영농조합법인이 수령한 국고보조금이 감면대상 소득에 해당하는지 여부

영농조합법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 사업개발비 보조금 등을 지급받는 경우 농업소득외 소득에 해당하지 아니함

[회신] 영농조합법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 농산물물류비 지원금, 사업개발비 보조금, 판촉홍보보조사업 보조금을 지급받는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제66조 제1항의 “농업소득외 소득”에 해당하는지 여부는 기존 회신사례(기획재정부 법인세제과-346, 2011.4.21.)을 참고하시기 바랍니다. 영농조합법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 계란집하장 및 관리실 신축, 계란포장재 디자인 및 구입을 위해 지급받은 보조금과 제3자로부터 무상으로 받은 자산수증이익이나 기타 이자수익, 장려금, 후원금 등은 법인세가 면제되는 ｢조세특례제한법｣ 제66조 제1항의 ‘농업소득외의 소득’에 해당하지 아니하는 것입니다. 1. 사실관계 및 질의요지 가. 사실관계 ○ 당사는 친환경농업을 실천하는 감귤농업인들이 판매를 일원화 하기 위하여 설립한 영농조합법인임 - 주 매출은 조합원들이 생산한 친환경감귤을 구입하여 판매하는 도소매매출이며 농산물물류비 지원금, 사업개발비 보조금 등을 지원받고 있음 나. 질의요지 ○ 당사가 수령한 국고보조금이 조특법 제66조 제1항에 따른 감면 대상소득에 해당하지 않는다면 국고보조금으로 지출한 비용을 감면대상사업과 기타사업중 어디로 구분경리 하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】(2012. 6. 1 - 제11459호) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합 법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. < 이하 생략 > ○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】(2012. 8. 31 - 제24077호) ① 법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)} ○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리 】 ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우 에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. ② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령 령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업 별로 구분하여 경리하여야 한다. ③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제136조 【구분경리 】 ① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다. ② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조 의 규정을 준용하여 계산한다. ○ 조세특례제한법 기본통칙 143 - 0 … 1 【 구분경리 】 법 제143조 제1항에 규정하는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 있어서 영 제136조 제1항의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법 시행령」 제156조 및 같은 법 시행규칙 제75조의 규정을 준용하는 것으로 구분경리 대상법인의 익금과 손금의 구분계산은 법 및 다른 법에 특별히 정한 것을 제외하고는 법인세법기본통칙 113-156…6에 의한다. ○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】 ① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. ○ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】 ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영 하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류 에 의한다. ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 < 생 략 > ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금 (공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입 항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다. 1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. ○ 법인세 법 기본통칙 113 - 156 … 6 【 개별손익･공통손익 등의 계산 】 규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다. 1. 개별익금 가. 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다. 나. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. (1) 부산물ㆍ작업폐물의 매출액 (2) 채무면제익 (3) 원가차익 (4) 채권추심익 (5) 지출된 손금 중 환입된 금액 (6) 준비금 및 충당금의 환입액 다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분 하는 것을 예시하면 다음과 같다. (1) 수입배당금 (2) 수입이자 (3) 유가증권처분익 (4) 수입임대료 (5) 가지급금인정이자 (6) 고정자산처분익 (7) 수증익 2. 공통익금 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 수익이나 귀속이 불분명한 부수수익은 공통익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. 가. 귀속이 불분명한 부산물ㆍ작업폐물의 매출액 나. 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제익 다. 공통손금의 환입액 라. 기타 개별익금으로 구분하는 것이 불합리한 수익 3. 개별손금 가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. (1) 매출원가 (2) 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용 (3) 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금ㆍ충당금전입액 (4) 기타 귀속이 분명한 제비용 나. 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분 하는 것을 예시하면 다음과 같다. (1) 유가증권 처분손 (2) 고정자산 처분손 4. 공통손금 감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다. 가. 사채발행비 상각 나. 사채할인발행차금 상각 다. 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 기획재정부 법인세제과-346, 2011.04.21 영농조합법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 계란집하장 및 관리실 신축, 계란포장재 디자인 및 구입을 위해 지급받은 보조금과 제3자로부터 무상으로 받은 자산수증이익이나 기타 이자수익, 장려금, 후원금 등은 법인세가 면제되는 조세특례제한법 제66조 의 제1항의 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하지 아니하는 것입니다. ○ 법인세과-813, 2010.08.30 영농조합법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 계란 집하장 및 관리실 신축을 위해 지급받는 ‘축산분야 지역특화사업 보조금’과 계란포장재 디자인 및 구입을 위해 지급받는 ‘고품질 축산물 위생포장재 지원사업 보조금’ 및 제3자로부터 무상으로 받은 자산수증이익이나 기타 이자수익‧장려금‧후원금 등은 법인세가 면제되는 「조세특례제한법」 제66조 제1항 의 “농업 소득 외의 소득”에 해당하지 아니하는 것입니다. ○ 법인세과-604, 2010.06.29 귀 질의의 경우, 영농조합법인이 지방자치단체로부터 현대화된 산지유통시설 건립, 농산물관리제도 시설보완, 찰보리 건조 및 저장시설의 지원과 관련하여 지급받은 보조금은「조세특례제한법」제66조제1항의 “농업소득 외의 소득”에 해당되지 아니하는 것입니다.(법규과-564, 2010. 4. 3.)