비영리내국법인 고정자산 처분손익의 법인세 과세여부

비영리내국법인의 고정자산으로 인한 수입은 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우를 제외하고 수익사업에 해당되며, 수익사업과 기타사업에 대해서는 구분경리를 하여야 하며, 처분한 고정자산이 비사업용 토지에 해당될 경우 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용됨

[회신] 비영리내국법인의 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 「법인세법」 제3조제3항제5호에 의하여 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이나, 해당 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상이 되지 않는 것입니다. 아울러, 처분한 고정자산이 같은 법 제55조의2제1항제3호에 의한 비사업용 토지에 해당되어 2009년 3월 15일 이전에 양도한 경우에는 당해 토지의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가 납부하여야 하는 것이나, 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 상기의 규정을 적용하지 않는 것입니다(다만, 「소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역 안의 비사업용 토지를 양도한 경우에는 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 추가 납부함). 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 기도원을 개설한 비영리법인(교회)임. 기도원 대지(1천평)에 기도원 건물 1층(300평)을 건축함. 농구와 배구코트, 주차장, 잔디운동장을 만들었고 채소심는 밭이 있고 임야(5000평)에 잣나무(5000주)를 심었음. - 매월 2회이상(1회 3일간숙박) 100명 이상의 교인들이 산산기도회를 하며 예배드림. - 토지와 임야 도로 합계 1만평임. 10년간 기도원을 운영하였는데 양도하여 교회 교육관을 취득하고자 함 ○ 질의요지 - 어떠한 세금이 과세 또는 비과세되는지 【關聯法令】 □ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. 1. 각 사업년도의 소득 2. 청산소득 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득 ③ 비영리내국법인의 각 사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(이하생략) □ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2009.2.4 부칙> □ 법인세법 제55조 의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (중략) 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 (2009. 5. 21. 개정) 가. 「소득세법」 제104조 의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) (2009. 5. 21. 개정) 나. 「소득세법」 제104조 의 2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 (2009. 5. 21. 개정) 다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 (2009. 5. 21. 개정) 2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정) 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) (중략) ⑧ 토지등을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2009. 5. 21. 신설) □ 법인세법 부 칙 (2009. 5. 21. 법률 제9673호) ◦제1조 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. ◦제2조 【토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례】 제55조의 2의 개정규정은 2009년 3월 16일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. (중략) ◦제4조 【토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례】 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의 2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.