비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용 방법

자산의 양도소득에 대한 과세특례는 예정신고기간이 경과된 자산이 있는 경우 ｢법인세법｣ 제60조제1항의 규정에 의하여 신고를 하여야 함

[회신] 귀 질의의 경우 유사사례에 대한 기존의 회신사례(서면2팀-1805, 2005.11.09)를 참고하시기 바랍니다. ◈ 서면2팀-1805(2005.11.09) 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것으로 예정신고기간이 경과된 자산이 있는 경우 ｢법인세법｣ 제60조제1항의 규정에 의하여 신고를 하여야 하며 ｢소득세법｣ 제105조 규정에 의하여 신고․납부한 세액은 기 납부세액으로 공제하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - 당 법인은 '07.12월 설립된 비영리공익법인임 - '08.1월 서울시내 아파트를 출연받고 '08.1월 동 아파트를 양도였으며, 양도대금을 금융기관에 예치한 후 그 이자로 장학금 지급 - 아파트 양도 후 법법§62의2⑦ 및 소법§105에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 이행하지 못함 나. 질의요지 - 양도소득과세표준 예정신고를 이행하지 못한 경우, 법법§62조의2에 규정한 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용가능 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. ④ 「소득세법」 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. ⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령제99조의2【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 ① 법 제62조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호ㆍ제5호에 규정된 자산을 말한다. ② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. ③ 법 제62조의 2제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업외에 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다. 1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업 3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 ④ 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. ⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. ⑥ 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1805(2005.11.09) 비영리내국법인( 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리법인 제외)이 같은 조 제2항 제4호(주식 등)와 제5호(토지ㆍ건물)의 수입이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 신고ㆍ납부하는 방법과 소득세법 제92조 의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고ㆍ납부하는 방법 중 법인이 선택하여 적용 받을 수 있으며, 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것으로 예정신고기간이 경과된 자산이, 있는 경우 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 신고를 하여야 하며 소득세법 제105조 규정에 의하여 신고ㆍ납부한 세액은 기납부세액으로 공제하는 것임