업한 사업장 명의로 발행한 세금계산서의 공급가액이 변동한 경우 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것임.