비영리법인의 통합에 따른 법인세 신고방법

관련법령의 변경에 따라 3개의 비영리법인이 새로이 하나의 비영리법인으로 통합되는 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것이며, 해산하는 비영리법인의 세무조정사항은 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임

[회신] 관련법령의 변경에 따라 수익사업을 영위하고 있는 3개의 비영리법인이 새로이 하나의 비영리법인으로 통합되는 경우 법인세 신고방법에 대하여는 아래 회신사례를 참고하시기 바랍 ◈ 법인세과-548, 2009.05.11. 법인이 ｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, 비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미 도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 및 질의요지 - 관련법령의 변경에 따라 수익사업을 영위하는 3개의 비영리 공공기관이 해산하고, 새로이 설립되는 공공기관이 자산․부채 및 권리와 의무를 승계함 - 이 경우 해산하는 공공기관의 법인세 신고의무 유무, 의제사업연도 산정방법과 새로이 설립되는 공공기관이 해산하는 공공기관의 이월결손금과 유보를 모두 승계할 수 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제2조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득 3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 ② ～ ③ 생략 ○ 법인세법 제78조 【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다. 1. 「상법」의 규정에 의하여 조직변경하는 경우 2. 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직변경하는 경우 3. 그 밖의 법률에 의하여 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우 ○ 법인세법 시행령 제120조 의 11【법인의 조직변경 범위】 법 제78조 제3호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 「변호사법」에 의하여 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우와 「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우를 말한다. ○ 법인세법 기본통칙 3-0…1【비영리내국법인의 납세의무】 비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. ○ 3-0…2【해산한 비영리내국법인의 납세의무】 비영리내국법인이 해산한 경우에도 그 청산기간 중 수익사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다. ○ 법인세법 제6조 【사업연도】 ① 사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다. ② 법령 또는 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항의 규정에 의한 법인설립신고 또는 제111조의 규정에 의한 사업자등록과 함께 납세지 관할세무서장(제12조의 규정에 의한 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 이를 신고하여야 한다. ③ 제94조의 규정에 의한 국내사업장(이하 “국내사업장”이라 한다)이 있는 외국법인으로서 법령 또는 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제2항의 규정에 의한 국내사업장설치신고 또는 제111조의 규정에 의한 사업자등록과 함께 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다. ④ 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조 제3호 또는 제7호의 규정에 따른 소득이 있는 법인은 따로 사업연도를 정하여 그 소득이 최초로 발생하게 된 날부터 1월 이내에 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다. ⑤ 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다. ⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 기본통칙6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】 ｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다. 나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등) ○ 법인세과-548(2009.05.11) 법인이 ｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, 비영리내국법인이 관련 법률의 개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미 도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임 ○ 법인세과-637(2009.05.28) ｢인터넷주소자원에 관한 법률｣에 의해 설립된 “한국인터넷진흥원”과 ｢정보통신망이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률｣에 의해 설립된 “한국정보보호진흥원” 및 ｢정보화촉진 기본법｣에 의해 설립된 “정보통신국제협력진흥원”이 ｢정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률｣의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․ 의무가 포괄 승계되어 “한국인터넷진흥원”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임 ○ 법인세과-491(2006.04.24) 법인이 ｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, ｢친환경상품 구매촉진에 관한 법률｣에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하는 “친환경상품진흥원”과 ｢환경기술개발 및 지원에 관한 법률｣에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하지 않는 “한국환경기술진흥원”이 ｢환경기술개발 및 지원에 관한 법률｣의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 포괄 승계되어 “한국환경산업기술원”으로 조직변경되는 경우 “한국환경기술진흥원”의 고유번호증을 반납하고 “친환경상품진흥원”의 사업자등록증은 기존의 신고사항 중 법인명․대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임 ○ 서면2팀-1005(2008.05.22) (사실관계) 2008.7.1일자로 시행될 「산업재해보상보험법」 일부 개정법률에 의해 (재)산재의료관리원(이하 관리원)이 해산하고, 새로 설립되는 한국산재의료원(이하 의료원)에게 모든 재산과 권리 및 의무를 포괄적 승계함. (질의요지) ① 「산업재해보상보험법」에 의할 경우 관리원이 법률의 개정에 의해 해산하고 의료원이 설립되는 것을 조직변경으로 보아 당해 법인의 사업연도가 조직변경전 사업연도가 계속되는지, 아니면 관리원과 의료원이 별개의 법인에 해당하여 관리원의 최종 사업연도와 의료원의 최초사업연도로 분리해야 하는지 여부 ② 의료원이 관리원의 재산, 권리 및 의무 등을 포괄승계 하도록 규정하고 있는 바, 법인격의 동질성을 유지하면서 단순한 명칭변경등기를 하는 것으로 보아 법인변경등기와 사업자등록정정신고를 하는지, 아니면 「산업재해보상보험법」 제33조 제3항 및 부칙 제14조 제2항에 따라 법인설립등기를 하고 신규사업자등록을 해야 하는지 여부 (회 신) 상법ㆍ기타법령 등의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임. (같은뜻 서면2팀-2141, '07.11.23, 서면2팀-1150, '06.6.19, 법인46012-559, '00.02.28 외 다수)