수도권 밖 본사이전 법인이 수도권 안에 지점설치 및 본사 재 이전할 경우 세액감면 여부

법인이 본사는 수도권 밖에 두고 본사업무를 일부 수행하는 지점을 수도권 안에 설치한 경우, 같은 법 제63조의2 제7항 제5호 및 제6호에 해당하는 때에는 감면 배제

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제63조의2에 의한 세액감면을 받고 있는 법인이 본사는 수도권 밖에 두고 본사업무를 일부 수행하는 지점을 수도권 안에 설치한 경우, 같은 법 제63조의2 제7항 제5호 및 제6호에 해당하는 때에는 감면된 세액을 납부하는 것입니다. 같은 법 제63조의2에 의한 세액감면을 받는 법인이 수도권 안에 본사를 설치한 때에는 같은 법 제63조의2 제7항 제3호의 규정에 의해 감면된 세액을 납부하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 당 법인은 2004연도에 수도권 밖의 지역으로 본사를 이전하여 조특법 제63조의2의 규정에 따른 법인세를 감면받고 있음 감면업종은 도매/가정용 전기․전자제품(한국표준산업분류번호 4652)에 해당되며 2007연도부터는 당 법인이 당해 제품의 제조시설을 갖추어 전체 매출액중 일정 부 분은 직접 제조하고 나머지는 종전과 마찬가지로 상품으로 구매하여 매출(수출)하고 있음. 따라서 2007연도부터는 감면업종에 종사하는 임․직원의 인원 및 급여 비율(같은법 제2항 제2호의 비율)에 계산된 감면비율을 곱하여 산출한 소득에 상 당하는 세액을 감면받고 있음(산출세액×감면소득/전체소득×감면비율) 2009연도부터는 타사로부터 상품을 구매하는 것은 전혀 없고 전량 당 법인에서 제조하여 매출할 계획임. ○ 질의요지 질의1) 본사는 수도권 밖에 그대로 둔 채로 수도권 안에 본사업무를 일부 수행하는 지점 등을 2009연도에 설치하여 임직원이 상근하는 경우 조특법 제63조의2 제7항 제5호 및 제6호의 규정이 적용되는지 여부 질의2) 2009연도에 본사를 수도권 안으로 이전하는 경우 같은법 제7항 제6호의 규정이 적용되는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙 등) ○ 조세특례제한법 제63조 의 2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】 ① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 (2003. 12. 30. 개정) 2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권 밖에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) (2007. 12. 31. 개정) ② 수도권외 지역이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2007. 12. 31. 개정) 1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 (1999. 12. 28. 신설) 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 (2004. 12. 31. 개정) 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 (2005. 12. 31. 개정) 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 (2002. 12. 11. 개정) 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) (2002. 12. 11. 개정) 3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. (1999. 12. 28. 신설) ③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다)에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권 안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전 후 수도권 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. (2005. 12. 31. 개정) ④ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 법인세감면기간중 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 과세연도부터 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 없다. (2004. 12. 31. 개정) 1. 제2항 제2호 다목의 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 (2004. 12. 31. 개정) 2. 대통령령이 정하는 임원(이하 이 조에서 “임원”이라 한다)중 이전본사근무 임원수가 수도권 안의 본사근무 임원과 이전본사근무 임원의 합계인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 (2004. 12. 31. 개정) ⑤ 수도권외 지역이전법인이 수도권 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조 제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조 제3항ㆍ제5항ㆍ제6항의 규정을 준용한다. (2002. 12. 11. 개정) ⑥ 수도권외 지역이전법인(공장을 이전한 경우에 한한다)이 소유(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우를 포함한다)한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지로서 공장 이전일 현재 「지방세법」 제182조 제1항 제3호 가목이 적용되는 토지는 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 「지방세법」 제182조 제1항 제3호 가목을 적용하는 토지로 본다. 다만, 공장을 이전하여 사업을 개시한 후 당해 사업을 폐지한 이후에는 그러하지 아니하다. (2007. 12. 31. 신설) ⑦ 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받은 수도권외 지역이전법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다. (2002. 12. 11. 개정) 1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 12. 28. 신설) 2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때 (2002. 12. 11. 개정) 3. 수도권 안에 본사 또는 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치한 때 (2003. 12. 30. 개정) 4. (삭제, 2001. 12. 29.) 5. 본사를 이전한 경우로서 수도권안에 대통령령이 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 때 (2002. 12. 11. 개정) 6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 때 (2004. 12. 31. 신설) ⑧ 제2항의 규정에 의하여 감면받은 법인세액을 제7항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. (2001. 12. 29. 개정) ⑨ 제6항에 따라 이전한 날부터 5년간 이전 전 공장용 건축물 부속토지에 대하여 「지방세법」 제182조 제1항 제3호 가목의 적용을 받은 수도권외 지역이전법인이 제7항 제1호부터 제3호까지의 규정의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 재산세액 및 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. (2007. 12. 31. 신설) ⑩ 제1항 내지 제5항 및 제7항의 규정을 적용함에 있어서의 기간계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2007. 12. 31. 항번개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제60조 의 2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】 (2008. 2. 22. 제목개정) ① 법 제63조의 2 제1항 각호외의 부분 단서에서 “대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. 다만, 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제2호의 “이전공공기관”은 예외로 한다. (2008. 2. 22. 단서신설) 1. 부동산임대업 (2001. 12. 31. 신설) 2. 부동산중개업 (2001. 12. 31. 신설) 3. 「소득세법 시행령」 제34조 의 규정에 의한 부동산매매업(2005. 2. 19. 개정) 4. (삭제, 2007. 2. 28.) 5. 건설업( 「소득세법 시행령」 제32조 의 규정에 의한 주택신축판매업을 포함한다) (2005. 2. 19. 개정) ② 법 제63조의 2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. (2006. 2. 9. 개정) 1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음ㆍ진동규제법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것 (2007. 11. 30. 개정 ; 수질 환경보전법 시행령 부칙) 2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것 (2003. 12. 30. 개정) ③ (삭제, 2002. 12. 30.) ④ 법 제63조의 2 제1항 제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의 2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다. (2006. 2. 9. 개정) 1. 수도권 외의 지역으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권 과밀억제권역 안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것 (2002. 12. 30. 개정) 2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2008년 12월 31일까지 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2008년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2011년 12월 31일까지 사업을 개시할 것 (2006. 2. 9. 개정) 3. 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것 (2002. 12. 30. 개정) 4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2008년 12월 31일까지 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2008년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2011년 12월 31일까지 사업을 개시할 것 (2006. 2. 9. 개정) ⑤ (삭제, 2003. 12. 30.) ⑥ (삭제, 2003. 12. 30.) ⑦ 법 제63조의 2 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 가목 및 라목의 규정에 의한 급여와 소득을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ⑧ 법 제63조의 2 제4항 제2호에서 “대통령령이 정하는 임원”이라 함은 「법인세법 시행령」 제43조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다. (2005. 2. 19. 신설) ⑨ 법 제63조의 2 제7항 제2호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때”라 함은 제4항 각호의 요건을 갖추지 아니한 때를 말한다. (2002. 12. 30. 개정) ⑩ (삭제, 2001. 12. 31.) ⑪ 법 제63조의 2 제7항 제5호에서 “대통령령이 정하는 기준 이상”이라 함은 수도권안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다 . (2003. 12. 30. 개정) ⑫ 법 제63조의 2 제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각호의 구분에 의하여 계산한다. (2003. 12. 30. 개정) 1. 법 제63조의 2 제7항 제1호에 해당하는 경우 : 사업폐지일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내에 감면된 세액 (2003. 12. 30. 개정) 2. 법 제63조의 2 제7항 제2호에 해당하는 경우 : 제4항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 (2003. 12. 30. 개정) 3. 법 제63조의 2 제7항 제3호에 해당하는 경우 : 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액. 이 경우 이전한 공장이 2 이상이고 동 공장에서 서로 다른 제품을 생산하는 경우에는 수도권안의 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 인하여 감면받은 분에 한한다. (2003. 12. 30. 개정) 4. 법 제63조의 2 제7항 제5호에 해당하는 경우 : 제11항에서 규정하는 기준 이상의 사무소를 둔 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 5. 법 제63조의 2 제7항 제6호에 해당하는 경우 : 동호에 규정된 비율에 미달하게 되는 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 (2005. 2. 19. 신설) ⑬ 법 제63조의 2 제2항의 규정에 의하여 법인세의 감면을 받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑭ 법 제63조의 2 제9항에 따라 추징하여야 하는 재산세액은 다음 각 호의 기간에 법 제63조의 2 제6항을 적용받아 납부한 재산세액과 「지방세법」 제182조 제1항 제1호 또는 제2호를 적용할 경우 납부할 재산세액의 차액을 말하고, 법 제63조의 2 제9항에 따라 추징하여야 하는 종합부동산세액은 다음 각 호의 기간에 「지방세법」 제182조 제1항 제1호 또는 제2호를 적용할 경우 납부할 종합부동산세액을 말한다. (2008. 2. 22. 신설) 1. 법 제63조의 2 제7항 제1호에 해당하는 경우: 사업폐지일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내 (2008. 2. 22. 신설) 2. 법 제63조의 2 제7항 제2호에 해당하는 경우: 제4항 각 호의 요건을 갖추지 못한 날부터 소급하여 5년 이내 (2008. 2. 22. 신설) 3. 법 제63조의 2 제7항 제3호에 해당하는 경우: 공장설치일부터 소급하여 5년 이내 (2008. 2. 22. 신설) ⑮ 법 제63조의 2 제9항에 따른 이자상당가산액은 제14항에 따른 재산세액의 차액과 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. (2008. 2. 22. 신설) 1. 법 제63조의 2 제6항을 적용받은 과세연도의 납부기한의 다음 날부터 법 제63조의 2 제9항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간 (2008. 2. 22. 신설) 2. 1일 1만분의 3 (2008. 2. 22. 신설) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-2019, 2005.12.09 귀 (질의2)의 경우 , 한국표준산업분류표상 세분류를 기준으로 본사의 이전등기일로부터 소급하여 3년간 영위하던 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 동일한 경우 동 규정의 세액감면을 적용받을 수 있는 것임(이전후 업종추가에 대한 답변) ○ 제도46012-12230, 2001.07.18 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정을 적용함에 있어서 전국 각 지역에 직매장을 두고 있는 법인이 법인 본사를 수도권생활지역 외의 지역으로 이전하고 기존의 본사업무를 이전 후 본사에서 그대로 수행하나, 수도권생활지역안에 판매활동을 하는 별도의 직매장을 설치하는 경우에도 동 규정에 의한 세액감면을 적용받을 수 있는 것이나, 당해 직매장이 사실상의 본점 또는 주사무소의 역할을 수행하는 경우에는 그러하지 아니하는 것으로 귀 질의의 경우가 어느 경우에 해당하는지는 사업의 규모·업태·종목 등을 감안하여 실질내용에 따라 판단하는 것임. ○ 법인46012-1873, 2000.09.05 【질의】 ｏ 제지회사로서 의정부시에 소재하는 공장 및 본사를 매각하고 공장 및 본사를 충북 청원군으로 이전하는 경우로서 1. 서울사무소(등기부상 지점)를 보유하고 있는 경우(총임직원 250명, 서울사무소 직원40명)에도 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정을 적용받을 수 있는지 여부 2. 본사 이전에 따른 세액감면을 적용받을 수 없다면 공장소득에 대하여 감면이 가능한지 여부 3. 공장이전에 대한 세액감면이 가능하다면 당해 공장에서 발생한 소득에 대하여 이전전과 이전후의 소득을 구분해야 되는 것인지 여부 【회신】 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정을 적용함에 있어 법인이 과밀억제권역안에서 5년 이상 영위한 공장 및 5년 이상된 본점 또는 주사무소를 수도권생활지역외의 지역으로 동조의 요건을 갖추어 이전한 후 수도권생활지역에 동법시행령 제57조 제7항에서 규정하는 기준 이상의 사무소를 둔 때에는 본사이전에 대한 세액감면을 추징하는 것임. ○ 서면2팀-190, 2004.02.11 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정을 적용함에 있어서 “이전본사의 근무인원” 및 “수도권안의 본사 근무인원”은 본사업무에 종사하는 상시근무인원을 기준으로 계산하는 것임.