비영리법인의 수익사업의 범위 등

「조세특례제한법」 제10조의 2 제1항에 따라 연구개발 관련 출연금 등을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 출연금등익금불산입명세서를 제출하지 아니한 경우에도 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례를 적용받을 수 있는 것임

[회신] 법인세의 과세표준 및 세액의 신고시 ｢조세특례제한법｣ 제10조의 2 제1항에 따라 연구개발 관련 출연금 등을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 출연금등익금불산입명세서를 제출하지 아니한 경우에도 같은 조항의 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례를 적용받을 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 가. 질의요지 ○ 조특법§10조의 2에 따른 연구개발출연금을 익금불산입하는 경우 출연금 등 익금불산입명세서를 제출하지 않았을 때 동 조항 적용가능 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙) ○ 조세특례제한법 제10조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례 】 ① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. ○ 조세특례제한법 시행령 제9조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례 】 ① 법 제10조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다. 1. 「산업기술혁신 촉진법」 2. 「정보통신산업 진흥법」 3. 「중소기업기술혁신 촉진법」 4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률 ④ 법 제10조의2제1항 및 제2항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 출연금등익금불산입명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 법규과-0133, 2010.01.27.(과세자문) 법인세의 과세표준 및 세액의 신고시 「조세특례제한법」 제10조의2제1항 에 따라 연구개발출연금 등을 익금에 산입하지 아니한 내국법인이 출연금 등 익금불산입명세서를 제출하지 아니한 경우에도 같은 항을 적용받을 수 있는 것임 ○ 법인세과-455, 2011.07.11. 내국법인이「조세특례제한법」제10조의2 제1항에 따른‘연구개발 관련 출연금 등의 과세특례’를 적용하지 않고 연구개발출연금등을 받은 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액신고를 한 경우 추후 신고조정에 의해 수정신고 또는 경정청구가 가능한지 여부에 대해서는 아래 우리청 법규과의 해석을 참고하시기 바랍니다. ◈ 국세청 법규과-882(2011.07.04) 귀 의견조회의 경우, 내국법인이 연구개발출연금 등을 지급받은 사업연도에 익금산입하여 법인세의 과세표준 및 세액을 신고한 경우「국세기본법」제45조의2에 따른 경정청구를 통하여「조세특례제한법」제10조의2의 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례를 적용받을 수 있는 것입니다. ○ 법인46012-1447, 1994.05.20 구조세감면규제법 제40조의4 규정에 의한 농공단지입주기업에 대한 조세특례는 『감면신청서의 제출』을 그 적용요건으로 하는 것은 아님. 따라서 감면신청서를 제출하지 못하였다 하더라도 당해법인이 농공단지 입주기업으로서 적법하다면 위 조세특례를 적용 받을 수 있는 것임. ○ 재재산-340, 2004.03.15. 조세특례제한법 제38조 의 2 규정을 적용함에 있어서 동법시행령 제35조의 3 제4항의 규정에 의한 현물출자ㆍ자기주식교환명세서의 제출은 과세이연의 필수적 요건은 아님. ○ 국심2005부3339, 2006.01.03. 조세특례제한법 제5조 제4항 및 같은 법 시행령 제4조 제2항에서 ‘중소기업투자세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있으나, 위 관련법령에서 본 바와 같이 중소기업투자세액공제는 중소기업으로서 법령에서 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 원칙적으로 감면신청을 하여야 할 것이지만 감면신청을 하지 아니한 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없어 위 감면신청규정이 감면신청을 한 경우에만 감면을 적용한다는 강제규정으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 중소기업투자세액 공제신청을 하지 않았다 하더라도 감면요건이 충족되면 세액을 감면하는 것이 타당하다 ○ 대법원 2003두773, 2004.11.12. 중소제조업 등에 대한 특별세액감면에 관하여 규정한 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '구 조감법'이라 한다) 제7조 제1항 소정의 소득세 또는 법인세의 감면은 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 규정인 구 조감법 제7조 제3항 및 구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정되기 전의 것) 제7조 제4항은 납세의무자로 하여금 과세표준 및 세액의 결정에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 구 조감법 제7조 제1항 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 법인세 등을 감면하여야 하고(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결, 대법원 2003. 5. 16. 선고 2001두3006 판결 등 참조)