연구 및 인력개발비와 창업벤처기업에 대한 세액감면 여부

연구인력개발비가 최초 발생시 4년간 평균액에 따른 세액공제는 적용받을 수 없으며, 2005.10월 창업한 중소기업은 창업후 2년이내에 벤처기업으로 확인받은 경우에 한하여 세액감면 가능함.

[회신] 중소기업의 연구 및 인력개발비가 최초로 발생하여 동 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제10조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용받을 수 없는 것입니다. 2005년 10월 창업한 중소기업이 ｢조세특례제한법｣ 제6조 제2항의 감면을 적용받고자하는 경우 창업후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우에 한하여 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 당사는 수도권에 소재한 비상장 중소기업으로 제조업을 영위함 - 2005년 10월에 법인설립하여 현재까지 제품을 생산중이며 2007년 12월에 벤처기업승인을 받았음. 또한 2008년 8월에 기업부설연구소 등록을 완료하여 연구인건비와 연구재료비가 최초로 발생함 ○ 질의내용 - 연구 및 인력개발비 세액공제관련 갑) 2008년 연구개발비 지출분으로 세액공제한다 을) 과거4년간 지출이 “0”이므로 증가분기준으로 공제한다 서이 46012-10583, 2001.11.20 및 대법원 판례(대법2000두 3115, 2002.1.22)가 상이하여 질의합니다. - 창업벤처기업에 대한 세액감면 당사의 경우 개정세법에 준하여 창업벤처기업 세액감면을 적용받을 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 (2006. 12. 30. 개정) 2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. (2007. 12. 31. 개정) 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 (2007. 12. 31. 신설) 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 ② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. (2007. 2. 28. 개정) 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12 ⑥ 제4항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다. (2007. 2. 28. 개정) ⑦ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구 및 인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2007. 2. 28. 항번개정) ○ 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제 <개정 2000.12.29, 2002.12.11>】(재조예46019-108 (2002.06.21) 서이46012-11780, 2003.10.15 관련) ① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일이전에 종료하는 과세년도까지 각 과세년도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. <개정 2000.12.29 부칙> 1. 당해 과세년도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세년도의 개시일부터 소급하여 4연간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 2. 당해 과세년도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 ② 제1항제1호의 규정에 의한 4연간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다. <개정 2000.12.29 부칙> ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. ○ 조세감면규제법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 [1996.10.02-5163호]일부개정 ① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세년도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 "기술·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에 당해 과세년도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세년도의 개시일부터 소급하여 2연간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. ② 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세년도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업이 지출한 기술·인력개발비의 경우에는 100분의 15로 하고, 중소기업외의 자가 중소기업에 지출한 기술·인력개발비의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다.<개정 1995·12·29> ○ 조세감면규제법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제<개정 2000.12.29, 2002.12.30>】① 삭제 <2002.12.30 부칙> ② 법 제10조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다. <개정 2000.12.29 부칙> ③ 법 제10조제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. <개정 2000.12.29 부칙> ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝ ○ 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업등에 대한 세액감면】 [2007.08.03-8572호]일부개정 ① 2009년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세년도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 1999.8.31 부칙, 2000.1.21 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.10.5 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.26 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.4.11 부칙> ② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항의 규정에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다)중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세년도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세년도부터 감면을 적용하지 아니한다. <신설 1999.8.31 부칙, 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2006.12.30 부칙> 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 재조예46019-108 (2002.06.21) [ 제 목 ] 비중소기업에서 최초로 발생한 연구인력개발비에 대해 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부 [ 요 지 ] 중소기업이 아닌 내국기업의 연구·인력개발비가 창업연도（2000년)에는 발생하지 않고 당해 과세연도（2001년)에 최초 발생하는 경우, 2001년도분은 연구·인력개발비 세액공제 대상이 아님 [ 회 신 ] 중소기업이 아닌 내국기업의 연구·인력개발비가 창업연도인 2000년 귀속 사업연도에는 발생하지 않고 당해 과세연도인 2001년 귀속 사업연도에 최초로 발생한 경우에는 2001년 귀속 사업연도분 연구·인력개발비에 대하여는 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 에 의한 세액공제를 받을 수 없는 것임.-(4년평균 적용않음) ○ 서이46012-11780, 2003.10.15 귀 질의의 경우 기술개발촉진법시행규칙 제8조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 연구개발전담부서를 신고․설치한 비중소기업이 당해 사업연도에만 조세특례제한법시행령 제9조 제2항 (별표6)의 연구 및 인력 개발을 위한 비용을 지출한 경우에는 같은법 제10조 제1항 제1호에 규정된 연구 및 인력개발비세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다.( 2003년 귀속에 대한 내용임-최초발생시 4년평균 적용않음) ○ 법인46012-1630, 1999.04.30 조세감면규제법 제9조의 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 당해 과세연도의 개시일로부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 지출액이 전혀 없는 경우에는 동조 제1항 제1호에 의한 세액공제를 적용받을 수 없는 것이나, 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 기술 및 인력개발비를 지출한 기간이 2년에 미달하는 경우에는 당해 지출액을 환산하여 적용할 수 있는 것임. ○ 서면2팀-615, 2008. 4. 4 조세특례제한법 제10조 의 규정에 의거 4년간 발생한 연구인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구인력개발비가 없을 경우에는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없는 것임 ○ 대법원2000두3115 (2002.01.22) [ 요 지 ] 기술.인력개발비에 대한 세액공제에 있어, 당해연도 총지출액에 의한 방법을 선택하였다 하더라도 납세자에게 유리한 경우에는 직전 2년간 증가지출금액 공제방법에 의하여야 함 구 조세감면규제법 제9조 소정의 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어서 납세의무자가 같은 조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 같은 조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우, 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 하는지 여부(적극) 【판결요지】 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항의 세액공제신청은 그 규정방식에 비추어 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 기술·인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것인 점, 한편, 같은법시행규칙(1997. 4. 14. 총리령 제628호로 개정되기 전의 것) 별지 8호 서식에 의하면 당해 연도 총지출액에 의한 공제세액과 증가지출금액에 의한 공제세액 모두를 기재한 다음 당해 연도에 공제받을 세액을 기재하도록 되어 있어서 과세관청으로서는 구 조세감면규제법 제9조 제1항과 제2항의 각 공제방법에 의한 공제세액 모두를 바로 알 수 있는 점, 같은 법 제9조의 입법취지가 기술 및 인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있는 점 등을 종합하면, 과세관청은 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어 납세의무자가 같은 법 제9조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 같은 조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우에는 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 한다. 【참조조문】 • 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것) 제9조(현행 조세특례제한법 제10조 참조) , 구 조세감면규제법시행규칙(1997. 4. 14. 총리령 제628호로 개정되기 전의 것) 별지 8호 • 【원심판결】 • 부산고법 2000. 3. 24. 선고 99누3553 판결 • 【주문】 • 원심판결을 파기하고, 이 사건을 부산고등법원에 환송한다. • 【이유】 • 1. 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조감법'이라 한다) 제9조 제1항은 제조업, 광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 '기술·인력개발비'라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일로부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고, 제2항은 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 적용하지 아니한다고 규정하며, 제4항은 제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다고 규정하고 있다. • 원심판결 이유에 의하면, 원심은 기술·인력개발비 세액공제제도에 관한 법률규정의 개정연혁과 규정형식에 비추어 볼 때, 두 가지 세액공제방법의 상호 적용관계는 납세의무자의 신청에 따른 선택적 적용관계로서 과세관청으로서는 원고가 선택하지 않은 구 조감법 제9조 제1항에 의한 공제방법을 선택할 수 없다고 판단하였다. • 그러나 구 조감법 제9조 제4항의 세액공제신청은 그 규정방식에 비추어 납세의무자로 하여금 공제신청에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 기술·인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제되고 공제신청이 있어야만 공제되는 것은 아니라 할 것인 점, 한편, 구 조감법시행규칙(1997. 4. 14. 총리령 제628호로 개정되기 전의 것) 별지 8호 서식에 의하면, 당해 연도 총지출액에 의한 공제세액과 증가지출금액에 의한 공제세액 모두를 기재한 다음 당해 연도에 공제받을 세액을 기재하도록 되어 있어서 과세관청으로서는 위 제1항과 제2항의 각 공제방법에 의한 공제세액 모두를 바로 알 수 있는 점, 구 조감법 제9조의 입법 취지가 기술 및 인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있는 점 등을 종합하면, 과세관청은 기술·인력개발비에 대한 세액공제를 함에 있어, 납세의무자가 구 조감법 제9조 제2항에 의한 공제방법을 선택하였다고 하더라도 구 조감법 제9조 제1항의 공제방법이 납세의무자에게 유리할 경우에는 같은 조 제1항의 공제방법에 의하여야 할 것이다. • 원심이 이와 다른 전제에서, 원고가 선택하지 않은 다른 공제방법에 의하여 피고가 세액공제액을 결정할 수는 없다고 판단한 데에는 구 조감법 제9조 소정의 기술·인력개발비의 세액공제에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이다(한편, 구 조감법상의 기술·인력개발비의 세액공제제도의 입법 취지와 구 조감법 제9조 제1항, 제2항의 규정형식 등에 비추어 보면, 기술·인력개발비가 당해 과세연도의 직전 2년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 구 조감법 제9조 제1항의 공제방법에 의한 세액공제를 허용하여야 할 것이다). • 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다. • 2. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. ○ 서면2팀-2142, 2005.12.22 「조세특례제한법」 제6조 제2항 규정의 감면요건인 ' 창업 후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받는 기업' 의 해당여부 적용에 있어 ' 법인의 창업일' 은 ' 법인설립 등기일' 을 말하는 것이며, ' 벤처기업으로 확인받은 날' 은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 중소기업청장 또는 지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받은 날(동규정에 의하여 발급받은 ' 벤처기업확인서' 의 유효기간의 초일)을 기준으로 판단하는 것입니다.