톤세제 관련 감가상각 부인액의 세무조정 방법

제주투자진흥지구 내 입주기업(피합병법인)이 조세특례제한법 제121조의12 규정에 따라 법인세 감면을 적용받던 중, 완전모회사로 흡수합병되어 해산되고, 합병법인이 피합병법인의 합병 전 사업을 제주투자진흥지구 내에서 계속하여 영위하는 경우에는 폐업한 경우에 해당되지 아니하는 것임

[회신] 제주투자진흥지구 내 입주기업(피합병법인)이 조세특례제한법 제121조의12 규정에 따라 법인세 감면을 적용받던 중, 완전모회사로 흡수합병(법인세법상 적격요건을 갖춘 합병에 해당)되어 해산되고, 합병법인이 피합병법인의 합병 전 사업을 제주투자진흥지구 내에서 계속하여 영위하는 경우에는 조세특례제한법 제121조의12 제1항 제3호의 폐업한 경우에 해당되지 아니하는 것임 1. 질의내용 요약 ○ ㈜□□은 2006년 설립된 법인으로서 제주특별자치도에 본점을 두고 있으며, ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣에 따라 지정된 투자진흥지구에 입주 - 조세특례제한법 제121조의9 (제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면) 규정을 적용하여 법인세 등의 감면을 적용받고 있음 - 질의법인은 ㈜□□을 법인세법상 적격합병의 요건을 충족하는 흡수합병 을 계획하고 있으며, - 완전자회사와의 합병에 해당하여 합병대가를 별도로 지급하지 않고, 흡수합병 후에도 피합병법인이 영위하는 사업을 계속하여 영위할 예정 ○ 조세특례제한법 제121조의9 규정에 따라 감면을 적용받던 제주투자진흥지구 입주기업이 적격 요건을 갖추어 완전모법인으로 흡수합병되어 해산하는 경우 - 폐업일로부터 3년 이내에 감면받은 법인세 등을 추징하는지 여부 및 잔여 감 면기간에 대한 법인세 등 감면이 배제되는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제121조의9 【제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조, 제121조의11 및 제121조의12에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자의 경우에 대해서는 제2항부터 제7항까지의 규정에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다. <개정 2010.12.27> 1. ｢제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제217조 에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 이 장에서 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2012년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업 ○ 조세특례제한법 제121조의12 【제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 감면세액의 추징】 ① 세무서장ㆍ세관장 또는 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의9 또는 제121조의11에 따라 감면된 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ재산세 및 관세를 추징한다. 다만, 제4호 및 제5호는 취득세를 추징하는 경우에만 적용한다. <개정 2010.12.27> 3. 해당 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업이 폐업한 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제116조의18 【조세추징사유의 통보 등】 ③ 법 제121조의12 제1항 제3호의 규정에 의한 제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업의 폐업일은 ｢부가가치세법｣ 제5조 제4항 의 규정에 의하여 신고한 폐업일로 한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인세과-129, 2011.02.17. 화의인가 결정을 받아 채무를 출자로 전환받아 채권자로부터 채무를 면제받은 법인이 출자전환채무면제익 전액을 결손금의 보전에 충당하기 전에 법인세법 제44조 제3항에 따라 피합병법인으로 합병하고, 질의 법인인 합병법인이 익금에 산입하지 아니한 출자전환채무면제익을 포함하여 피합병법인의 세무조정사항을 승계하고, 출자전환채무면제익 전액이 결손금의 보전에 충당될 때까지 합병전 피합병법인의 사업을 계속하여 영위하는 경우 사업의 폐지 또는 해산으로 보 지 않는 것임 ○ 법인46012-3354, 1998.11.04. 조세감면규제법 제40조의 7의 규정에 의하여 무상으로 받은 자산가액을 익금에 산입하지 않은 법인이 다른 업종을 영위하는 법인을 흡수합병한 후 합병전에 영위하던 사업을 폐지한 경우에는 같은 법 같은 조 제3항에서 규정한 사업의 폐지로 보는 것임 ○ 재재산46070-210, 1998.08.05. 조세감면규제법 제40조의6 제1항 및 제40조의7 제1항의 규정에 의하여 법인의 개인주주가 자산을 양도하고 그 양도대금을 당해 법인에게 증여하여 양도소득세를 감면받거나, 법인이 주주등으로 부터 자산을 무상으로 받아 법인세과세특례를 적용받은 후 당해 법인이 증여(무상)받은 날부터 3년 이내에 합병으로 인하여 해산하는 경우에는 동법 제40조의6 제2항 제1호, 동법 제40조의7 제3항 제1항의 규정에 의한 감면세액의 추징사유에 해당되지 않음