여관을 임대하여 관리운영토록 한 경우 부가가치세 과세여부

여관으로 사업자등록을 한 자가 여관을 직접 운영하지 아니하고 임대하여 관리운영토록 한 경우 사업자등록에 불구하고 실제 사업내용에 따라 각각 부가가치세를 과세하는 것이나 이에 해당하는 지는 구체적인 내용에 따라 사실 판단할 사항임

[회신] 1. 음식숙박업 중 여관으로 사업자등록을 한 자가 동 여관을 직접 운영하지 아니하고 실제 운영자가 따로 있고 그에게 임대하여 관리운영토록 한 경우에는 사업자등록에 불구하고 실제 사업내용에 따라 각각 부가가치세를 과세하는 것이나 이에 해당하는 자는 계약내용 등 구체적인 내용에 따라 사실 판단할 사항임. 2. 실사업자와 명의사업자가 상이하여 부가가치세법 제21조의 규정에 의거 실사업자명의로 경정을 하는 경우 명의사업자가 납부한 부가가치세는 실사업자의 납부세액으로 충당되어 명의사업자에게 환급되지 아니하는 것이나, 실사업자가 부담하여야 할 부가가치세 등을 명의사업자가 부담한 때에는 당사자간의 계약내용 및 일반적인 상거래 관행에 따르는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 1978년도에 여관을 취득하여 1990.08.31까지 타인에게 임대하였다가(사업자등록증도 임차인명의) 1990.09.01부터 1996.11. 현재까지 처명의로 사업자등록증을 발급받아 여관영업에 대한 국세 및 지방세 등 제세의 납부의무를 다하고 있음. 그런데 관리인을 두고 수입금에서 800만원을 가져갔다고 하여 확실한 근거도 없이 임대차로 인정하여 1993년 1기부터 1996년 1기까지 부가가치세 과세표준금액 343,000,000원을 산정하여 이에 대한 부가가치세 37,352,400원을 추징한다고 과세처분통지서가 발부되었음. 그렇다면 기납부된 영업에 대한 부가가치세를 민원인의 처(사업자등록증 명의)에게 환불하고 민원인에게 임대료에 대한 부가가치세를 과세하고 관리인에게 영업에 대한 부가가치세를 다시 과세해야 한다고 하였더니 영업에 대한 부가가치세는 관리인이 냈기 때문에 정정할 필요가 없다고 함. 이에 다음의 사항을 질의함. 가. 동 여관의 영업에 대한 부가가치세와 임대료에 대한 부가가치세를 민원인이 이중으로 부담해야 하는지의 여부. 나. 이중과세에 대하여 민원인이 부당함을 지적 한쪽 반환청구소송을 할 때 상대방(피고소인)을 누구로 하여야 할 것인지(관할세무서장 또는 관리인)의 여부. 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 제21조