연구전담 직원 인건비의 연구 및 인력개발비 세액공제 여부

연구전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 세액공제 대상이 아님

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하기 위한 연구요원은 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 전담부서에서 연구개발 관련업무에 종사하는 직원을 포함하는 것이나, 전담부서에서 근무하다가 전담부서가 아닌 곳으로 이동하여 전담부서의 연구용역을 수행하는 경우에는 그러하지 아니하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 A사는 제조업을 영위하는 비중소기업으로서 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소를 창원시에 두고 동 연구소를 통해 연구개발 활동을 수행하 오고 있음. 창원소재 연구소의 공간협소 및 타 연구기관들과의 원활한 연구 업무 협조를 위해 A사는 창원연구소외 2005년 3월 및 2005년 5월에 대전 및 수지에 추가로 연구소를 설립하였음. 대전 및 수지에 추가로 설립한 연구소는 2005.7.7일에 한국산업기술진흥협회에 기업부설연구소로 등록되었음. 대전 및 수지에 연구소를 추가로 설립하기 전에 창원연구소에 소속되어 있던 연 구원은 약 210명 정도임. A사는 창원연구소에 소속되어 있던 약 210명의 연구원들 중 25명 및 20명을 대전 및 수지연구소로 발령하여 기존연구활동을 수행하 도록 하였음. 상기 사실관계를 요약하면 다음과 같음 | 구 분 | 창 원 | 대 전 | 수 지 | | 연구소 설립일 | 1984년 | 2005.3.16 | 2005.5.26 | | 연구소 등록일 | 1987년 | 2005.7.7 | 2005.7.7 | | 연구인원(2004) | 210명 | | | | (2005) | 171명 | 30명 | 20명 | | (2006) | 174명 | 43명 | 24명 | ※ 2005년 대전연구소 설립시에는 25명에서 추가 증원하여 30명으로 늘어남 A사는 기업부설연구소의 인원이 변동되는 경우 변동현황을 매년 한차례 한국산업기술진흥협회에 신고하고 있음. 기업부설연구소에 소속되어 실질적으로 연구전담 활동만을 수행하고 있는 인원중 2005년 11명과 2006년 13명은 인원 변동현황 신고 전후에 연구소로 소속되어 변동현황 신고내용과 실제 연구소의 연구인원과 차이가 발생하게 되었음 ○ 질의요지 1)상기와 같은 사실관계 하에서 기존 연구소 소속에서 추가로 설립된 연구소로 소속이 변경된 연구원들의 인건비중 대전 및 수지 연구소로 소속이 변경된 시점부터 동 연구소의 등록시점까지 발생한 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상여부 2) 등록된 기업부설연구소 소속으로서 실질상 전업적으로 연구 전 담활동을 수행한 인원과 한국산업기술진흥협회에 신고된 인 원간에 차이가 있는 경우(실제 인원이 신고된 인원을 초과 하는 경우) 한국산업기술진흥협회에 신고되지 않은 연구원에게 지급된 인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. (2008. 12. 26. 단서개정) 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 (2007. 12. 31. 신설) 100분의 3의 비율 ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 ② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 소비성서비스업”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다. (2007. 2. 28. 신설) 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업을 제외한다) (2007. 2. 28. 신설) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제7조 에 따른 단란주점 영업에 한하며, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다) (2007. 2. 28. 신설) 3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ② (삭제, 2009. 2. 4.) - 시행령 제5조 제4항 제2호 참조(별표6) ③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 “대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비”라 함은 별표 6 제1호 나목 및 제2호 가목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발ㆍ교육훈련 및 연구개발지원을 위탁함에 따른 비용을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학 (2007. 2. 28. 신설) 2. 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) (2007. 2. 28. 신설) 3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (2007. 2. 28. 신설) 4. 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업(제2조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업에 한한다) (2008. 2. 22. 개정) 5. 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합 (2007. 2. 28. 신설) 6. 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 (2007. 2. 28. 신설) 7. 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 중소기업 (2007. 2. 28. 신설) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서” 라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다 . (2008. 4. 29. 직제개정) ② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “기획재정부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (2008. 4. 29. 직제개정) ～ ○ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】 ① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다. (2001. 7. 20. 개정) ② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. (2006. 7. 5. 개정) 1. 연구사업개요서 1부 (2001. 7. 20. 개정) 2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부 (2001. 7. 20. 개정) 3. 연구시설명세서 1부 (2001. 7. 20. 개정) 4. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제13조 제2항 에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 5. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제14조 제1항 에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 개정) 7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 신설) 8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 호번개정) ③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. (협회 - 한국산업기술진흥협회, 3460-9016) ④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다. (2001. 7. 20. 개정) | 시행령 [별표 6] <개정 2008.10.7> | | 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조제2항관련) | | 구분 | 비용 | | | | | 1. 기술개발 | 가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서 (이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 ②전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) ③ 전담부서 에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용 ~ 이하생략 ~ | 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인46012-794, 2001.07.04 조세특례제한법시행규칙 제6조 제1항 의 규정을 적용받는 전담부서는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 따라 과학기술부장관(한국산업기술진흥협회장)에게 신고하여 확인서를 교부받은 기업의 연구개발전담부서만을 말하는 것임. ○ 서면2팀-474, 2007.3.21 기업부설연구소와 기업내의 연구개발전담부서의 적법한 신고 전에 발생한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없음 ○ 법인세과 - 323, 2009.03.24 과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 적법하게 신고하기 전에 동 전담부서에서 발생한 비용은 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다. ○ 재조예46070-202, 2000.05.31 조세특례제한법시행령 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①과 동법시행규칙 제6조 제2항을 적용함에 있어 세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사하고, “주주”인 연구요원 등의 경우에는 동법시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당되지 않아야 되는 것임. ○ 서면2팀-894, 2008.05.09 [ 요 지 ] 「조세특례제한법」 제10조 의 ［연구 및 인력개발비에 대한 세액공제］를 적용하기 위한 연구요원은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’(주주인 임원으로서 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외)를 대상으로 하는 것으로, 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사한 직원을 포함하는 것임(서면2팀-2279, 2006.11.09). [ 회 신 ] 귀 질의의 경우, 기존 질의회신사례(서면2팀-2279, 2006.11.09 ; 재조예46070-202, 2000.05.31)를 참조하시기 바랍니다.