학교법인에 출연하는 토지 및 건물의 세무처리 방법

납세의무가 있는 법인은 복식부기 방식으로 장부를 기장하고 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 세법에서 정하는 보존의무기간 동안 비치・보존하여야 하는 것임.

[회신] 납세의무가 있는 법인은 ｢국세기본법｣ 제85조의3 및 ｢법인세법｣ 제112조에 따라 복식부기 방식으로 장부를 기장하고 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 세법에서 정하는 보존의무기간 동안 비치․보존하여야 하는 것임. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 및 질의요지 ○ 질의법인은 ’11.7.27. 폭우로 지하창고가 침수되어 5년이 경과하지 않은 회계전표와 각종 증빙서류들이 식별이 불가능할 정도로 심하게 훼손되었고 복원도 불가능한 상태임 - 관할 구청에 재해신고를 하고, 지하실 침수현장 및 훼손된 각종 증빙서류에 대한 사진을 찍어둠 ○ 상기와 같이 수해 등 자연재해로 인하여 보관하던 증명서류가 훼손된 경우 어떻게 처리하여야 하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등 ○ 국세기본법 제85조의3 【장부 등의 비치와 보존】 ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다. ② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2제1항제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다. ○ 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다 . 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」제45조제3항, 「법인세법」제13조제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간 ○ 법인세법 제112조 【장부의 비치ㆍ기장】 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제3조제3항제1호 및 제7호의 수익사업을 하는 경우로 한정한다. ○ 법인세법 제116조 【지출증명서류의 수취 및 보관】 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다. ② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대 통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다) 2. 현금영수증 3. 「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 4. 제121조 및 「소득세법」제163조에 따른 계산서 ③ 제2항을 적용할 때 법인이 같은 항 제2호의 세금계산서를 발급받지 못한 경우 「조세특례제한법」제126조의4제1항에 따른 매입자발행세금 계산서를 발행하여 보관하면 제2항의 수취ㆍ보관 의무를 이행한 것으로 본다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 증명서류의 수취ㆍ보관 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제158조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】 ① 법 제116조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 1. 법인. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 제외한다. 가. 비영리법인(제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) 나. 국가 및 지방자치단체 다. 금융보험업을 영위하는 법인( 「소득세법 시행령」제208조의2제1항 제3호의 규정에 의한 금융ㆍ보험용역을 제공하는 경우에 한한다) 라. 국내사업장이 없는 외국법인 2. 「부가가치세법」 제2조 의 규정에 의한 사업자. 다만, 읍ㆍ면지역에 소재하는 「부가가치세법」 제25조 의 규정에 의한 간이과세자로서 「여신전문금융업법」에 의한 신용카드가맹점(이하 "신용카드가맹점" 이라 한다) 또는 「조세특례제한법」 제126조의3 에 따른 현금영수증 가맹점(이하 "현금영수증가맹점"이라 한다)이 아닌 사업자를 제외한다 . 3. 「소득세법」 제28조 의 규정에 의한 사업자 및 동법 제119조제3호 ㆍ제5호 또는 제10호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자. 다만, 동법 제120조의 규정에 의한 국내사업장이 없는 비거주자를 제외한다. ② 법 제116조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 3만원 이하인 경우 2. 농ㆍ어민(한국표준산업분류에 의한 농업 중 작물재배업ㆍ축산업ㆍ복합농업, 임업 또는 어업에 종사하는 자를 말하며, 법인을 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받은 경우 3. 「소득세법」제127조제1항제3호에 규정된 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받은 경우(원천징수한 것에 한한다) 4. 제164조제7항제1호의 규정에 의한 용역을 공급받는 경우 5. 기타 기획재정부령이 정하는 경우 ③ 법 제116조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「여신 전문금융업법」에 의한 직불카드, 외국에서 발행된 신용카드 및 「조세 특례제한법」 제126조의2제1항의 규정에 의한 선불카드(이하 이 조에서 "직불카드등"이라 한다)를 말한다. ④ 다음 각호의 1에 해당하는 증빙을 보관하고 있는 경우에는 법 제 116조제2항제1호에 규정된 신용카드매출전표를 수취하여 보관하고 있는 것으로 본다. 1. 「여신전문금융업법」에 의한 신용카드업자로부터 교부받은 신용카드 및 직불카드등의 월별이용대금명세서 2. 「여신전문금융업법」에 의한 신용카드업자로부터 전송받아 전사적 자원관리시스템에 보관하고 있는 신용카드 및 직불카드등의 거래 정보( 「국세기본법 시행령」 제65조의7 의 규정에 의한 요건을 충족 하는 경우에 한한다)