과세사업에 공하던 건축물 등을 양도하는 경우에 부가가치세가 과세되는지 여부

귀 질의의 경우에는 붙임 질의회신문을 참고하시기 바람(재무부 간세 1235-1091, 1978.04.12)

[회신] 귀 질의의 경우에는 붙임 질의회신문을 참고하시기 바랍니다. 붙임: ※ 재무부 간세 1235-1091, 1978.04.12 1. 질의내용 요약 1. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 건물을 1993.2.26일 ○○마을금고에 5억원에 매매하기로 계약하고 계약일에 3억원을 인수하고 소유권이전 등기를 마을금고로 이전하였습니다. 이 사실을 인지한 ○○세무서에서는 과세특례세율 2% (당시는 과세특례자이기 때문)를 부과하여서 납부하였습니다. 2. 1995 9월 중순 ○○세무서로부터 공급시기 적용착오라는 다음과 같은 내용을 직접방문하여 인지하였습니다(○○지방 국세청 지적시항이라고 하였습) “○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○○(부동산 임대업)에 대한 부가가치세 결정결의 내용을 검토한바, 위사업자는 같은 번지 소재 ○○마을금고에 같은번지 소재 건물을 5억원에 매도하기로 약정하고 계약일인 93.2.26 소유권 이전 등기를 완료하였으나, 상기부동산에 대한 소유권이전 등기일 후인 93.6.16 상기사업장에대한 과세특례 포기신고서를 제출하여 93.7.1자로 일반사업자로 과세유형 전환하여 계약서상의 잔금청산 약정일인 94.2.26 까지 양도인 명의로 부동산 임대소득에 대한 부가가치세 신고를 하는등 상기부동산에 대한 사실상의 이용권한이 잔금 지급약정일인 94.2.26 까지 양도자에게 있었슴이 부가가치세 세대장, 검인계약서 (특약사항) 등 관련증빙에 의하여 확인되므로 부가가치세법 제9조제1항2호 에 의거 소유권이전 등기사실에 불구하고 실지 명도일인 94.2.26을 상기부동산에 대한 공급시기로 판정하여 부가가치세를 과세하여야 함에도 소유권이전 등기일인 93.2.26을 공급시기로 보아 과세함으로써 일반사업자(93.7.1유형전환) 세율(10%)과 과세특례세율(2%)의 차이분에 대한 부가가치세 42,735,180(55,213,580-12,478,400)원을 추징하라는 내용” 이며 95.9.25 추징고지서를 받았습니다. 3. 질의내용 ○ 계약서에는 계약금 3억원(93.2.26) 동일자로 소유권 이전등에 잔금 2억원(94.2.26) ○ 실지돈거래는 계약금 3억원(93.3.2 발생) 중도금 1억원(93.10.20 발생) 잔금 1억원(94.3.17 발생) ○ 93.7.1 이후 일반사업자 유형전환일 이 경우 계약서를 기준하여 부가세율 10% 부과하는지 실지거래를 기준하여 중간조건부 즉 각 대가를 받기로 할때 공급시기로 보아 3억원은 과세특례세율 2% 중도금, 잔금 2억원은 일반 사업자 세율 10% 적용 부과하는 것이 타당 한지 여부 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 부가가치세법 시행규칙 제9조 제1호