전 문
[회신]
｢조세특례제한법 시행령｣ 제104조의7제1항에 해당하는 해운기업이 외항운송 활동에 주로 사용하는 선박을 국토해양부장관에게 신고하여 일시적으로 국내항과 국내항 사이에서 화물을 운송하는데 사용하는 경우
해당 선박의 취득에 소요된 금액에 대해서는 같은 법 제104조의10제3항에 따라 같은 법 제26조의 세액공제는 적용받을 수 없는 것임
[ 관련 첨부서류 ]
1. 질의내용 요약
1. 질의내용 요약
○ 질의내용
-
해운기업에서 톤세 적용대상 사업과 그 외의 사업에 공통으로 사용하는
선박에 대해 비해운소득과 관련된 매출액상당액 비율만큼 임시
투자세액공제를 적용 할 수 있는지
○ 사실관계
-
갑법인 소유 선박은 주로
외항화물 운송
을 전담하는 국제선박이나 국토해양부에 일시자격변경신고를 통해 국내항 수송을 진행하고, 국내항 수송 만료 시 다시 외항자격을 재취득하여 외국항행 수송을 하고 있음
․ 갑법인은 국토해양부로부터 연간 총 운항선박에 대한 운항선박
신고를 통해 톤세 적격기업으로 확인 후 조특법상의 톤세 특례를
적용받고 있음
․
국토해양부에 승인 받은 내용 중 당사 선박들의 연간 국외항 운항
내역에 대하여 전체 수송 매출 중 국토해양부로부터 승인된 외항종사일에 발생한 소득을 해운소득으로 인식하고
․
일시 자격변경을 통해 외항이 아닌 국내항 수송으로 발생한 매출에
대해서는 비해운소득으로 구분경리하고 있음
- 갑법인은 조특령§104의8, 조특칙§46의3③, 법칙§76⑥에 따라
․ 해운소득과 비해운소득 안분시 공통익금을 매출액 안분기준으로 구분하고, 공통손금도 매출액에 비례하여 안분하고 있음
-
톤세 적용 대상기간 내에 발생한 국제선박 처분이익을 해운소득과
비해운소득 안분비율에 의거 비해운소득에 대해서는 법인세법을 적용하여 세금을 신고납부하고 있으며,
․
이 기간 중 신규 취득한 선박자산에 대한 임시투자세액공제를 적용
함에 있어서는
조특법§104의10③에 따른 해운소득에 대해서는
비과세, 세액감면, 세액공제, 소득공제를 받을 수 없음에 따라
․
국토해양부로부터 승인받은 외항종사일을 기준으로 구분경리한 해운
소득과 비해운소득(매출액 기준) 안분비율을 적용하여 비해운소득 비율
만큼만 임시투자세액공제를 신청하고 있음
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○
조세특례제한법
제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준
계산 특례】
① 내국법인 중 ｢해운법｣상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로
정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의
법인세과세표준은 2014년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한
금액을 합한 금액으로 할 수 있다.
1.
외항운송 활동과 관련된 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서
"해운소득"
이라 한다)에 대해서는
｢법인세법｣ 제13조
부터 제54조
까지의 규정에도 불구하고 선박별로 다음 계산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서
"선박표준이익"
이라 한다)
개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 톤당 1운항일 이익
× 운항일수
× 사용률
2.
해운소득 외의 소득(이하 이 조에서
"비해운소득"
이라 한다)에 대해서는
｢법인세법｣ 제13조
부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 금액
② 제1항에 따른 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서
"과세표준계산특례"
라 한다)를 적용받으려는 법인은 대통령령으로
정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세
표준계산특례를 적용받으려는 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도
(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다) 동안 과세표준계산
특례를 적용받아야 한다. 다만, 과세표준계산특례를 적용받고 있는
해운기업은 2010년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 대통령령으로
정하는 바에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기할 수 있다.
③
제1항을 적용할 때 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과
합산하지 아니하며,
해운소득에 대해서는 이 법,
｢국세기본법｣
및
조약과 제3조 제1항 각 호에 규정된 법률에 따른 비과세, 세액면제
,
세액감면, 세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다.
⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간 동안 제1항에 따른 요건을 2개 사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준계산특례적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다.
○
조세특례제한법 시행령
제104조의7 【해운기업에 대한 법인세
과세
표준 계산특례】
①
법 제104조의10제1항 각 호 외의 부분에서 "｢해운법｣상 외항운송사업의
영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업"이란 다음 각
호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이
용선(다른 해운기업이 기획재정부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 선박의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령으로 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다.
1.
｢해운법｣ 제3조
에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업
2.
｢해운법｣ 제23조
에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다.
② 법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송활동과 관련된 대통령령으로
정하는 소득"이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한
소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)을
말한다.
1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한
｢해운법｣ 제2조제4호
에 따른 용대선(용대선)을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)
2.
외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에
해당하는 활동
가. 화물의 유치·선적·하역·유지 및 관리와 관련된 활동
나.
외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동
으로서 기획재정부령이 정하는 활동
다. 직원의 모집·교육 및 훈련과 관련된 활동
라. 선박의 취득·유지·관리 및 폐기와 관련된 활동
마.
선박의 매각. 다만, 법 제104조의10제1항에 따른 해운기업의 과세
표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의
적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 그 매각
손익에 해당 선박의 총 소유기간 중 과세표준계산특례가 적용되기 전의 기간이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되,
그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료
일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 특례적용전 기간분에 해당 선박의 매각대금 중 새로운 선박의 취득에 사용된 매각대
금이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 80에 상당
하는 금액은 해운소득으로 한다.
바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동
사.
가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동
3. 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 소득
가.
외항해상운송활동과 관련하여 발생한
「소득세법」 제16조
의
이자소득, 동법 제17조제1항제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하
이 조에서 "이자소득등"이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계
기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 기획
재정부령이 정하는 이자소득등을 제외한다.
다.
외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권·
채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손
라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익
③ 제1항 및 법 제104조의10제1항제1호에서 "선박", "순톤수", "운항일수" 또는 "사용률"은 다음 각 호에 따른다.
1. 선박: 과세표준계산특례를 적용받는 기업(이하 이 조에서 "특례적용기업"이라 한다)이 소유하거나 용선한 선박
2. 순톤수:
「선박법」 제3조제1항제3호
에 따른 순톤수
3. 운항일수: 다음 각 목의 어느 하나의 기간에 속하는 일수. 다만, 정비·개량·보수 그 밖의 불가피한 사유로 30일 이상 연속하여 선박을 운항하지 아니한 경우 그 기간은 제외한다.
가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 소유기간
나. 특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선기간
4. 사용률 : 다음 각 목의 어느 하나의 비율
가. 특례적용기업이 소유한 선박의 경우에는 100퍼센트
나.
특례적용기업이 용선한 선박의 경우에는 용선계약에 의한 용선
비
율
다.
가목 및 나목에도 불구하고 특례적용기업이 제1항에 따른 공동
운항에 투입한 선박의 경우에는 공동운항비율
④ 법 제104조의10제8항에서 "1톤당 1운항일이익"은 다음과 같다.
⑤
과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 과세표준계산특례를 적용
받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 적용신청서에
제1항에 따른
요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를
첨부
하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항 본문에 따른 과세표준계산
특례적용기간(이하 이 조에서 "특례적용기간"이라 한다)에 속하는
사업연도(제5항에 따라 제출된 국토해양부장관의 확인서에 의하여
요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을
신고하는 때에 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세
표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른
요건의 충족여부에 대한
국토해양부장관의 확인서를 첨부
하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑨
특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분
하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과
손금은 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다
.
○
조세특례제한법 시행규칙 제46조
의 3 【해운기업에 대한 법인세
과세표준 계산 특례】
⑦ 영 제104조의7제9항에서 "기획재정부령으로 정하는 방법"이란 ｢
법인세법 시행규칙｣ 제76조 제6항
을 준용하여 계산하는 방법
을 말한다.
○
법인세법 시행규칙 제76조
【비영리법인의 구분경리】
⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은
다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금
또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의
사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합
리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에
따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에
의하여 안분계산한다.
1.
수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의
수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2.
수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
○
조세특례제한법 제26조
【임시투자 세액공제】
① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령
으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서
같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로
정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다)
또는 법인세에서 공제한다.
○
조세특례제한법 시행령 제23조
【임시투자세액공제】
① 법 제26조제1항에서 "대통령령으로 정하는 투자"란 농업, 축산업, ---(생략)---
물류산업
,---(생략)---「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2010년12월31일
까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서
"사업
용자산"
이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에
사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에
대한 투자만 해당한다)를 말한다.
○
조세특례제한법 시행령 제5조
【창업중소기업 등에 대한 세액감면】
⑧ 법 제6조제3항제18호에서
"대통령령으로 정하는 물류산업"
이란
운수업 중 화물운송업
, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 형량 서비스업 및 「항만법」에 따른 예선업과 기타 산업용
기계장비 임대업 중 파렛트임대업(
이하 "물류산업"
이라 한다)을
말한다.
○
조세특례제한법 시행규칙 제14조
【임시투자세액공제 대상 사업용
자산의 범위】
영 제23조제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산
을 말한다. 다만,
｢관광진흥법｣에 따라 등록한 전문휴양업 또는 종합휴양업을
영위하는 자의 경우에는 제5호의 자산에 한정한다.
○
조세특례제한법 시행규칙
제3조【사업용자산의 범위】
①
영 제4조제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의
어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.
2.
운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업(영 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업을 말한다)이 당해 사업에 주로 사용하는
차량 및 운반구(「개별소비세법」제1조제2항제3호의 규정에 의한 승용자동차로서 자가용인 것을 제외한다)와
선박
○
조세특례제한법 시행령 제4조
【중소기업투자세액공제】
① 중소기업이 제2조제1항의 규정에 의한 업종에 해당하는 사업과 기타의 사업에 공동으로 사용되는 사업용자산, 판매시점정보관리
시스템설비 및 정보보호시스템설비를 취득한 경우에는 당해 자산은
그 자산을 주로 사용하는 사업의 자산으로 보아 법 제5조의 규정을
적용한다.
○
조세특례제한법 시행규칙
제4조【주로 사용하는 사업의 판정기준】
영 제4조 제1항에서 “주로 사용하는 사업”이라 함은 당해 자산의 사용시간 또는 사용정도를 비교하여 그 사용비율이 큰 사업을 말한다.
○
해운법 제24조
【사업의 등록】
②
외항 정기 화물운송사업이나 외항 부정기 화물운송사업(이하 "외항화물운송사업"이라 한다)을 경영하려는 자는 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 등록하여야 한다.
등록한 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다.
○
해운법 제25조
【사업등록의 특례】
② 제24조제1항에 따른 내항 화물운송사업의 등록을 한 자가 일시적으로 국내항과 외국항 사이 또는 외국항과 외국항 사이에서 화물을 운송하려고 하거나 제24조제2항에 따른 외항 부정기 화물운송사업의 등록을 한 자가
일시적으로 국내항과 국내항 사이에서 화물을 운송하려는 경우에는 제24조제1항 및 제2항에도 불구하고 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 미리 신고하는 것으로 등록을 갈음할 수 있다.
<개정 2008.2.29>
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-584, 2005.4.22. ; 법인세과-2089, 2008.8.21.
임시투자세액공제가 적용되는 사업과 기타의 사업에 공동으로 사용
되는 사업용자산 등을 취득한 경우에 당해 자산을 그 자산을 주로 사용하는 사업의 자산으로 보아 세액공제 관련 규정을 적용하는 것이며,
주로 사용하는 사업의 판정은 당해 자산의 사용시간 또는 사용정도를
비교하여 그 사용비율이 큰 사업을 기준으로 하는 것임
○ 법인세과-475, 2011.7.15.
내항화물 운송업을 영위하는 내국법인이
｢조세특례제한법
시행령｣
제2조제1항의 규정에 의한 중소기업에 해당되지 않는 경우 동 법인이
선박에 투자한 금액에 대해서는 같은 법 제26조【
임시투자세액공제】
(2010.1.1. 제9924호로 개정된 것)가 적용되지 않는 것임
○ 제조예-230, 2006.4.20.
【질의】
「법인세법 시행규칙」 제14조 제2호
의 규정에 의한 임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위를 판단함에 있어 법인이 같은 규칙 별표5의 유통산업합리화시설 중 “창고시설 등”에 해당하는 물류센터를 신축하고 당해 물류센터를 도매업과 제조업에 공동으로 사용하는 경우 임시투자세액공제 대상액에 대하여 질의함
〈갑설〉투자액을 사업별 수입금액 비율에 따라 안분하여 도매업 부분의 투자액을 세액공제 대상으로 함.
〈을설〉사업별 수입금액에 의한 주된 사업을 판정하여 주된 사업이 도매업인 경우 투자액 전액을 세액공제 대상으로 함.
〈병설〉
“주로 사용하는 사업”에 따라 업종을 판정하고 주로 사용하는
사업이 도매업인 경우 전액을 세액공제 대상으로 함
〈정설〉도매업만을 영위하는 자가 당해 사업에 직접 사용하는 “창고시설 등”에 대하여 세액공제 대상으로 함.
【회신】
도매업과 제조업을 겸업하는 사업자가
「조세특례제한법
시행규칙」
별표5의 유통산업합리화시설 중 “창고시설”을 신축하고 도매업과
제조업에 공동으로 사용하는 경우 임시투자세액공제를 적용함에 있어
당해 창고시설을 도매업에 주로 사용하는 경우에는 투자금액 전체에 대하여 임시투자세액공제를 적용하는 것이며, 당해 창고시설을 제조업에 주로 사용하는 경우에는 임시투자세액공제를 적용할 수 없는 것임