토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우에 건물 등 공급가액은 실지 거래가액에 의하되 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 계산 하는 것임
전 문
[회신]
사업자가 토지와 그 토지위에 정착된 건물및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물및 기타 구축물의 공급가액은 실지 거래가액에 의하되 실지거래가액중 토지의 가액과 건물및 기타구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 계산 하는것이나, 이 경우 토지와 건물및 기타구축물의 공급가액의 구분이 되어 있는지 여부는 여러 가지 사항을 종합하여 사실판단할 사항인 것입니다.
1. 질의내용 요약
가. 당조합에서는 조합아파트 사업을 완료후 부대시설인 상가매매에 있어서 상가 매매 법인체와 분양계약을 약정후 실거래시 관인계약서를 작성하고 매입, 매출 부가가치세 신고를 마쳤습니다.
나. 그러나 매입부가세 공제단계에서 관할 세무서에서는 관인 계약서상 매출금액이 토지와 건물이 구분되어 있지 않은 관계로 세무담당자는 부가세법 시행령 제48조의2 제3항에 의거 건물, 토지가액 구분이 불분명 할시는 세법에 의한 과세표준액을 근거로 안분된 건물 가액을 매출가격으로 인정후 매입부가세를 공제하여야 한다고 합니다.
다. 당초 당조합에서는 상가 법인체와 분양계약 약정시는 실거래 가격으로 토지와 건물가액을 명시하였으나 관인계약서 작성시는 당조합의 무지로 총 매매가액만 기재하였던 것이고, 상가업체인 법인자산장부에도 토지, 건물 가액이 분양계약 약정서대로 구분되어 기록되어 있는바, 이를 실거래 가격으로 인정할수 있다고 판단되나 관할세무서 담당자는 이를 인정할수 없고 관인계약서 만을 인정한다고 주장하고 있습니다.
라. 본 조합에서 판단시 관인계약 제도가 시행된지도 불과 2,3년 밖에 안되었고 상기에서 언급한 바와같이 분양계약서 및 법인장부에서 토지와 건물가가 확인된다면 관할세무서에서 주장하는 부가세법 시행령 제48조의2 제3항 (토지.건물가액이 불분명할 경우)에 해당되지 않다고 생각되는바, 조합의 무지로 인해 200여명의 전조합원이 선의의 피해가 돌아가지 않도록 귀청의 명쾌한 해답을 부탁드리오니 선처하여 주시기 바랍니다.