영농조합법인이 지방자치단체로부터 지급받은 보조금이 농업소득 외의 소득에 해당되는지 여부

영농조합법인의 일부 감면되는 농업소득외의 소득에 영농조합법인이 지방자치단체로부터 현대화된 산지유통시설 건립, 농산물관리제도 시설보완, 찰보리 건조 및 저장시설의 지원과 관련하여 지급받은 보조금은 해당되지 않음

[회신] 귀 질의의 경우, 영농조합법인이 지방자치단체로부터 현대화된 산지유통시설 건립, 농산물관리제도 시설보완, 찰보리 건조 및 저장시설의 지원과 관련하여 지급받은 보조금은「조세특례제한법」제66조제1항의 “농업소득 외의 소득”에 해당되지 아니하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 지방자치단체로부터 농산물 경쟁력 제고를 위해 영농조합법인이보조금을 지급받음 - 동 보조금은 저온저장고 및 집사선별 포장장 건립, 파렛트 구입의 용도로만 사용하여야 하며, 보조금 사용에 대하여 지자체로부터 관 리감독을 받고 있음 또 한, 안전농산물 생산과 유통에 기여하고자 추진하고 있는 농산물관리제도(GAP)시설보완사업으로 자방자치단체로부터 보조금을 지급받음 - 동 보조금은 마늘탈피시설 보완, 작업장 및 화장실 시설개선에만 사용하며 지자체로부터 관리감독을 받음 찰보리를 브랜드화하여 재배농가의 안정적인 생산으로 농가소득 증대를 목적으로 찰보리 건조 및 저장시설을 지우너하기 위해 지 자체로부터 보조금을 지급받음 ○ 질의내용 영농조합법인이 지방자치단체로부터 지급받는 보조금의 경우 조세특례제한법 제66조의 “농업소득 외의 소득”에 해당 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제66조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인 (이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2012년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조 에도 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대해서는 지방소득세 소득분을 부과하지 아니하며, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. ④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. ⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. ⑥ 제4항에 따라 면제받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다. ⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제1호가목에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다. ⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ①법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조 제1항 에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)} ②법 제66조제2항 전단의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득은 과세연도별로 1천200만원이하의 금액으로 한다. ③법 제66조제2항 후단의 규정에 의한 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액중 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다. {영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 ×(배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업소득외의 소득금액/배당소득확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액)} ④ ～ ⑩ ( 이하 생략 ) ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 【조합법인의 사업】 (구. 농업‧농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제22조 내용과 같음) ① 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다. 1. 농업의 경영 및 그 부대사업 2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영 3. 농산물의 공동 출하ㆍ가공 및 수출 4. 농작업의 대행 5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업 ○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】 ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업 (감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. ② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다. ③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다. ○ 조세특례제한법 기본통칙 143-0…1 【 구분경리 】 법 제143조 제1항에 규정하는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에 있어서 영 제136조 제1항의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법시행령 제156조 및 같은법시행규칙 제75조의 규정을 준용하는 것으로 구분경리 대상법인의 익금과 손금의 구분계산은 법 및 다른 법에 특별히 정한 것을 제외하고는 법인세법기본통칙 113-156…6에 의한다.(2002.04.15 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제136조 【구분경리】 ①법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조 의 규정을 준용한다. <개정 2005.2.19 부칙> ○ 법인세법 제113조 【구분경리】 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 영위하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 . <개정 2008.12.26 부칙> ○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】 ①법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙, 2009.2.4 부칙> ○ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】 ①영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다 . 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. ○ 법인세법 기본통칙 113-156…6 【 개별손익·공통손익 등의 계산 】 규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업 과 기타사업 을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다.(2001.11.01 개정) 1. 개별익금 가. 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다 . 나. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구 분하며, 예시하면 다음과 같다. (1) 부산물ㆍ작업폐물의 매출액 (2) 채무면제익 (3) 원가차익 (4) 채권추심익 (5) 지출된 손금 중 환입된 금액 (6) 준비금 및 충당금의 환입액 다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금 으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다. (1) 수입배당금 (2) 수입이자 (3) 유가증권처분익 (4) 수입임대료 (5) 가지급금인정이자 (6) 고정자산처분익 (7) 수증익 ( 이하 생략 ) ○ 조특법 제66조【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】 [1998.12.28] ① 농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인 (이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일이전에 종료하는 과세년도까지 지방세법 제198조제1항 의 규정에 의한 소득(이하 "농지소득"이라 한다)의 전액과 농지소득외의 소득중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. ○ 조특법 제66조【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】 [2001.08.14] ① 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인 (이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일이전에 종료하는 과세년도까지 지방세법 제198조제1항 의 규정에 의한 소득(이하 "농지소득"이라 한다)의 전액과 농지소득외의 소득중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. <개정 2001.12.29> ○ 조특법 제66조【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】 [2008.12.26] ① 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」에 따른 영농조합법인 (이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 끝나는 과세년도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. ○ 조특법 제68조【농업회사법인에 대한 법인세의 면제등】[2004.12.31] ①농업·농촌기본법에 의한 농업회사법인 (이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일이전에 종료하는 과세년도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득외의 소득 에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면한다 ( 농업소득 외의 소득 정의에 대한 별도 근거규정이 없음 - 2007.2.28 대통령령에 위임 ) ○ 조특법 시행령 제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】[2005.02.19] 법 제68조제1항 또는 제3항의 규정에 의하여 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. ○ 조특법 시행령제65조【농업회사법인에 대한 세액 감면 등】[2007.02.28] ①법 제68조제1항에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 「농업·농촌기본법 시행령」 제21조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 부대사업에서 발생한 소득을 말한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인46012-630, 1994.03.05 위탁영농회사가 국가·지방자치단체로부터 농기계 구입용도로 국고보조금을 지급받은 경우 이는 조세감면규제법 제53조 제1항의 규정에 의한 감면소득에 해당되지 않는 것임. ○ 법인46012-469, 1998.02.24 【질의】 질의 1) 조세감면규제법 제53조 제1항의 법인세액감면규정이 1995. 12. 29 아래와 같이 개정되었음. | 개 정 전 | 개 정 후 | | o 농업회사에 대한 법인세 감면 - 농업경영 및 농작업의 대행사업에서 발생한 소득 - 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 후 5년간 법인세 50％ 감면 | o 농업회사에 대한 법인세 감면 - 농지소득 → 100％ 법인세 감면 - 농지외 소득 : 최초로 소득이 발생 한 과세연도와 그 후 5년간 법인세 50％ 감면 | 이 경우 농어촌발전특별조치법에 의해 설립된 농업회사법인(위탁영농회사)이 국가 또는 지방자치단체로부터 농기구 구입자금등으로 국고보조금을 수령할 경우 동 국고보조금이 개정후의 농지의 소득에 포함되어 감면받을 수 있는지 여부 ※ 종전예규(법인 46012-630, 1994.3.5)에는 감면대상 소득이 아니었음. 질의 2) 종전예규에 따라 농업회사법인이 수령하는 국고보조금을 감면대상 소득에서 제외할 경우 동법 제52조 규정(영농조합법인에 대한 법인세 감면)을 적용시에도 국고보조금을 감면대상소득에서 제외하는지의 여부 【회신】 1. 질의 1의 경우 농업회사법인이 국가 또는 지방자치단체로부터 농기구 구입자금으로 국고보조금을 수령한 경우 농지소득외의 소득에 해당되어 조세감면규제법 제6조 제1항의 규정을 준용하여 세액감면을 적용받을 수 있는 것이며, 2. 질의 2의 경우 국고보조금은 영농조합법인의 농지소득외의 소득에 해당되어 같은법 제52조 제1항 및 같은법시행령 제51조 제1항의 규정에 의거 조합원당 1,200만원 이하의 금액은 법인세가 면제되는 것임 . ○ 법규과-232 (2007.01.15) 「농업ㆍ농촌기본법」에 의하여 설립된 농업회사법인이 「쌀소득 등의 보전에 관한 법률」 제4조의 규정에 의하여 지급받는 직접지불금은 「조세특례제한법」 제68조 의 규정에 의하여 법인세가 면제되는 농업소득에 해당하는 것 이나, 당해 법인이 받는 MMF 이자수입 및 은행예금 이자수입은 「조세특례제한법」 제68조 의 규정에 의하여 법인세가 면제 또는 감면되는 소득에 해당하지 않는 것입니다. ○ 재정경제부 조세지출예산과-642, 2006.09.20 여객자동차운수사업법에 따른 일반택시 운송사업자가 「조세특례제한법」 제106조 의 4의 규정을 적용받아 발생하는 부가가치세 납부세액 경감액과 「여객자동차운수사업법」에 따라 지급받는 유가보조금은 동법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어서 감면대상소득에 해당하는 것임 ○ 법인세과-1257, 2009.11.09 중소기업중 제조업을 영위하는 법인이 한국장애인고용촉진공단으로부터 받는 국고보조금과 이와 유사한 성격으로 장애인을 고용함으로써 받는 관리비용, 노동청의 종합고용지원센터에서 받는 휴업수당지원금은 조세특례제한법 제7조 의 중소기업 특별세액 감면대상 소득에 해당하지 아니하는 것입니다. ○ 재조세-404, 2004.06.14 조세특례제한법 제7조 의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 유자를 원재료로 하여 제조한 유자차를 수출하는 법인이 농수산물유통공사로부터 지급받는 농수산물 판매촉진비는 감면대상이 되는 제조업소득에서 제외하는 것임