요건을 위반한 해운기업에 대한 톤세적용방법

‘07년도 톤세 정상 적용후 ’08년도에 반선으로 인한 요건미비로 ’07년까지 소급하여 톤세적용이 취소된 경우 ‘07년은 그대로 톤세를 적용하고 ’08년부터 잔여기간과 그 다음 5사업연도기간은 톤세적용을 받을 수 없음

[회신] 2007사업연도에 2년 이상의 기간으로 외국선박을 용선하고 「조세특례제한법」제104조의10의 해운기업에 대한 법인세과세표준 계산특례를 적용받아온 해운기업이 용선한 외국선박을 2008사업연도에 반선한 경우로서, 반선한 선박을 최초 용선기간으로부터 소급하여 2년 미만의 기간으로 용선한 외국선박에 포함하여 「조세특례제한법 시행령」 제104조의7제1항 규정의 요건 충족 여부를 재심사함에 따라 국토해양부장관으로부터 2007사업연도부터 소급하여 상기 요건이 충족되지 아니하는 것으로 확인받은 경우, 같은 법 제104조의10제6항에 따라 2008사업연도부터 과세표준 계산특례 적용기간의 잔여기간과 그 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 A해운회사는 2007년에 최초로 국제외항선박 1척을 취득하여 선주협회에 가입후 해운법 제23조 에 의한 외항부정기화물운송사업 면허를 해양수산부로부터 취득하였고 이어 국제선박등록법 제4조 에 의한 국제선박등록을 함에 따라 조세특례제한법 제104조의10 [해운기업에 대한 법인세 과세표준의 특례](이하 “톤세제)와 동법시행령 제104조의7에 의거 톤세제 적용요건 확인서를 최초로 발급받아 2007년도 법인세과세표준 신고시 톤세제를 적용하여 법인세를 신고납부함 2007년도 톤세제 신고당시 조특법 시행령 제104조의7 제1항에 의한 적용요건(2년미만의 기간으로 용선한 외국선박의 연간운항순톤수의 합계가 기준선박의 연간운항순톤수 합계의 5배를 초과하지 않는 기업)산정시 A해운회삭 용선한 2년이상의 기간으로 용선한 외국선박 B에 대해서는 적용요건 5배초과 여부 산정시 동 시행령 규정에 의거 분자에 산입하지 않고 계산한 결과 적용요건이 5배를 초과하지 아니하므로, 한국선주협회의 사전확인을 거쳐 해양수산부장관에 의해 톤세제 적용요건확인서를 발급받았으나, 당초 2009년 중에 2년이상의 기간으로 용선기간 만료될 예정이었던 동 B용선선박이 선주측의 과실로 2008년도 중에 반선되어 결과적으로는 2007년도 최초 용선시작시점으로부터 2년미만 용선한 외국선박이 도는 결과가 되었음 만약 2007년도 톤세제 적용요건 신청시에 동 외국용선 B선박을 2년미만 용선한 외국선박(즉, 분자에 산입)으로 보고 톤세제 적용요건을 산정하였더라면 A해운회사는 적용요건이 5배를 초과하여 2007년도에 해양수산부에 의한 톤세제 적용요건확인서가 발급되지 않았을 것으로 사료됨. 한편, 한국선주협회의 톤세제 설명교재에 의하면 <2년이상의 기간으로 용선한 외국선박을 2년미만내에 반선한 최초 용선기간부터 소급하여 2년이하로 용선한 외국선박에 포함하여(분자에 산입) 조세특례제한법상의 적격기업요건을 재심사한다고 되어 있으며, 또한 2008년도 톤세제 적용요건 확인과 관련해서는 한국선주협회의 사전확인을 거쳐 국토해양부로부터 A해운회사로 송부된 2008년도 톤세제 요건명세 확인서에 의하면 (반선된 B선박으로 인해) A해운회사는 연속하여 2년간(2007년, 2008년) 적용요건에 해당되지 않는다는 내용이 명시된 확인서를 받았음. ○ 질의요지 (1) A해운회사의 2007년도 및 2008년도 법인세과세표준 신고시 톤세제 적용가능 여부 갑) 2007년분에 대해서는 톤세제 배제하고 소급하여 수정신고하며, 2008년 역시 톤세제가 배제된다 을) 2007년도 톤세제 신고는 유효하며, 2008년도 법인세 신고시부터 톤 세제를 배제한다 (2) 위 (1)에서 갑설일 경우 수정신고시 가산세 적용여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제104조의 10 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】 ② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 “과세표준계산특례”라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 “과세표준계산특례적용기간”이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. (2004. 12. 31. 신설) ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제 104조의 7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례】 ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 법인은 과세표준계산특례를 적용받을 수 있는 연속한 5사업연도의 기간(이하 이 조에서 "특례적용대상기간"이라 한다)중 최초사업연도의 과세표준신고기한까지 제104조의7제1항에 규정된 요건충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다 . <개정 2008.2.29 부칙> ⑦ 제6항을 적용하는 경우 최초의 특례적용대상기간은 「해운법」 제4조 또는 제24조에 따라 외항운송사업의 면허·등록(이하 이 항에서 "사업면허·등록"이라 한다)을 한 날이 속하는 사업연도(2004년 12월 31일 이전에 사업면허·등록을 한 법인의 경우에는 2005년 1월 1일이 속하는 사업연도)부터 연속한 5사업연도의 기간으로 하고, 특례적용대상기간과 그 다음 특례적용대상기간은 연속한 기간으로 한다. <개정 2007.2.28 부칙, 2007.11.30 부칙> ⑧ 법 제104조의10제7항의 규정에서 "과세표준 계산특례를 적용받는 내국법인"이라 함은 제6항의 규정에 따라 과세표준 계산특례의 적용을 신청하여 이를 적용받고 있는 내국법인을 말한다. <신설 2006.2.9 부칙> ⑨ 특례적용기업은 과세표준계산특례를 적용받는 기간에 속하는 사업연도(제6항의 규정에 따라서 제출된 국토해양부장관의 확인서에 의하여 요건충족을 확인할 수 있는 사업연도를 제외한다)의 과세표준신고시 제104조의7제1항에 규정된 요건충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부한 해운기업의 법인세 과세표준계산특례요건명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2006.2.9 부칙, 2008.2.29 부칙> ⑩ 과세표준계산특례의 적용기간이 종료되거나 제104조의7제1항의 규정에 의한 요건에 위반되어 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 「법인세법」을 적용받게 되는 경우에는 과세표준계산특례의 적용기간에도 계속하여 「법인세법」을 적용한 것으로 보아 각 사업연도의 소득을 계산한다. <개정 2006.2.9 부칙> ⑪ 특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하며, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 안분계산한다. <개정 2006.2.9 부칙, 2008.2.29 부칙> ○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 〈☞ (주) 1〉 ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. (1984. 8. 7. 신설) 〈☞ (주) 2〉 ③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다 .