비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정상 적용세율

법인세법 제3조제3항제1호의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 자산양도차익에 대한 과세특례를 적용하는 경우에는 소득세법상 세율에 의하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 것임

[회신] 비영리내국법인(「법인세법」 제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외함)이 같은 법 제62조의2에 의한 자산양도소득 과세특례규정을 적용하는 경우에는 당해 자산의 양도소득에 대하여 「소득세법」 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 질의법인은 국세기본법 제13조제2항 의 규정에 의거 관할세무서장으로부터 법인 으로 보는 단체로 승인받음(12월말 법인임). - 2009년 1월 질의법인 소유 토지 중 15,618㎡가 공익사업용 토지에 해당되어 경기도 ○○시로부터 39억원의 보상금을 받음. - 질의법인은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내(’09.3.31) 법인세법 제62조의2 규정을 적용하여 법인세를 신고납부하는 과정에서 신고 납부할 금액이 법인세법 제55조 규정에 의한 납부세액보다 현저히 초과하여, - 법인세법 제62조의2제6항 의 규정에 의거 법인세법을 준용하여 법인세법 제55조에서 규정한 세액을 2009.3.31신고 납부함. ○ 질의요지 - 법인세법 제62조의2 에 의해 자산양도소득에 대한 과세특례 적용시 적용할 세율 【關聯法令】 □ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설) 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부 하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정) ④ 「소득세법」 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정) ⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) ⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설) ⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) ⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정) ⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설) □ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 (2008. 12. 26. 개정) 제55조 제1항에 따른 세율 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 (2003. 12. 30. 개정) 양도소득과세표준의 100분의 40 2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 (2003. 12. 30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 3. 미등기양도자산 (2003. 12. 30. 개정) 양도소득과세표준의 100분의 70 4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 (2000. 12. 29. 개정) 가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조 제6항에서 “중소기업”이라 한다)외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등 (2001. 12. 31. 개정) 양도소득과세표준의 100분의 30 나. 중소기업의 주식등 (2000. 12. 29. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 10 다. 가목 및 나목외의 주식등 (2000. 12. 29. 개정) 양도소득과세표준의 100분의 20 5. (삭제, 2000. 12. 29.)