의료발전준비금환입액이 수익사업에서 발생한 소득금액에 포함되는지

비영리내국법인이 다른 내국법인 또는 거주자에게 부동산을 무상 임대한 것은 고유목적사업에 직접 사용한 것에 해당되지 아니함

[회신] 「법인세법 시행령」제2조제2항에 규정하는 "고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산"이라 함은 처분일 현재 3년 이상 중단없이 계속하여 당해 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산을 말하는 것으로, 비영리내국법인이 다른 내국법인 또는 거주자에게 부동산을 무상 임대한 것은 상기 규정에 해당하지 아니하는 것이나 귀 질의가 이에 해당되는지 여부는 제반사항을 감안하여 사실판단할 사항임 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 및 질의요지 ○ 비영리내국법인인 교회가 대표목사로부터 부동산을 증여받아 노숙자 쉼터와 어린이 보육시설 및 질의법인의 예배당과 교육관이 입주하고 있음 - 이 경우 해당 부동산을 처분할 경우 수익사업 해당여부 ＊ 노숙인 쉼터 및 어린이보육시설은 각각 별도의 법인 및 거주자로 등록되었음 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등 □ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) □ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 법인-598(2009.05.21) 비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 「법인세법 시행령」 제2조 제2항 의 규정에 따라 법인세가 과세되지 않는 것임. ○ 법인-838(2009.07.22) 【질의】 (사실관계) - 선교목적에 사용하기 위해 교회명의로 건물을 분양받음. 10년 이상 고유목적(종교활동)에 사용한 후 2005년에 법인으로 보는 단체로 승인받음. - 승인이후에도 3년이상 고유목적사업에 사용한 뒤 2009년 4월 신축이전 목적으로 제3자에게 매도함. - 지하 1층, 지상3층, 지상 4층은 취득(1995년)시점부터 양도(2009년)시점까지 계속 종교용으로 사용하였으며 - 지상1층 및 지상2층은 1995년부터 2007년까지 종교활동 목적으로 사용하였고, 2007년부터 2009년 양도시점까지 본 교회 신도 자녀들의 선교목적으로 1층은 어린이집, 2층은 어학원으로 운영함 - 어린이집과 어학원은 목사 개인명의로 사업자등록을 함. (질의요지) 1) 어린이집과 어학원 운영을 고유목적사업으로 보아 교회건물 양도에 대한 법인세 과세제외 여부 2) 교회가 목사에게 어린이집과 어학원에 무상임대한 것을 수익사업으로 본다면, 건물 전체의 양도차익 중 2개층(어린이집 및 어학원 운영 층)에 대한 양도차익에 대해서 법인세 신고납부 여부 【회신】 비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상이 되지 않는 것이나, 타인에게 무상으로 임대한 경우에는 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되지 않는 것임. 아울러, 비영리내국법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하는 것임. ○ 법인46012-3144(1996.11.12.) 1. 귀 질의 1, 2의 경우 법인세법시행령 제2조 제2항 에 규정하는 "고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산"이라 함은 처분일 이전 3년이상 중단없이 당해 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산을 말하는 것이므로 귀 질의사례와 같이 양도시기가 1996. 9.인 부동산을 1994. 7.까지 수익사업(임대)에 사용한 경우에는 이에 해당되지 아니하는 것임(이하생략)