면세사업영위 법인의 지점 건물신축 이전하여 과세ㆍ면세 겸업 시 매입세액 공제

계약당시 당해 토지 및 건물가액의 구분이 불분명하므로 건물의 과세표준은 계약일의 과세시가표준액에 따라 안분계산하며 추후 준공으로 건물가액이 확정되는 경우에도 그 가액을 기준으로 안분계산을 할 수 없음

[회신] 사업자가 건물을 완성하기 전에 건물과 토지를 함께 공급함에 있어 매매대금은 토지.건물 및 구축물의 가액 구분없이 준공시의 감정가격과 판매원가 중 높은 금액으로 정하기로 하고 계약금 이외의 대가를 분할하여지급받기로 한 경우, 계약당시 당해 토지.건물 및 구축물의 가액구분이불분명하므로 건물 및 구축물의 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조의 2제3항의 규정에 의거 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에따라 안분계산하는 것이며 추후 판매원가 또는 감정가격 비례에 의하여과세표준 안분계산을 할 수 없는 것임 1. 질의내용 요약 1.당 공사는 xxx건설(주)와 1985.12.28.에 을지로 2가 구역 제16, 17지구 재개발사업지구내 제1동 건축물 중 지상 3층부터 지상 29층에 해당되는 대지 및 건축시설에 대한 부동산매매계약을 체결하고 1987.11.27.에 동 매매계약서에 따라 xxx건설(주)의 매수자 지위를 oo프라스틱공업(주)에 양도 승락하고 양도.양수에 관한 계약을 체결하였읍니다. 2.동 매매계약서 제2조 제1항에서 매매가격은 건축물 준공시점 기준으로 갑이 한국감정원에 감정의뢰하여 결정된 감정가격에 부가가치세를 가산한 금액으로 하되, 매수자가 건축물 준공전에 계약금과 중도금을 선납한 경우에 매매가격은 선납한 대금에 대하여는 그 부가가치세를 제외한 금액에 연 11.5%를 납부일로부터 준공일까지 적용하여 산출된 금액을 차감하고 부가가치세를 가산한 금액으로 하는 것으로 중간지급조건부로 계약하였 으며 잔금은 한국감정원의 감정가격이 결정되어 매매가격이 확정되었을 때 당 공사가 따로 지정하는 일자에 납부하는 것으로 하였읍니다. 3.한국감정원에 감정의뢰하여 결정된 감정가격은 매매가격의 기준으로 하되 당공사에서 산정한 판매원가와 비교를 위한 객관적인 가격인 점과 매매계약서에 의하여 계약금 및 중도금을 매수자가 선납하는 경우에는 감정가격이 바로 매매가격으로 결정되는 것이 아니고 감정가격에서 선납한 계약금 및 중도금 등 대금에 대하여는 연 11.5% 상당 금액을 차감 하되 감정가격은 매매가격 총액의 기준으로 토지가액과 건물가액의 구분에 있어 감정가격 결정전(계약금 및 중도금 납부시)에 불분명하고 감정가격 결정후(잔금 납부시)에도 그 기준을 특별히 정하지 아니하여 불분명합니다. 4.그리하여 매매계약서 및 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제3항 단서에 의하여 실지거래가액, 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명하여 공급계약 일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하고 동 부가가치세를 신고 납부하였읍니다. 5.위와 같은 경우 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산한 부가가치세 4,933,410,860원이 맞는지, 그러하지 아니하면 한국감정원 감정 가격 중의 토지 및 건물가격에 따라 비례하여 안분게산한 부가가치세 3,435,332,164원으로 하여 기발행한 세금계산서상의 총액 4,933,410,860원 과의 차액에 대한 수정세금계산서를 교부하고 수정신고하여 차액 1,498,078,696원을 환급받아야 하는지에 대하여 질의함.