전 문
[회신]
귀 질의의 경우 조세감면규제법 제74조 제1항 제1호에 해당하는 국민주택의 건설용역을 제공함에 있어서 공사대금의 반환등 결제에 관한 사항은 거래 당사자간의 공사계약등에 의하여 판단될 사항이니 그리 아시기 바랍니다.
1. 질의내용 요약
“갑”: 건설업을 영위하는 법인.
“을”: 거래 상대밥 법임.
공사내용: 조세감면규제법 제74조 제1항 제1호에 해당하는 근로자APT건립공사
계약금액: 1,036,000,000(V.A.T.제외)
내역서 상 재료비: 532,000,000
실제 투입 재료비-공급가액: 275,000,000
-V.A.T.: 27,500,000
계약체결 당시에, “갑”은 이건 공사는 부가가치세 면세 사업장에 행당하기 때문에 재료비에 대한 부가가치세는 “을”이 부담해야 한다는 의견을 제시하고, 공사 내역서 상 재료비에 대한 공급가액(532,000,000)에 부가가치세(53,200,000)를 포함해서 계약금액으로 하자고 요구하자, “을”은 “갑”의 뜻이 그러하다면 이건 공사를 과세 사업장으로 처리 하자는 의견 이어서, 결국 “갑”과 “을”은 이건 공사를 과세 사업장으로 인정 하여 계약을 체결하였고, “갑”은 공사를 완공하여 공사대금 1,036,000,000원과 부가가치세 103,600,000을 수령 하였고 또한 부가가치세도 신고,납부 하였습니다. 그러나 감사 지적에 따라 세무관서에 수정신고를 하여 세무관서로부터 실제 재료비 투입액에 대한 부가가치세 27,500,000원을 매입세액 불공제 하여 환급세액으로 76,100,000(매출세액 103,600,000-매입세액 27,500,000)원을 환급 받았습니다. 따라서 “갑”은 “을”에게 지급해야할 환급액으로도, 당초계약내용의 취지에 따르면 내역서상 매출세액 103,600,000원에 재료비에 대한 부가가치세 53,200,000을 공제하고 50,400,000원을 환급해야 하나 실제 재료비에 대한 부가가치세가 27,500,000원이기 때문에 27,500,000만 공제하고 76,100,000원을 환급할 것으로 인지하고 있는바, “을”은 전체 매출세액 103,600,000원을 환급해줄 것으로 요구 하기에 “갑”이 “을”에게 지급해야할 환급금액이 아래 (1)과(2)중 어느것이 맞는지 여부.
(1) 76,100,000(“갑”의 의견)
(2) 103,600,000(“을”의 의견)
2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세감면규제법 제74조 제1항 제1호